ترتیب مصحفامامصادقعلیهالسّلام بنابر آن چه ابوعبدالله زنجانی به نقل از مقدمه تفسیر شهرستانی ذکر کرده، تقریبا همان ترتیب نزول است که با سوره‌های اقرا و نون آغاز می‌شود و با سوره‌های توبه و مائده پایان می‌پذیرد.
داوری درباره صحت این نسبت، به سنجش و نقداهل خبره بستگی دارد. غیر از این صورت، روایت دیگری آمده است که فرمود: «مصحفی نزد من است که به چهارده جزء تجزیه شده است»؛ اما صورت ریز آن ذکر نشده است.
در مقابل، نسخه‌های خطی چندی وجود دارد که خط آن به امامجعفرصادقعلیهالسّلام منسوب و به ترتیب مصاحف رسمی کنونی است. البته در صحت انتساب این نسخه‌ها جای سخن بسیار است.
