آیت‌الله سبحانی پس از تکمیل سطوح عالیه در ۱۳۶۹ ق، به درس‌های خارج فقه و اصول راه یافت و به خوشه‌چینی از محضر بزرگان زیر پرداخت: ۱. مرحوم آیت‌الله‌العظمی بروجردی (۱۲۹۲ ـ ۱۳۸۰ ق) که در آن روزها مبحث وقت از کتاب صلاة را تدریس می‌فرمود. ۲. مرحوم آیت‌الله حاج سیدمحمدحجت کوهکمری(۱۳۰۱ ـ ۱۳۷۲ ق) که در آن زمان تدریس خارج بیع را آغاز کرده بود. ۳. مرحوم آیت‌الله‌العظمی امام خمینی (۱۳۲۰ ـ ۱۴۰۹ ق) که در آن زمان بحث استصحاب را مطرح می‌فرمود. معظم له تا پایان دوره اوّل درس اصول حضرت امام، به درس ایشان حاضر گشت آنگاه بر آن شد تا مجموع درس‌های ایشان را به دقت ضبط کند و تحریر نماید، این کار در ضمن ۷ سال (۱۳۳۰ ـ ۱۳۳۷ ش) انجام گرفت و در همان زمان به چاپ رسید. امام راحل (قدس‌سرَّه) در آغاز کتاب مزبور ـ در تقریظی ـ چنین نگاشته‌اند:
الحمد للّه ربّ العالمین و صلّی اللّه علی محمد و آله الطاهرین و لعنة اللّه علی أعدائهم أجمعین. وبعد فممّا منّ اللّه تعالی علی هذا العبد اتّفاق صحابة جمّ من الأفاضل و عدّة من الأعلام أيّدهم اللّه تعالی و منهم العالم العلم التقيّ صاحب الفکر الثاقب و النظر الصائب الآغا میرزا جعفر السبحانی التبریزی وفّقه اللّه تعالی لمرضاته و کثّر اللّه أمثاله و لقد جدّ و اجتهد فی تنقیح مباحث الألفاظ من بحث هذا الفقیر بحسن سلیقته و توضیحها بجودة قریحته فصار بحمد اللّه و له المنة صحیفة کافلة لمهمات المسائل... . فی تاریخ ۲۴ شهر ربیع المولود ۱۳۷۵ ق روح‌اللّه الموسوی الخمینی
چاپ این کتاب به وسیله استاد سبحانی مایه شگفتی بود. چه، در آن زمان ۲۸ بهار بیشتر از عمر وی نمی‌گذشت و سبک نگارش کتاب هم به عربی شیوا و سلیس بود. حضرت آیت‌الله سبحانی به غیر از تحصیل دروس فقه و اصول، به آموختن فلسفه و کلام و تفسیر نیز اشتغال داشت. استاد از دوران نوجوانی به مسائل فکری و عقلی کشش بسیار زیادی داشت و به شخصیت‌های متفکر و اساتید منطق و معقول ارجی شایان می‌نهاد. از همین رو در تبریز به محضر مرحوم آیت‌الله حاج سید‌محمد بادکوبه‌ای (م ۱۳۹۰ ق) شتافت و از او شرح قواعد العقائد علامه را بیاموخت. سپس در حوزه علمیه قم مطالعات فلسفی خویش را با شرکت در درس‌های منطق و فلسفه حضرت آیت‌الله علامه سیدمحمدحسین طباطبائی (م ۱۴۰۲ ق) تکمیل نمود و در سال‌های ۱۳۲۸ تا ۱۳۳۰ ش شرح منظومه و پس از آن بخش اعظم اسفار را نزد ایشان فراگرفت و همزمان، در جلسه شب‌های پنجشنبه و جمعه علامه طباطبائی که در آن فلسفه مادی به نقد کشیده می‌شد و نگارش کتاب ارزشمند «اصولفلسفه و روش رئالیسم» و پاورقی آن توسط استاد شهید آیت‌الله مطهری حاصل آن جلسات بود، شرکت جست و پس از پایان این دوره به خواست حضرت استاد علاّمه، کتاب اصولفلسفه را به عربی بازگرداند که نخستین جلد آن با تقریظ علامه طباطبائی به چاپ رسید.
استاد معظم، حضرت آیت‌الله سبحانی، از زمان تحصیل (۱۳۶۱ ق/۱۳۲۱ ش) به تدریس مقدمات می‌پرداخت و پس از آنکه به حوزه علمیه قم آمد (۱۸ سالگی) کار تدریس را ادامه داد و پس از زمانی چند نیز به تدریس سطوح پرداخت. ایشان نزدیک به ۷ سال مطول، چند دوره معالم و لمعتین، ۷ دوره فرائد شیخ انصاری (در ۲۱ سال)، چند دوره مکاسب و کفایه و پنج مرتبه شرح منظومه (در ۱۰ سال) را تدریس نمود. در سال ۱۳۹۴ ق (۱۳۵۴ ش) نیز بر اثر اصرار فضلا و طلاب علاقه‌مند حوزه، درس خارج فقه و اصول را تشکیل داد که تاکنون به حمد اللّه ادامه دارد. درس خارج اصول ایشان یکی از شاخص‌ترین حلقه‌های درسی حوزه به شمار می‌رود و از مزایای آن این است که هر روز درس معظم له زیر نظر ایشان به چاپ رسیده و بیش از ۶۰۰ نفر در آن شرکت می‌نمایند. استاد معظم تاکنون پنج دوره کامل اصول و هر دوره در ۶ سال، تدریس نموده و هم‌اکنون ششمین دوره آن را پشت سر می‌نهد. تقریرات این درس‌ها بسیار است و یک دوره کامل آن در ۴ جلد به نام المحصول فی علم الاصول به قلم آقای جلالی مازندرانی و ارشاد العقول الی علم الاصول به قلم آقای محمدحسین الحاج العاملی به چاپ رسیده است. نیز جناب ایشان در طول بیش از ۲۰ سال تدریس منظم خارج فقه، تاکنون مباحث مختلفی را بحث نموده است که عبارتند از: کتب زکات، حدود، دیات، قضا، مضاربه (دو بار)، مکاسب محرمه، خیارات، ارث، طلاق، نکاح، خمس و بسیاری از فضلای حوزه به ضبط افادات استاد پرداخته‌اند که برخی از آنها نیز به چاپ رسیده است. همچنین استاد سالیان درازی کتاب عمیق اسفار را برای گروه بسیاری تدریس نموده است که پاره‌ای از آنان اکنون خود از اساتید فلسفه به شمار می‌روند. ایشان به غیر از تدریس منظم فقه، اصول و فلسفه در حوزه علمیه، سالیان دراز به آموزش عقاید، رجال، درایه، تاریخ اسلام و تشیع، ملل و نحل، تفسیر و ادبیات پرداخته و در هریک از آنها آثار مفید و متعددی را به جامعه اسلامی تقدیم نموده است.
استاد سبحانی هماره سر وقت (بدون اندکی تأخیر) در جلسه درس حاضر می‌شود و با بیانی شمرده و منظم به القای دروس فقه و اصول و عقاید می‌پردازد. ایشان در آغاز، دورنمایی از بحث را ترسیم می‌کند و آنگاه به تفصیل، موضوع مورد بحث را توضیح می‌دهد. وی به هنگام نقل گفتار صاحب‌نظران از محققان پیشین تا محققان معاصر، از آنان تکریمی شایان می‌کند و در عین حال، با دقت و ژرف‌نگری سخن آنان را نقد می‌کند. جلسات درس ایشان، بخصوص فقه ـ آمیزه‌ای از پند و اندرز و اخلاق و تاریخ است و به خوبی به اشکالات شاگردان (هر چند سست باشد) گوش فرا داده و با متانت و بردباری به پاسخ آنان می‌پردازد. ایشان در درس بر زیبانویسی و رعایت نکات ادبی و ویرایشی تأکید فراوان می‌نماید و بسیار می‌گوید: اینجا را از اوّل سطر بنویسید و این مطلب را با رعایت فاصله از مطلب پیشین جدا سازید. نیز تا مدتی پس از درس، نشسته و برای شنیدن پرسش‌های دیگران و پاسخ بدان‌ها درنگ می‌کند. دفاتر شاگردان خود را گرفته و آنان را به بهترنویسی راهنمایی می‌کند و گاهی در روزهای چهارشنبه به شرح حدیثی از ائمه اطهار (سلام‌اللّه‌علیهم‌اجمعین) نیز می‌پردازد. استاد برخی از نوشتارهای شاگردانش در فقه، اصول، کلام و تاریخ را (که درس‌های او را به نگارش درآورده‌اند) مطالعه کرده و با تصحیح برخی از مطالب آن، آنها را به دست چاپ سپرده و از این رهگذر آنان را مورد تشویق قرار می‌دهد. استاد در درس فقه به تتبع گفتار فقها و دقت در آنها، تحقیق در رجال سند احادیث و دقت در فهم روایات می‌پردازد و در درس اصول با تکیه بر متن »کفایة الاصول» گفتار اصولیان را به نقد می‌کشد. هم اکنون بسیاری از شاگردان فرهیخته ایشان از مدرسین حوزه علمیه، مؤلفین کتابهای اسلامی، اساتید دانشگاه، قضات دادگاه‌ها، نمایندگان مجلس شورای اسلامی و ائمه جمعه و جماعات کشور به شمار می‌روند.
در سال‌های ۱۳۳۷ و ۱۳۳۸ ش خلأ فکری بر جوانان کشورمان حاکم بود و غالب محلات کشور وابسته به دولت فاسد بودند و کمتر مجله‌ای بود که به طور مستقیم وغیر مستقیم به تخریب بنیان‌های اخلاقی و فرهنگی نپردازد. از همین رو استاد و گروهی از فضلای حوزه به رهبری برخی از مراجع وقت همراه با کمک مالی برخی از مؤمنین تصمیم گرفتند تا شالوده بنای یک مجله وزین فکری اسلامی را بریزند و این‌چنین بود که مجله درس‌هایی از مکتب اسلام تأسیس شد. روزهای نخست تصور نمی‌رفت که مجله مزبور تا این اندازه مورد استقبال جامعه مذهبی کشور قرار گیرد، امّا به مرور زمان مجله سراسر ایران را فراگرفت و در برخی اوقات با تیراژ بیش از صد هزار منتشر گردید. استاد در این مجله با نگارش تاریخ اسلام و تفسیر قرآن آثار ماندگاری از خویش به یادگار نهاد و هم اکنون نیز صاحب‌امتیاز آن بوده و مجله تحت سرپرستی ایشان به حیات علمی خود ادامه می‌دهد.
استاد معظم حضرت آیت‌الله سبحانی از روز نخست در مبارزات حق‌طلبانه روحانیت بر علیه رژیم فاسد شرکت داشت و نامش هماره در ذیل اعلامیه‌های مدرسین حوزه علمیه قم دیده می‌شد. ایشان پس از پیروزی انقلاب اسلامی (که ثمره شیرین مجاهدات روحانیت و مردم مسلمان ما بود) برای شرکت در انتخابات مجلس خبرگان قانون اساسی، احساس وظیفه نمود و به امر و ترغیب امام خمینی (قدس‌سرَّه) از استان آذربایجان شرقی کاندید شد و با آرای بسیار بالای مردم استان (به عنوان نماینده اوّل) انتخاب شد. در تنظیم قانون اساسی (هم از نظر تعبیر و هم از نظر محتوا) تأثیر بسزایی داشت و مرحوم آیت‌الله شهید دکتر بهشتی رسماً از تریبون مجلس از دقت و ژرف‌نگری ایشان تقدیر به عمل آورد.
از هنگامی‌که پایه مجله مکتب اسلام گذاشته شد، نگارش تفسیر قرآن بر عهده حضرت آیت‌الله سبحانی قرار گرفت و استاد در طول سالیان متمادی به نگارش تفسیر قرآن پرداخت و از این رهگذر به ترجمه و توضیح سوره توبه، سوره رعد، سوره فرقان، سوره لقمان، سوره حجرات، سوره حدید، سوره صف و سوره منافقین توفیق یافت. در خور ذکر است که استاد پس از گذشت زمانی چند به ضرورت تفسیر موضوعی قرآن پی برد و به این نتیجه رسید که: قرآن مجید در موضوعات گوناگون به بحث و بررسی پرداخته است، امّا آیات هر موضوع، در محل واحدی گرد نیامده و چه بسا آیات یک موضوع در سوره‌های مختلف پخش شده است و نتیجه‌گیری کلی از آیات قرآنی درباره هر عنوان، در گرو آن است که آیات در جای واحدی جمع‌آوری شود و آنگاه با ملاحظه مجموع آیات و احیاناً با پرتوگیری از تبیینات حضرات معصومین (علیهم‌السّلام)، دیدگاه قرآن مشخص شود. البته نخستین کسی که این باب را به روی ما و دانشمندان گشود، مرحوم علامه مجلسی است که در کتاب ارزشمند بحارالانوار در هر باب، آیات آن را گردآورده و به صورت کوتاه (مانند تفسیر بیضاوی و یا تفسیر طبرسی) تفسیر نموده است. استاد در این راستا به بررسی و تفسیر آیات عقاید اسلامی پرداخت و در این مورد تفسیر بی‌همانند «مفاهیم القرآن» را در ۷ جلد به رشته تألیف کشید که از همان زمان انتشار مورد تقدیر دانشمندان جهان اسلام قرار گرفت. برخی از کسانی که بر این کتاب تقریظ نگاشته‌اند عبارتند از حضرات آیات: سیدمحمدباقر صدر، علامه طباطبائی، شیخ محمدتقی شوشتری، محمدجواد مغنیه، سیدمرتضی عسکری و دیگران. استاد بزرگوار پس از چندی به نیاز شدید جامعه فارسی‌زبان به این‌گونه تفاسیر آگاه شد و بر آن شد تا با استفاده از کتاب فوق، نخستین تفسیر موضوعی قرآن به زبان فارسی را نگارش دهد که به فضل الهی به نوشتن کتاب «منشور جاوید قرآن»، توفیق یافت که تاکنون ۱۴ جلد آن در تفسیر موضوعات مختلف قرآن مجید چاپ و منتشر شده است.
از بَدْوِ تأسیس مجله مکتب اسلام، پرسش‌های مختلفی از سوی جوانان و دانشجویان به دفتر مجله می‌رسید که خواهان پاسخ بودند. لذا ستونی در مجله با نام «پرسش و پاسخ» گشایش یافت که به سؤال‌های علمی و دینی مردم پاسخ می‌داد. جواب این سؤال‌ها از آغاز بر عهده حضرت آیت‌الله سبحانی و حضرت آیت‌الله مکارم شیرازی بود که بعدها در ۴ جلد با نام «پرسش‌ها و پاسخ‌ها» چاپ و منتشر شد. پس از آن نیز پرسش‌های گوناگونی از نقاط مختلف کشور و نیز مراکز فرهنگی اسلامی جهان به دست حضرت استاد می‌رسید که خود باعث بر تألیف کتاب ارزنده «پرسش‌ها و پاسخ‌ها» از سوی ایشان شد. هم اینک نیز ایشان به طور مرتب به پاسخگویی مشکلات دینی مردم می‌پردازد و شبهه‌زدایی از اذهان جوانان را یکی از مهمترین وظایف خویش می‌داند و معتقد است که باید مرکزی منظم برای رفع اشکالات دینی مردم به وجود آید. پرسش‌هایی که در این کتاب پاسخ گفته شده است، بیشتر پرسش‌های کلامی و فلسفی، تاریخی، تفسیری، اجتماعی است و خود نوعی دائرة‌المعارف به شمار می‌رود.
پس از انقلاب اسلامی، ضرورت تحول و دگرگونی در برنامه‌های درسی حوزه و دانشگاه بیش از پیش احساس شد و برای رفع نیاز طلاب و دانشجویان مراکزی تأسیس گردید. شورای مدیریت حوزه علمیه قم برای پر کردن خلأهای نظام درسی حوزه به فکر تدوین متون آموزشی در برخی از رشته‌های علوم اسلامی برآمد و برای این کار از فکر و اندیشه استاد معظم حضرت آیت‌الله سبحانی بهره گرفت. استاد نیز در مدتی در ۴ رشته از علوم اسلامی: رجال، عقاید، فرق و مذاهب دست به تألیف کتاب زد که به تصدیق اهل فن هر یک از آنها در نوع خود بهترین است. در رشته عقاید، کتاب «المحاضرات فی الالهیات» را در ۴ جلد و در باب مذاهب اسلامی نیز کتاب وزین «بحوث فی الملل و النحل» را در ۸ جلد به رشته نگارش درآورد که هم اینک همراه دو کتاب دیگر ایشان («کلیات فی علم الرجال» و «اصول الحدیث و أحکامه)» جزو کتابهای درسی رسمی طلاب و فضلای حوزه علمیه قرار گرفته و چند بار نیز ترجمه و تلخیص گردیده است. کتاب وزین «الالهیات» مبسوط‌ترین و مشروح‌ترین کتاب کلامی است که به آرای دیروز و امروز متکلمان اسلامی نظر دارد و دقت در کتاب ارجمند «بحوث فی الملل و النحل» نشانگر رنج بسیار مؤلف در تدوین این کتاب است که با مراجعه به مصادر گوناگون به نگارش عقاید پرداخته و در نوشتن عقاید هر فرقه‌ای، به کتابهای خود آنها مراجعه کرده و به نقل قول دیگران اکتفا نکرده است.
مجله وزین آینه پژوهش پیرامون این مؤسسه عظیم چنین نگاشته است: آنان که در تقسیم سال‌های طولانی تحقیق، سهم زیادی از زمان را در راه دستیابی به مآخذ و منابع سپری کرده‌اند همواره می‌اندیشند که اگر این فرصت‌ها از دست نمی‌رفت چه نتایج سودمندی می‌توانست داشته باشد. استاد آیت‌الله جعفر سبحانی که توفیق داشتند از هیجده سالگی قلم بزنند و در وادی تحقیق و نگارش گام بردارند، در طول ۶۰ سال، گرانی آنچه را که در دست یافتن به مآخذ و منابع از دست می‌رود به خوبی احساس کردند و همواره به تأسیس مرکزی ویژه محقّقین و مؤلفین می‌اندیشیدند که در آن بتوان بدون طی مراحل دست و پاگیر، به مخزن کتابخانه مراجعه مستقیم کرد و به دور از جار و جنجال روزمرگی‌ها، در سالن مطالعه آن یا اتاق‌های مخصوص مؤلفین و محقّقین به تألیف و تحقیق پرداخت. با پیروزی انقلاب اسلامی ایران زمینه تحقق این اندیشه فراهم شد و با همت بلند و تلاش پیگیر ایشان و همراهی جمله‌ای از فرهنگ دوستان نخستین گام یعنی هسته مرکزی مؤسسه امام صادق (علیه‌السّلام) در سال ۱۳۵۹ ش تأسیس و در روز عید غدیر افتتاح شد. این مؤسسه که با انگیزه فراهم آوردن کتابخانه‌ای ویژه برای محقّقین و مؤلفین تأسیس شد، بنا بر مقتضیات زمان و احساس نیازهای اساسی دیگر، مواردی چند را به دستور کار خود افزود که فشرده آن عبارت است از: ۱. تربیت و آموزش استعدادهای جوان برای تحقیق در مسائل اسلامی، به‌ویژه تفسیر، حدیث و عقاید; ۲. احیای متون اسلامی و تحقیق بر روی آثار بزرگان شیعه; ۳. نقد آثار روز درباره اسلام; ۴. پاسخ به سؤالات دینی; ۵. انتشار جزوه‌های مختصر در زمینهٔ مسائل اسلامی. بعد از تشکیل هسته مرکزی، با احساس نیاز به توسعه بیشتر مرکز، توجه عاشقان رشد و اعتلای فرهنگ اسلامی، از جمله حضرت امام خمینی (قدس‌سرَّه) به آن جلب شد و ساختمان جدید مرکز در زمینی به مساحت دو هزار مترمربع احداث گشت. این مرکز دارای مخزن بزرگ کتابخانه و سالن مطالعه وسیع و مجهز است. اتاق‌های مخصوص محققین و مؤلفین در طبقه سوم آن قرار دارد و آخرین طبقه آن دارای دو کلاس بزرگ و مجهز برای کارهای آموزشی است. محققینی که به تنهایی مشغول تحقیق و تألیف هستند از سالن مطالعه عمومی کتابخانه که محیطی بسیار آرام است استفاده می‌کنند. آنان بدون مراجعه به کتابدار می‌توانند خود وارد مخزن کتابخانه شوند و در قسمت‌های مختلف آن، جدا از دست یافتن به منبع مورد نیاز، با منابع دیگری در زمینه کار خود آشنا شوند. آن دسته از محققینی که به طور گروهی بر روی اثری کار می‌کنند، اتاقی ویژه دارند. گروهی از محققین زیر نظر مستقیم استاد جعفر سبحانی به تحقیق می‌پردازند و کسانی نیز به کار خود مشغول هستند و از امکانات مؤسسه استفاده می‌کنند، کافی است موضوعِ موردِ تحقیق، اسلامی باشد و محقق، شرایط اوّلیه تحقیق را داشته باشد. کتابخانه مرکز که شامل مجموعه‌ای از کتب مرجع و مصادر اوّلیه است، حدود ۵۰ هزار جلد کتاب دارد که بخش اعظم آن، کتابخانه استاد جعفر سبحانی (مدظله‌العالی) بوده که به مرکز اهدا شده است. اگر محقّقی از خارج از کشور و یا از شهرستان‌های ایران برای تحقیق در موضوعات اسلامی به قم بیاید، می‌تواند در طول مدت تحقیق میهمان مؤسسه باشد و از امکانات آن استفاده نماید. در بخش احیای آثار پیشینیان، تصحیح و تحقیق کتب خطی قبل از قرن هفتم در دستور کار قرار دارد که برخی از آثار چاپ شده همراه با مقدمه‌ای گسترده و خواندنی از حضرت استاد عبارتند از: ۱. المهذب نوشته ابن‌براج طرابلسی (۴۰۰ ـ ۴۸۱ ق) در ۲ جلد و با دو مقدمه استاد. ۲. الجواهر نوشته ابن‌براج طرابلسی. ۳. الجامع للشرائع نوشته یحیی بن سعید حلی (۶۰۰ ـ ۶۸۱ ق) ۴. العمدة نوشته ابن‌بطریق حلی(۵۲۳ ـ ۶۰۰ ق) ۵. اصباح الشیعة بمصباح الشریعة نوشته قطب‌الدین کیدری (قرن ۶ هجری) ۶. قاعدة ضمان الید نوشته شهید شیخ فضل‌اللّه نوری (ش:۱۳۲۷ ق) ۷. الاحتجاج نوشته احمد بن علی بن ابی‌طالب طبرسی (م ح ۵۵۰ ق) در ۲ جلد. ۸. رجال نجاشی نوشته ابوالعباس احمد بن علی نجاشی کوفی (۳۷۲ ـ ۴۵۰ ق) در ۲ جلد. ۹. اشارة السبق نوشته حلبی. ۱۰. اقطاب الدوائر (در تفسیر آیه تطهیر) نوشته شیخ عبدالحسین (از علمای عصر صفوی) ۱۱. بانة المختار فی أحکام الخیار نوشته شیخ الشریعه اصفهانی (۱۲۶۶ ـ ۱۳۳۹ ق) ۱۲. غنیة النزوع تألیف ابن‌زهره حلی(۵۱۱ ـ ۵۸۵ ق) ۱۳. نهایة المرام تألیف علامه حلی (۳ جلد) ۱۴. تحریر الأحکام الشرعیة، تألیف علامه حلی(۶ جلد) ۱۵. معالم‌الدین فی فقه آل یاسین(۲ جلد) ۱۶. اللئالی العبقریة، نگارش فاضل هندی ۱۷. نهایة الوصول إلی علم الاصول، تألیف علامه حلی ۱۸. الدر الثمین من دیوان المعصومین (علیهم‌السَّلام) ۱۹. شوارق الالهام، تألیف علامه لاهیجی و جمعی از محقّقین تحت اشراف ایشان مشغول به تألیف کتب مرجع در موضوعات مختلف می‌باشند که تاکنون آثار ذیل به جامعه فرهنگ ارائه شده است: ۱. موسوعة طبقات الفقهاء در ۱۷ مجلد که آنچه در این مجموعه مورد نظر واقع شده است. ۲. معجم التراث الکلامی در ۵ جلد ۳. موسوعة الرجالیة (معجم الرجال وسائل الشیعة) ۴. معجم طبقات المتکلمین، در ۵ جلد این مؤسسه به غیر از کتابخانه، دارای حروف‌چینی پیشرفته کامپیوتری (لاینوترونیک)، اتاق‌های محققین، اتاق‌های درس، سلف‌سرویس و اتاق اطلاع‌رسانی و تکثیر نیز است.
از زمانی که پایه تأسیس رشته‌های تخصصی: تبلیغ، تفسیر و کلام در حوزه علمیه قم گذاشته شد، سرپرستی این رشته به عهده حضرت آیت‌الله سبحانی نهاده شد وایشان با کمال دلسوزی به سرپرستی دانشجویان و داوطلبان این رشته پرداخته است. آموزش این رشته و تخصص آن در آن ۹ سال به طول می‌انجامد و ارزش علمی آن برابر دکترا است. دانشجویان پس از طی مراحلی برنامه فوق تخصصی دارند و سرانجام تدریس کتابهای فلسفی و کلامی را بر عهده می‌گیرند. نیز وسیله استاد، مجله علمی کلام اسلامی انتشار یافت که خود سرفصل جدیدی در مجلات علمی کشورمان به شمار می‌رود. هم اکنون ۶۲ شماره از این فصلنامه به چاپ رسیده است.
استاد معظم حضرت آیت‌الله سبحانی از دیرزمان به دفاع از باورهای عقیدتی شیعه پرداخته و در این راستا کتابهای فراوانی را به نگارش درآورده است. وی اوّلین گام را با نگاشتن کتاب «تفسیر صحیح آیات مشکله قرآن» در نقد کتاب «تفسیر آیات مشکله قرآن» برداشت و پس از آن با احساس ضرورت، به نقد کتاب محرَّف و مشوَّه «۲۳ سال» پرداخت. در سال‌های بعد برای روشن ساختن عقاید شیعه برای غیر شیعیان و تفهیم علمی آن برای دیگران به نوشتن کتاب‌هایی پیرامون مسئله امامت، خلافت پیامبر، بداء، توسل، شفاعت، رجعت، امامان دوازده‌گانه، مجموعه اعتقادات شیعه، شخصیت‌های شیعی و نقش فرهنگ شیعی در پیشبرد تمدن اسلامی و تاریخ تشیع پرداخت و الحق در این راستا به خوبی از عهده برآمده است.
از آن روز که نغمه شوم وهابیت در سرزمین اسلامی حجاز طنین افکند و پیروان متحجّر و خشک سر آن به حمله و سرکوب دیگر مذاهب اسلامی پرداختند، عده بسیاری از دانشمندان بزرگ مسلمان به نقد و رد این آیین پوشالی پرداختند و به خوبی از عهده برآمدند. یکی از آنان که در سالیان اخیر به مبارزه‌ای پیگیر با عقاید خرافی آنان پرداخته و کتاب‌هایش موج جدیدی از بیدارگری اسلامی را در کشورهای مسلمان ایجاد نموده، حضرت آیت‌الله جعفر سبحانی است. ایشان با تألیف کتاب‌هایی نظیر: الوهابیة فی المیزان، آیین وهابیت، التوحید و الشرک فی القرآن الکریم، الشفاعة و مفهومها، التوسل، خرافات و ترهات این دسته بی‌منطق را روشن ساخته و بسیاری را از خطر گمراهی بازداشته و سبب هدایت گروه بی‌شماری از جوانان متدین (به خصوص در مغرب و سودان) گردیده و موجب صیانت آنان از فروافتادن به دامان وهابیت شده است. (که این امر از تقدیرنامه‌هایی که برای استاد فرستاده شده، هویدا است)
حضرت آیت‌الله جعفر سبحانی به دانشمندان و عالمان راستین شیعه عشق می‌ورزد و از خدمات دینی آنان تجلیل و تکریم بسیار می‌نماید. ایشان از هنگام تأسیس «مجله مکتب اسلام» (به سال ۱۳۳۸ ش) تاکنون به شرح‌حال دانشمندانی که بدرود حیات می‌گویند، پرداخته است که اگر تمام آن مقالات در مجموعه‌ای گردآوری شود خود کتابی بزرگ خواهد شد. نیز ایشان برای هر یک از عالمانی که از دنیا می‌روند نماز لیلة الدفن می‌خواند، خود را مقيّد به شرکت در تشییع جنازه ایشان می‌داند و آنان را در ثواب قرائت و ختم قرآن هر ماهه خویش شریک می‌گرداند. ایشان از سر ترویج علم و دانش بر بسیاری از کتابهای معاصران و پیشینیان خود مقدمه نگاشته و برخی از کتاب‌هایش مانند تهذیب الاصول را به بعضی از عالمان اهدا نموده و بر ده‌ها کتاب که از سوی نویسندگان جوان حوزه علمیه نگاشته شده، تقریظ نوشته است. کتابخانه ارزشمند خویش را برای استفاده دیگر محققان و مؤلفان، وقف مؤسسه امام صادق (علیه‌السّلام) نموده و ساعت‌ها وقت خود را در اختیار آنان می‌نهد و هم به هنگام نقل و نقد گفتار عالمان در درس خویش از آنان با احترام بسیار یاد می‌کند و با فروتنی به ردّ سخن ایشان می‌پردازد.
استاد آیت‌الله سبحانی به عنوان یکی از چهره‌های شاخص اندیشمند حوزه علمیه قم در قسمتی از کنگره‌های علمی داخلی و بیشتر مجامع علمی خارجی شرکت جسته و در تمام آنها به ایراد سخنرانی و ارائه مقاله پرداخته است. ایشان به عنوان رئیس کنفرانس علوم و مفاهیم قرآن برگزیده شده و در کنگره‌هایی مانند: کنگره جهانی امام رضا (علیه‌السّلام) (۴ بار)، کنفرانس وحدت اسلامی(۷ بار)، کنفرانس تقریب مذاهب، کنگره جهانی شیخ مفید، کنگره نهج‌البلاغه، کنگره جهانی شیخ انصاری، سمینار بزرگداشت علامه طباطبایی (در تبریز و کازرون)، سمینار نماز و کنفرانس اسلام و مسائل پزشکی و غیره در ایران شرکت فعّال داشته است. او در بسیاری از کنگره‌ها (که شرکت‌کنندگان عرب‌زبان در آن بسیارند) مقید است به عربی فصیح سخن گوید و پیوسته تذکر می‌دهد که یک دانشمند اسلامی باید بر زبان عربی تسلّط کافی داشته باشد، هم درست بنویسد و هم صحیح بخواند و سخن گوید. وی در نگارش عربی می‌کوشد که مانند دیگر ادیبان عرب قلم زند و در این راه رنج بسیار بر خود می‌پسندد و مطالعه آثار ادیبان معاصر عرب را در یکی از کارهای همیشگی خود قرار داده است و لذا بیشتر کتاب‌هایش در لبنان تجدید چاپ شده و در سطح کشورهای عربی منتشر شده و مورد استقبال اندیشمندان عرب قرار گرفته است.
استاد معظم حضرت آیت‌الله سبحانی در طول سالیان دراز تدریس، تربیت شاگردان بسیار، بزرگداشت شعایر دینی، سخنرانی در مجامع فرهنگی، نگارش مقالات متعدد در مجلات معتبر علمی، مصاحبه‌های فراوان، تبلیغ ارزش‌های مذهبی، بنیاد مؤسسات تحقیقاتی و تأسیس مجلات علمی، به تألیفات بسیار در زمینه‌های مختلف دینی همچون: تفسیر، حدیث، فقه، اصول، کلام، تاریخ، فلسفه، ملل و نحل، رجال، درایه، علوم ادبی، دفاع از ساحت تشیع، نقد وهابیت و موضوعات دیگر نگاشته است که ما مهمترین آنها را به ترتیب موضوعی فهرست می‌کنیم:
ج ۱: معالم التوحید فی القران الکریم (مسائل مربوط به شرک و توحید) ج ۲: حکومت اسلامی، برنامه‌ها و ویژگی‌ها (نگارش: استاد جعفر الهادی)، این کتاب تحت عنوان مبانی حکومت اسلامی توسط آقای داود الهامی به فارسی ترجمه شده است. ج ۳: رسالت جهانی، امی بودن، خاتمیت و زندگی پیامبر اکرم (صلی‌الله‌علیه‌و‌آله‌وسلّم) در قرآن ج ۴: اجر رسالت، معجزات و کرامات و شفاعت پیامبر اکرم (صلی‌الله‌علیه‌و‌آله‌وسلّم) در قرآن ج ۵: عصمت پیامبران و امامان، عدالت صحابه و اطاعت سلطان جائر در قرآن ج ۶: اسماء و صفات الهی ج ۷: شخصیت و زندگی پیامبر اکرم (صلی‌الله‌علیه‌و‌آله‌وسلّم) ج ۸: معاد در قرآن ج ۹: امثال و اقسام در قرآن ج ۱۰: عدل در قرآن.
۱. خدا و نظام آفرینش، ۲. خدا و صفات جمال و جلال،۳. خدا و بیامبران، ۴. خدا و بیامبر اسلام، ۵. خدا و امامت، ۶. خدا و معاد. نگارش و تنظیم: دانشمند معظم آقای استادی.
(شامل بحث‌های: توحید، شرک، بدعت، شفاعت، توسل، زیارت، حب اهل‌بیت، زندگی انبیاء پس از مرگ و امکان اتصال با آنان نگارش به قلم: استاد جعفر الهادی، الالهیات علی هدی الکتاب و السنّة و العقل (۴ جلد)، نگارش به قلم: حسن مکی عاملی)
ملازمه حکم عقل و حکم شرع، نگارش به قلم: استاد التسامح فی أدلة السنن، نگارش به قلم: آقای علی‌اکبر کلانتری الاجتهاد فی أدلة السنن، نگارش به قلم: آقای علی‌اکبر کلانتری قاعدة لا ضرر، نگارش به قلم: شیخ علی حیدری
تجزیه و تحلیل کاملی از زندگانی پیامبر اکرم (صلی‌الله‌علیه‌و‌آله‌وسلّم)، این کتاب به عربی، اردو، انگلیسی، ترکی و اسپانیولی ترجمه شده و در سراسر جهان منتشر گردیده است.
