کتاب معالم از مشهورترین تصانیف شیخ حسن است که بدین وسیله صاحب معالم شناخته شد و در تاریخ ماندگار گشت. معالم از یک مقدمه و دو قسمت مهم اصول و فقه تشکیل شده بود که به مرور زمان قسمت فقه آن جا شده و قسمت اصولش مورد توجه دانشوران در تدریس قرار گرفته است. صاحب معالم تاریخ فراغت از این اثر مهم را چنین ضبط کرده است: «شب یکشنبه، ربیع الثانی، سال ۹۹۴ هجری». کتاب معالم الدین که کتابی اصولی است، مقدمۀ کتاب معالم الدین و ملاذ المجتهدین، که کتابی فقهی است، می‌باشد. این کتاب مشهورترین تالیف و تصنیف شیخ حسن بن شهید ثانی می‌باشد به طوری که او را به نام صاحب معالم می‌شناسند. در الذریعة گفته شده، هنگامی که این مقدمه، از کتاب معالم الدین و ملاذ المجتهدین جدا شده، به نام معالم الاصول نامیده شده است.
قبل از معالم الدین، شرح عمیدی بر تهذیب علامه و شرح علامه بر مختصر ابن حاجب و شرح عضدی بر مختصر ابن حاجب در حوزه‌های علمیه تدریس می‌شد، ولی پس از تالیف این کتاب، پس از دویست سال تدریس آن در حوزه‌ها متداول گردیده است. (اعیان الشیعة ج۱ ص۱۳۸)
مؤلف در مقدمۀ کتاب مباحث آن را اینگونه تقسیم بندی می‌کند: «و رتبنا کتابنا هذا علی مقدمة و اقسام اربعة». مقدمه، همین کتاب معالم الاصول است که از کتاب معالم الدین و ملاذ المجتهدین جدا شده و قسمتهای چهارگانه مربوط به مباحث فقهی است. مقدمه به دو مقصد تقسیم می‌شود. مقصد اول بیان فضیلت علم است که از ۳۹ حدیث و آیات زیادی تشکیل شده است. پس از آن، تعریف فقه و موضوع علم فقه آمده است. مقصد دوم شامل نه مطلب و خاتمه است که تا آخر کتاب ادامه دارد و مهمترین مباحث علم اصول در آن بیان می‌شود. مطلب اول از مقصد دوم شامل مباحث تعریف کلی و جزئی، حقیقت لغوی و حقیقت شرعی ، مشترک لفظی و حقیقت و مجاز است و مطلب دوم شامل دو مبحث اوامر و نواهی است. مطلب سوم بحث عموم و خصوص ، مطلب چهارم مطلق و مقید و مجمل و مبین ، مطلب پنجم اجماع ، مطلب ششم اخبار ، مطلب هفتم نسخ ، مطلب هشتم قیاس و استصحاب ، مطلب نهم اجتهاد و تقلید و در نهایت خاتمۀ کتاب بحث تعادل و تراجیح می‌باشد.
کتاب معالم دارای نقاط مثبت زیادی است که به بعضی از آنان اشاره می‌شود: در بسیاری از موارد که طرح بحث اصولی ثمرۀ عملی ندارد، مؤلف آن را مطرح نمی‌کند. به عنوان نمونه در بحث امر به شیء یا اشیاء علی وجه التخییر ، نظریه‌ای را از عامه که علامه به صورت طولانی مطرح کرده ذکر کرده و می‌گوید بحث آن را صحیح نمی‌داند چون: «فلا فائدة لنا مهمة فی اطالة القول فی توجیهه و رده و لقد احسن المحقق- رحمه الله- حیث قال بعد نقل الخلاف فی هذه المسالة و لیست المسالة کثیرة الفائدة».
و یا ورود در بحث تصویب را صحیح نمی‌داند و می‌فرماید: چون امامیه در این مساله اختلافی ندارند «فلا اری فی البحث عن ذلک بعد الحکم بعدم التاثیم کثیر طائل، فلا جرم کان ترک الاشتغال بتقریر حججهم علی ما فیها من الاشکال اوفق بمقتضی الحال».
نکتۀ دیگر اینکه مؤلف به نظریات مختلف علامه و شیخ طوسی احاطۀ کامل داشته و به کرات به نظریات علامه در مواضع مختلف کتابهایش اشاره می‌کند. مثل «قال السید المرتضی و جماعة منهم العلامة فی احد قولیه... و منهم العلامة فی تهذیبه... و قال فی النهایة».
روان بودن و طراوت عبارتهای کتاب و در عین حال پر معنا و عمیق بودن آنها و خودداری از تعقید و پیچیدگی در عبارتها از دیگر نقاط مثبت کتاب است. مثلا از کلماتی نظیر «الجواب الجواب، جوابها کجوابها و جوابه مثل جوابه» که دارای هماهنگی خاصی است استفاده می‌کند. از دیگر نکات، توجه به نظریات علمای اهل تسنن در کتابهای سید مرتضی مثل الذریعة الی اصول الشریعة و الشافیة است که با عبارتهایی نظیر «هو قول جماعة من العامة» به نقد و بررسی نظریات آنها می‌پردازد. اصولا صاحب معالم در برخورد با نظریات علمای قبل از خود، با احترام برخورد می‌کند و از کلمات فاسد، توهم و نظائر آن استفاده نمی‌کند، بلکه از عبارتهایی نظیر «و ما اختاره السید فیه محل تامل» استفاده می‌کند. مطلب دیگر اینکه در بعضی از مباحث که نیاز به تحقیق بیشتری را ضروری می‌داند، مانند مبحث ضد، با عبارت «و علیک بامعان النظر فی هذه المباحث فانی لا اعلم احدا حام حولها» خواننده را به تحقیق بیشتری تشویق می‌کند. صاحب معالم در ذکر نظریات علمای اصولی قبل از خود در ابتدای کتاب به نظریات پدر بزرگوارشان شهید ثانی اشاره‌ای ندارد، اما از بحث عدالتراوی به نظریات ایشان متعرض می‌شوند و این گونه در عبارتهایشان دیده می‌شود «و ذهب والدی- ره- الی الاکتفاء بالاطلاق فیهما... و هذا هو الاقوی... هو اختیار والدی... هو مختار والدی»
از نقاط ضعف کتاب اینکه مباحث الفاظ به صورت کامل مطرح نشده و بعدها با نگارش شرح هدایة المسترشدین بر معالم، تالیف محمد تقی اصفهانی (متوفای ۱۲۴۸ قمری) تا حدودی این ضعف جبران شده است. از طرف دیگر در مباحث اصول عملیه نیز دو اصل برائت و احتیاط به صورت مستقل طرح نشده و استصحاب و تعادل و تراجیح نیز به صورت مختصر مطرح شده‌اند و مثلا مبحث استصحاب را منحصر در استصحاب حال دانسته و در مبحث تعادل و تراجیح نیز بسیاری از مباحث اصلی ذکر نگردیده است. از دیگر نقاط ضعف اینکه معمولا در معالم نام عدۀ معدودی از اصولیین نظیر سید مرتضی ، شیخ طوسی ، علامه حلی ، محقق حلی و شهید اول ذکر شده و کتاب، با عنایت به نظریات این بزرگان نگاشته شده است. اما علمای اصولی دیگر با عبارت نافین، مثبتین، فقال قوم، آخرون، الاولون، جماعة، اکثرون، بعض الاصولیین، مفصلون و نظائر آن بیان شده که در نتیجه خواننده نمی‌تواند به مصادر اصلی مراجعه کند.
حاشیه ها و شروح زیادی بر معالم نوشته شده است که برخی از آن ها عربی و برخی فارسی، برخی مبسوط و برخی مختصر، برخی مستقل و برخی هامش، برخی لفظی و برخی استدلالی، برخی خطی است و تعدادی هم چاپ شده است. با توجه به زمان زیادی که کتاب معالم الدین متن درسی حوزه‌های علمیه بوده و مورد توجه علمای اصولی واقع شده، شروح و حواشی زیادی بر آن نوشته شده است. در الذریعة جلد ۶ از صفحۀ ۲۰۴ تا ۲۱۰
در ابتدای کتاب خطبۀ با ارزشی در فضیلت علم و به خصوص علم فقه و اخلاصنیت و عمل به آموخته‌ها و تواضع آورده شده که مقدمه‌ای برای ورود به مباحث فقهی است و در کتابهای اصولی متداول این مقدمه دیده نمی‌شود. بنابر آنچه در مقدمۀ معالم- چاپ جامعۀ مدرسین- آمده، کتاب در سال ۹۹۴ تدوین و تالیف شده، ولی در اعیان الشیعة تاریخ نوشتن آن را ۱۰۰۱ هجری قمری ذکر کرده است.
کتاب معالم، که به وسیلۀ مؤسسۀ نشر اسلامی وابسته به جامعۀ مدرسین در قم ، چاپ شده، از نظر تصحیح و تحقیق کتاب با ارزشی است. این کتاب با نسخه‌های خطی معتبر و با ارزشی مقابله و تحقیق شده، مانند نسخۀ کتابخانه ملی ملکآستان قدس رضوی که تاریخ نگارش آن سال ۱۰۳۴ هجری قمری است و به زمان وفات مؤلف بسیار نزدیک است. البته متداول بودن تدریس این کتاب و چاپ مکرر آن و نسخه‌های خطی متعدد آن، بر درجۀ اعتماد به صحت این کتاب می‌افزاید.
