قرآن کریم ضمن داستان کفالت مریم و بشارت به تولد یحییعلیهالسّلام از آن حضرت یاد کرده است. هنگامی که مادر مریم علیه‌السّلام ، وی را به خدمت معبد گماشت، برای کفالت و سرپرستی او قرعه زدند و قرعه به نام حضرت زکریا علیه‌السّلام درآمد. او مرتب به محراب مریم علیه‌السّلام سر می‌زد؛ ولی هرگاه وارد می‌شد، در محراب غذایی می‌دید. وقتی آن بزرگوار از مریم سلام‌الله‌علیهم درباره این موضوع می‌پرسید، پاسخ می‌شنید: «هو من عندالله».
اما داستان ولادت یحیی: حضرت زکریا علیه‌السّلام در تنهایی و هنگام راز و نیاز با خداوند چنین عرضه داشت: «بارالها! استخوان هایم سست و موهای سرم سپید شده است» و سپس تقاضای فرزندی کرد. هنگامی که فرشتگان الهی مژده فرزنددار شدن را به او دادند، در شگفت شد که چگونه ممکن است در سن پیری او و همسرش، صاحب فرزند شده باشند. فرشتگان الهی نیز پاسخ دادند: «پروردگارت چنین گفته که این (کار) برای من آسان است».
در قرآن کریم به کشته شدن آن حضرت اشاره‌ای نشده است. انجیل نیز به این موضوع نپرداخته است؛ ولی در اقادا و تلمود سنهدرین داستان کشته شدن زکریا علیه‌السّلام شبیه به آن چه قصه گویان اسلامی نقل می‌کنند آمده است. اینک اجمال آن قصه: پس از شهادت حضرتیحییعلیهالسّلام زکریا علیه‌السّلام به خارج شهر گریخت. در آن جا درختی شکاف برداشت و حضرت درون آن پنهان شد؛ اما تعقیب کنندگان با راهنمایی شیطان از مخفیگاه آن حضرت آگاه شدند و درخت را به دو نیم و آن حضرت را شهید کردند. می‌گویند خون زکریا و یحیی علیهما السلام همچنان می‌جوشید تا سردار بخت النصر هفتاد هزار نفر از اسرائیلیان را سر برید. آن گاه خون از جوشش بازایستاد.
