کتاب بدایه در مقدمه و دوازده مرحله و هر مرحله در چند فصل تنظیم شده و مؤلف در هر فصل به مناسبت به اشکالات وارده جواب داده و آنها را نقد و بررسی می کند. مؤلّف در مقدمه کتاب به تعریف فلسفه، حکمت، موضوع و غایت فلسفه پرداخته و از کلیات مباحث وجود، شروع و در مراحل دیگر موضوعات فلسفه را به ترتیب بیان کرده است.
