مسجد قبلتین در دوره سلطان سلیمان قانونی در سال ۹۵۰ قمری از نوتجدید بنا شد. بر اساس برخی گزارش ها، این مسجد در اوایل قرن چهاردهم قمری، رو به ویرانی بوده است. مسجد یاد شده از جمله مساجد بازسازی شده در دوره سلطنتفهد است که به صورت بسیار زیبایی بازسازی شد.
افزون بر محرابی که به سوی کعبه است، محلّی هم برای نشان دادن محراب پیشین در برابر آن، روی دیوار مشخص شده است. کتیبه موجود نشان از آن دارد که تجدید بنای آن در تاریخ ۳۰/۳/۱۴۰۸ قمری، در مساحتِ ۳۹۲۰ متر مربع به انجام رسیده است.
گفتنی است که نوشته های روی دیوار قبله پیشین، در حوالی سال ۱۴۲۰ ق. محو شد و در حال حاضر چیزی روی آن دیوار نوشته نشده است.
مسجد قبلتین در شمال غربی مدینه در فاصله ۵/۳ کیلومتری مسجدالنبی(صلی الله علیه وآله) است و در طول روز، مانند مسجد قبا، در همه ساعات روز باز است؛ زیرا زائران مدینه، از سنی و شیعه، ضمن سفر به این شهر، از این مسجد نیز دیدن می کنند و در آن نماز می گزارند.
