وجه تسمیه سوره به « طیبه » (پاکیزه) در برخی از روایات این است که در این سوره، داستان حضرت مریم که «طیبه» لقب گرفته آمده و همچنین واژه «طیبه» در آیه ۳۸ این سوره در ضمن دعای حضرت زکریا علیهالسّلام به کار رفته است: (... قال رب هب لی من لدنک ذریة طیبة انک سمیع الدعاء)؛
«زهراء» به معنای درخشان است. به این سوره و سوره بقره «زهراوان» گفتهاند؛ چون این دو سوره از جهت شامل بودن اسما و احکام الهی ، برجستگی و درخشش خاصی دارند.