خاندان پدری او از دوره صفویه مقام مرجعیت و قضاوت شهر زنجان را داشتند. تحصیلات مقدماتی را در زادگاهش آغاز کرد و سپس رهسپار قزوین شد. در سال ۱۲۷۸ به نجف رفت و در درس شیخ مرتضی انصاری و شیخ راضی شرکت کرد. او، همراه با دو برادرش، آیة الله میرزا ابو المکارم و آیة الله آمیرزا ابو عبدالله از برجسته‌ترین شاگردان آیة الله سید حسین کوه کمری تبریزی بود. چهار سال از درس وی بهره برد و از او اجازه اجتهاد گرفت. در سن چهل سالگی به ایران بازگشت و در تهران اقامت گزید. جایگاه علمی و تبحر او در شاخه‌های متفاوت علوم دینی، سبب شد در اندک مدتی در زمره علمای مشهور تهران درآید. او، علاوه بر فارسی و آذری، با زبان‌های فرانسه، عربی و ترکی استامبولی آشنایی داشت. وی، با نظریات متفکران اروپایی هم عصر خود، از جمله توماس مالتوس و داروین آشنا بود و در نوشته‌های خود از آراء این متفکران استفاده می‌کرد. محکمه شرعی او در تهران معتبر بود و اغلب پرونده‌های قضایی سفارت بریتانیا در محکمه او رسیدگی می‌شد.
او، بیشتر وقت خود را به تالیف کتاب و تربیت شاگرد گذراند. وی، در ۱۵ ربیع الاول ۱۳۲۹ ق، برابر با ۱۲۸۹ ش، در سن شصت و نه سالگی، در تهران درگذشت و در مشهد در کنار مزار شیخ بهاییدفن شد.
«احکام اوانی الذهب و الفضة»، « ایضاح السبل » در ترجیح و تعادل ، « تحفة القاصد »، «رشحة الخواطر» در احتیاط و توقف، « التنقید » در احکامتقلید ، « غایة المرام » در احکام صیام ، «مرآة العصر»، «الکفایة» در درایه ، «المقابیس فی اصول الفقه»، «مناسک الحج»، «حکم الربا» در جمیع ادیان، «التسامح»، «الذخیرة» در علم درایه ، «رشحة الخاطر» در فساد مقالات اخباریه، «الحق المصاب»، « مقابس الانوار » در اصول ، «المقلة العبراء» در مقتل خامساصحابکساء ، «طیف الخیال»، «کیمیای سعادت» ( ترجمه آزاد از «طهارة الاعراق» اثرابن مسکویه ، از زبان عربی به زبان فارسی ) و «سیاحت نامه» (ترجمه از زبان فرانسه به زبان فارسی).
