خاندان پدری او از دوره صفویه مقام مرجعیت و قضاوت شهر زنجان را داشتند. تحصیلات مقدماتی را در زادگاهش آغاز کرد و سپس رهسپار قزوین شد. درسال ۱۲۷۸ به نجف رفت و در درس شیخ مرتضی انصاری و شیخ راضی شرکت کرد. او، همراه با دو برادرش، آیة الله میرزا ابو المکارم و آیة الله آمیرزا ابو عبدالله از برجستهترین شاگردان آیة الله سید حسین کوه کمری تبریزی بود. چهار سال از درس وی بهره برد و از او اجازه اجتهاد گرفت. در سن چهل سالگی به ایران بازگشت و درتهران اقامت گزید. جایگاه علمی و تبحر او در شاخههای متفاوت علوم دینی، سبب شد در اندک مدتی در زمره علمای مشهور تهران درآید. او، علاوه بر فارسی و آذری، با زبانهای فرانسه، عربی و ترکی استامبولی آشنایی داشت. وی، با نظریات متفکران اروپایی هم عصر خود، از جمله توماس مالتوس و داروین آشنا بود و در نوشتههای خود از آراء این متفکران استفاده میکرد. محکمه شرعی او در تهران معتبر بود و اغلب پروندههای قضایی سفارت بریتانیا درمحکمه او رسیدگی میشد.
او، بیشتر وقت خود را به تالیف کتاب و تربیت شاگرد گذراند. وی، در ۱۵ ربیع الاول ۱۳۲۹ ق، برابر با ۱۲۸۹ ش، در سن شصت و نه سالگی، در تهران درگذشت و درمشهددر کنار مزار شیخ بهاییدفن شد.