محمد کریم در هجدهم محرم ۱۲۲۵ ق در کرمان دیده به جهان گشود. وی در دوران کودکی، نزد آقا سید زین العابدین مجتهد به فراگرفتن علوم و پیش میرزا محمد علی اصفهانی ، به آموختن هنر پرداخت. در شانزده سالگی پس از فوت پدرش به کربلای معلی رفت و در محضر درس سید کاظم رشتی ، زانوی شاگردی زد. وی از علمای نامدار و مشهور اواخر قرن سیزدهم هجری و از تلامذه مشهور سید کاظم رشتی بود و بنا بر آنچه شنیده شده، مدتی در درس شیخ احمد احسائی نیز شرکت می‌کرده است. وی رئیس و سرسلسله یک فرقه از طایفه شیخیه می‌باشد که به حاج کریم خانی معروف‌اند. حاج محمد کریم خان از معدود علمایی بود که در جمیع فنون عقلیه و نقلیه دعوی استادی می‌نمود. از جماعت شیخیه بعد از سید کاظم رشتی گروهی به وی گرویدند و او را رکن چهارم از ارکان اصول عقاید خویش گرفتند. سید محمد علی باب در کتاب بیان، در شانش گفته: ان الکریم کان فی الکرمان کریما. هر چند وی در زمان ناصرالدین شاه و گویا به فرمان او، رساله‌ای در رد باب نگاشت که به طبع رسیده است.
وی در ۲۲ شعبان ۱۲۸۸ ق، در ۶۳ سالگی، در حالی که عازم سفر کربلا بود، در بین راه، دار فانی را وداع گفت. جنازه او را در رواق حضرت حسین بن علی علیه‌السّلام ، در پایین پای استادش، سید کاظم رشتی به خاک سپردند.
