در قرن دوم هجری، خیزران، همسرهارون، آن محل را خرید و به مسجد تبدیل کرد. در قرن های بعد، مسلمانان این محل را بسیار گرامی و محترم می داشتند و به ویژه در شب تولد رسول خدا(صلی الله علیه وآله) مراسمی در آنجا برگزار می کردند.
. همچنین سلطان محمدبن مراد عثمانی (م ۱۰۱۲)، به یکی از غلامان خود با نام غضنفر آغا دستور داد تا آنجا را بازسازی کند. او نیز با صرف پول فراوان، بنا و مناره بزرگی برای آن ساخت و موقوفاتی جهت آن در مملکت عثمانی معین کرد و برای آنجا، مؤذن و خادم و امام جماعت گمارد. مدرسی را نیز معین کردند تا هفته ای دو روز در آنجا تدریس کند
یک زایر که در سال ۱۳۱۵ قمری به زیارت این خانه توفیق یافته، می نویسد: روز جمعه، چهاردهم، به زیارت حضرت رسول(صلی الله علیه وآله) در موضعی که مشهور به مولد النبی(صلی الله علیه وآله) است، رفتیم و آن موضع واقع است در سوقاللیل. از در داخل شدیم و تخمیناً چهارده پله پایین رفتیم. وارد اتاقی شدیم که مسمّی به مسجد است. بعد از آن، به اتاق دیگر رفتیم. در این اتاق ضریحی است. درِ ضریح را خادم باز کرد. داخل در این ضریح گودالی واقع است. در وسط آن سنگ سبزی بود که محل تولد حضرت ختمی مرتبت بود. آن موضع مطهّر را تقبیل نموده و صورت را بر آن مالیده و به خاک پاک و غبارنور آثار آن مکان رفیع البنیان، که رشک کحل الجواهر است، دیده را منوّر نموده، پس از آن در مسجد آمده هر یک دو رکعت نمازتحیّت بجا آوردیم و از آن مکان بیرون آمدیم
[۳]سفرنامه ملابراهیم کازرونی، میراث اسلامی ایران، دفتر پنجم، ص۳۶۶. وی در ادامه از زیارت خانه خدیجه(علیها السلام) نیز سخن گفته است.
در پی روی کار آمدن دولت سعودی، با اصرار شیخ عباس قطان (م۱۳۷۰) شهردار وقت مکه (از ۱۳۴۷ تا ۱۳۶۴ ق.) و درخواست وی از ملک عبدالعزیز، قرار بر آن شد تا در آنجا کتابخانه ای بنا کنند که به آن مکتبة مکّة المکرّمه نام نهادند و تاکنون برقرار است
