مفاهیم القرآن در ده مجلد و اثر علامه استاد جعفر سبحانی است. دو مجلد نخست به قلم فاضل محترم جعفرالهادی و بقیه به قلم خود ایشان است. در سال ۱۴۰۰ آغاز شده و همچنان ادامه دارد؛ جلد نخست: بحث درباره توحید، فطرت، عالم ذر و براهین اثبات واجب الوجود در قرآن؛ جلد دوم: در خصوص حکومت اسلامی و ویژگی‌های آن از نظر قرآن؛ جلد سوم: نبوت، خاتمیت و جهانی بودن رسالت اسلام؛ جلد چهارم: بحث در خصوص اجر رسالت، معجزه و شفاعت؛ جلد پنجم: عصمت، پاسخ به‌شباهت و مساله تنزیه انبیاء؛ جلد ششم: بحث درباره شناخت صفات جمال و جلال و تفسیر اسماء الله وارد در قرآن - به ترتیب الفبا؛ جلد هفتم؛ بشارات انبیا درباره بعثت خاتم الانبیا و سیره پیامبر از آغاز بعثت تا هجرت و پس از آن (که شامل غزوات و معاهدات آن حضرت است) و بحث از جهاد؛ که جنبه دفاعی دارد، و در پایان به واقعه غدیر خم پرداخته است؛ جلد هشتم: بحث معاد و پاسخ به سوالات مربوط به عالم برزخ و جسمانی بودن معاد و تجسم اعمال و اهوال و احوال قیامت؛ جلد نهم: بحث از مثال‌ها و سوگندهای قرآن. جلد دهم: بحث درباره عدل الهی، مساله حسن و قبح عقلی، مساله امر بین الامرین و نفی جبر و تفویض، بحث از مصلحت و مقتضیات نظام حاکم و نقش بیعت در حکومت اسلامی، جایگاه اهل‌بیت از نظر قرآن و نقش آنان در تفسیر؛ و در پایان، بحث کوتاهی از تفسیر و مراحل تطور و الوان و انحاء آن در طول تاریخ و مساله نفی تحریف.
