در برخی از منابع آمده، اینجا محل اقامهنماز عید توسط امام علی(علیه السلام) است؛ آن هم زمانی که عثمان در محاصره مخالفانش بود و آن حضرت نماز را اقامه کرد.
سمهودی می نویسد: بعید می‌نماید که علیبن ابی طالب(علیه السلام) با توجه به اقامه نماز توسط پیامبر در محلی مشخص، خود محلی دیگر را برای این کار تعیین کرده باشد.
اما به احتمال، امام در همان نقطه‌ای که پیامبر نماز خوانده، نماز را اقامه کرده است؛ چرا که امام در این جهات، به شدّت از رسول خدا(صلی الله علیه وآله) پیروی می‌کرد.
به هر روی، از آن‌جا که محراب مشخصی برای پیامبر(صلی الله علیه وآله) در این محدوده وجود ندارد، به احتمال حضرت در چند نقطه مناخه نماز را اقامه کرده است.
بنای نخست این مسجد را، طبق معمول، از زمان امارتعمر بن عبد العزیز می‌دانند. طبیعی است در قرون بعد از آن، این بنا مکرّر تعمیر شده است؛ از جمله زین الدین ضیغم در سال ۸۸۱ آن را بازسازی کرده است.
در این اواخر، بنای کهن این مسجد تخریب و در سال ۱۴۱۱ از نو تجدید بنا گردید و مساحت فعلی آن ۸۸۲ متر مربع است.
