این مسجد که روزگاری جمعیت زیادی را به خود جذب می‌کرد، در حال حاضر تخریب شده و به جای آن ساختمان امر به معروف و نهی از منکر در ابتدای خیابان ملک عبد العزیز، پس از گذشتن از دیوار شرقی بقیع و وارد شدن به خیابان یاد شده ـ حدود دویست متر بعد از فندق الدخیل ـ ساخته شده است.
؛ پیامبر ص در مسجد بنی حارثه و مسجد بنی ظفر نماز گزارد.»
محمد بن فضاله ظفری که از اصحاب پیامبر(صلی الله علیه وآله) است، می‌نویسد: روزی حضرت همراه برخی از یارانش؛ مانند عبدالله بن مسعود و معاذ بن جبل به این مسجد آمدند و از عبدالله بن مسعود خواست تا برای آنان قرآن بخواند. زمانی که به آیه «فَکَیْفَ إِذَا جِئْنَا مِنْ کُلِّ أُمَّة بِشَهِید وَجِئْنَا بِکَ عَلَی هَؤُلاَءِ شَهِیدا» رسید، گریه کرد.
این مسجد در تاریخ کاملا شناخته شده است؛ گرچه بسیار کوچک و در دوره‌های طولانی بدون سقف بوده است. سمهودی (م ۹۱۱) در آن جا کتیبه‌ای دیده که نام خلیفهعباسیالمستنصر بالله با تاریخ ۶۳۰ بر روی آن بوده و حکایت از بازسازی مسجد در آن زمان داشته است.
بر اساس نقل پیش‌گفته، در این مسجدصخرهای بوده که پیامبر روی آن می‌نشسته است. همین امر سبب آمدن مردم به این مسجد و تبرک به این صخره بوده است.
حتی گفته شده است در آنجا سنگی دیگر هست که آثار انگشتان حضرت هم بر آن بوده است.
[۳]ترغیب اهل المودة والوفاء فی سکنی دارالحبیب المصطفی (ص)، ص۱۳۳.
مسؤولان امر به معروف و نهی از منکر سعودی دستور از بین بردن مسجد و بنای ساختمان امر به معروف را به جای آن داده‌اند.
