شیخ محمد خاقانی فرزند حسن خاقانی، از شخصیت‌های آل خاقانی، می‌باشد؛ این خاندان، خاندان علمی شیعی در قرن دوازدهم تا اوایل پانزدهم در عراق و ایران می‌باشد.
شیخ محمد، فرزند حسن، در ۱۳۱۵ در نجف متولد شد و نزد پدر خود و دیگر بزرگان نجف درس خواند. او در جریان انقلاب ۱۳۳۸/۱۹۲۰ عراق بسیار فعال بود و در ۱۳۸۵ در نجف وفات کرد و در کنار پدرش به خاک سپرده شد.
