آیت الله سید محمدجواد ذهنی تهرانی، روز هشتم اسفند سال ۱۳۲۶ش در یکی از محلههای قدیمی تهران (میدان خراسان) به دنیا آمد. پدرش، مرحوم سید علی ذکی، شغل اداری داشت. پدربزرگاش مرحوم سید حبیبالله در بازار سید اسماعیل تهران به کسب و کار مشغول بود. او مردی نیکو نهاد، پیشگام در کارهای خیر و معتمد بازار و اهل محل به شمار میرفت. مادر ایشان، حاجیه خانم رفیعی، فرزند مرحوم حسینعلی رفیعی (از عابدان و زاهدان روزگار) بود که عمر خویش را به آموزش قرآن و برگزاری جلسات مذهبی برای بانوان میگذراند.
سید محمدجواد دوره ابتدایی را در دبستان عاصمی به پایان رساند و برای ادامه تحصیل، به دبیرستان بهبهانی رفت. او در دبیرستان نیز دانش آموزی ممتاز به شمار میرفت و از نظر اخلاقی نیز نمونه و برجسته بود، بهطوریکه در آغاز جوانی، به دلیل علاقهاش به مسائل مذهبی، در مجالس و مواعظ مرحوم «حاجی شیخ مهدی معزالدوله» که در مسجد معزالدوله برگزار میشد شرکت مینمود. وی به شوق تحصیل علوم دینی، در سال آخر دبیرستان، درس را رها کرد و دروس حوزوی را در مدارس علمیه تهران، زیر نظر استادانی بزرگ آغاز نمود و پس از به پایان رساندن دروس سطح، در سال ۱۳۵۱ش وارد حوزه علمیه قم گردید.
تخصص سید محمدجواد ذهنی در تالیف و تدریس در زمینه فقه، اصول، علوم غریبه و ادبیات عرب بود. او همزمان با تحصیل و تالیف، تدریس را نیز آغاز نمود و در مدت بیش از ۳۵ سال در زمینههای مختلف، شاگردان بسیاری تربیت نمود. طلاب علوم دینی بیش از ۱۵ سال، از درس خارج فقه و اصول ایشان استفاده نمودند. وی در برخی از فصول تحصیلی، روزانه ۱۴ درس از مقدمات تا سطوح عالیه تدریس میکرد.
آیت الله ذهنی بسیار صبور، مؤدب، باوقار و شهرت گریز بود. مناعت طبع عجیبی داشت. پس از هجرت به قم، تا سالیان دراز در محلههای مختلف اقامت گزید. سال ۱۳۶۸ ش به اصرار اهالی و معتمدان محل، امامت جماعت مسجد حبیبالله بیگ (واقع در محله سیدان) را پذیرفت و همواره در رفع مشکلات مردم، به ویژه افراد نیازمند تلاش میکرد.
آیت الله سید محمدجواد ذهنی سرانجام عصر پنجشنبه ۷ شهریور ۱۳۸۱ش، پس از یک ماه بستری شدن در بیمارستان باهر تهران، چشم از جهان فروبست. پیکر ایشان به قم انتقال یافت و در بقعه علی بن بابویه به خاک سپرده شد.
آیت الله ذهنی تهرانی به واسطه استعداد سرشار، از ابتدای طلبگی، شروع به تالیف و تقریر نمود و در طی عمر کوتاه خود، بیش از ۱۷۰ جلد کتاب در ۴۴ عنوان از خود به یادگار نهاد. اولین تالیف ایشان کتاب درة الثمینه (شرح عربی بر صمدیه) و اولین تقریر وی کتاب صلاة الجمعه