قزوین از شهرهای قدیمی ایران است که حمدالله مستوفی قدمت آن را به دوره شاپور ذوالاکتاف می‌رساند. تاریخ تشیع در این شهر همانند بسیاری از شهرهای ایران به دوره مهاجرت سادات علوی به این منطقه می‌رسد. بدین ترتیب تاریخ تشیع در قزوین به قرن سوم هجری می‌رسد. اولین حوزه قزوین در قرن پنجم تاسیس و از قرن هفتم با رکود عجیبی به علت برخوردهای حکومتی روبرو می‌شود اما از قرن دوازهم دوباره جرعه‌های حیات در آن نمایان شده و از قرن سیزدهم به شکوفایی و گسترش می‌رسد.
با توجه به تاریخ تشیع در قزوین، حوزه علمیه نیز از قرن سوم آغاز به فعالیت نموده و از قرن پنجم با تربیت فرزانگان برجسته به حوزه‌ای بزرگ و قدرتمند تبدیل شده است و تا قرن هشتم تداوم یافته است.
سلسله علمیقزوین در قرن ششم با حضور دانشمندان زیر تداوم یافته است:
۸ـ حسن بن علی بن عبدالله ۹ـ حسین بن ابی‌الحسین بن ابی‌الفضل قزوینی ۱۰ـ حسین بن محمد بن حمدان ۱۱ـ رضی بن عبدالله بن علی ۱۲ـ طاهر بن احمد قزوینی نحوی (از مشایخ منتجب ابن‌بابویه) ۱۳ـ ظفر بن داعی بن ظفر قزوینی (شاگرد ابوعلی بن شیخ طوسی) ۱۴ـ عبدالجلیل بن ابی الحسین قزوینی (مؤلف «کتاب النقض» که در قم سکونت داشت) ۱۵ـ عبدالعظیم بن حسین بن علی ۱۶ـ عبدالله بن احمد بن حمزة جعفری زینبی قزوینی ۱۷ـ عبدالله بن علی بن عبدالله بن احمد بن حمزة ۱۸ـ علی بن جعفر بن علی ۱۹ـ علی بن عبدالله بن حمزه ۲۰ـ علی بن عبدالله بن علی بن عبدالله ۲۱ـ علی بن محمد بن جوسقی قزوینی ۲۲ـ فضل بن ابی‌یعلی ۲۳ـ محمد بن ابی‌جعفر بن الفقیه امیرکا بن ابی اللجیم. ۲۴ـ محمد بن حسین بن الحسین ۲۵ـ محمد بن حمدان بن محمد حمدانی ۲۶ـ محمد بن علی بن ظفر بن علی ۲۷ـ محمد بن علی بن عبدالله بن احمد جعفری ۲۸ـ محمود بن حسین بن ابی‌الحسین ۲۹ـ مرتضی بن عبدالله بن علی ۳۰ـ مسعود بن حسین بن ابی‌الحسین ۳۱ـ مهدی بن علی بن امیرکا (امیرکیا) ۳۲ـ هبة‌الله بن محمد بن هبة‌الله.
۳۴ـ «امام محیی‌الدین ابوعبدالله حسین بن مظفر بن علی حمدانی» از دیگر دانشمندان شیعه در این عصر است که در قزوین ساکن شده است. وی از شاگردان شیخ الطائفه طوسی و دارای تالیفاتی بسیاری است.
و در قرن نهم حتی به نام یک عالم شیعی برنمی‌خوریم. بدین ترتیب حوزه قزوین در قرون پنجم و ششم از قوی‌ترین حوزه‌های دینی است که برخی از رجال علمی آن از اساتید شیخ طوسی و نجاشی می‌باشند و یا از شاگردان آنها هستند که پس از تحصیل در حوزه علمیهنجف به قزوین مهاجرت کرده و در توانمندی جامعه شیعی قزوین کوشیده‌اند. در قرن هفتم یعنی همزمان با تهاجم مغول‌ها و نابودی اسماعیلیان تدابیر خواجه موجب شد تا حوزه قزوین به حیات خویش ادامه دهد. و پس از اوست که حوزه به رکود علمی می‌رسد.
مؤلف «تاریخ مدارس ایران» به نقل از محمدعلی گلریز به «مدرسة التفاتیه» در قزوین اشاره کرده و گوید: «عمارت این مدرسه را به یکی از امرای مغول موسوم به خواجه التفات نسبت داده‌اند. این مدرسه که در برابر مسجد حاج ملاآقای فقیه در قزوین واقع شد و یک طبقه است، تا حدود سی سال پیش از دیگر مدارس قزوین پر رونق‌تر بود، زیرا موقوفاتش از سایر مدارس بیشتر بود. در آن هنگام حدود سی طلبه از شهرهای مختلف به ویژه شهرهای شمال کشور، در آن ساکن بودند.»
دومین دوره حوزه علمیه قزوین از قرن دهم آغاز و تا دوازدهم ادامه می‌یابد. در خصوص رکود علم در قرن نهم و دهم هجری چنین به نظر می‌رسد که هرج و مرج ناشی از سیاست بازی‌های خلفا در دنیای اسلام، دسیسه بازی‌ها و فرقه‌گرایی‌ها و حضور سپاه بیگانه مغول در ایران موجب شد تا شیعه به تقیه زندگی کند.
چنان‌که پیداست حکومت صفوی با عنایتی که به تشیع داشت زمینه رشد علوم اسلامی را فراهم آورده و در حوزه قزوین به علوم عقلی و نقلی چون کلام و منطق و تاریخ توجه خاص شده است. این روند در قرن یازدهم نیز ادامه یافته و ده‌ها فاضل و نویسنده و خطیب و مدرس در این حوزه به نشر علوم اهل بیت مشغول شده‌اند. شیخ آقابزرگ به سی تن از عالمان قزوین در این قرن اشاره می‌کند که شماری از آنها آثاری نیز از خود برجای نهاده‌اند. در این آثار توجه به فقه و اصول و حدیث و مباحث کلامی و ریاضی کاملاً مشهود است. از ویژگی‌های نویسندگان این دوره توجه به زبان فارسی و همگانی کردن علوم اسلامی است.
در دوره دوم از حوزه علمیه قزوین چهار مدرسه تاسیس و مشغول به فعالیت شد که بنای آن از سوی منسوبین به دولت صفوی و یا ثروتمندان شهر و رؤسای طوایف بوده است.
۱. مدرسه خلیفه سلطان سیدعلاءالدین حسین (متوفی ۱۰۶۴ق) ملقب به خلیفه سلطان، داماد شاه عباس صفوی که در زمان شاه عباس دوم منصب صدارت داشت این مدرسه را روبه روی جامع کبیر قزوین تاسیس نمود. ۲. مدرسه پیغمبریه این مدرسه متصل به بقعه پیغمبریه، در زمان صفویه تاسیس شده است. سال ۱۰۵۴ق بنای آن اتمام پذیرفته و در سال ۱۱۵۰ق تعمیر شده است. ۳. مدرسه پنجه‌علی این مدرسه در ضلع غربی خیابان پیغمبریه واقع است. نام بانی و تاریخ بنای آن معلوم نیست مدت‌ها پیش مدرسه را خراب کرده و به جای آن دبستانی موسوم به محمد قزوینی احداث نمودند. ۴. مدرسه مولاویردی خان مولاویردی خان از خوانین طایفه ذوالقدر است که در زمان کریم‌خان زند می‌زیست. بنای آن در سال ۱۱۷۷ق به اتمام رسیده و در سال ۱۲۵۰ق تجدید بنا شده است.
این دوره به سه قرن سیزدهم، چهاردهم و پانزدهم هجری تعلق دارد. روند رشد حوزه چون گذشته ادامه دارد و در دوره قاجار چهار مدرسه «مسعودیه»، «سردار»، «حیدریه» و «صالحیه»، بنا شده و به تربیت عالمان فرزانه می‌پردازد.
(مدارس دیگری چون «شعبانکردی»، «ابراهیمیه»، «مدرسه جدید»، «مدرسه حاج سیدابراهیم تنکابنی»، و «مدرسه آقا»، از دیگر بناهایی هستند که تاریخ دقیق ساختمان آنها معلوم نیست.) شاید بتوان گفت «آل‌شهید ثالث» («شهید ثالث، مولی محمدتقی برغانی» و سه فرزند دیگر شیخ محمد ملائکه برغانی) از خاندان‌های بزرگ علمی مبارز شیعه، مشهورترین خاندان علمی این دوره از حوزه علمیه قزوین است. شهید ثالث پس از تحصیلات مقدماتی در حوزه علمیه قم از «علامه محقق میرزا قمی» بهره برد. آن‌گاه به اصفهان رفت و از آنجا رهسپار حوزه علمیهکربلا شد و از مؤلف ریاض العلماء و پسرش سود جست و به قزوین بازگشت و مرجعیت دینی یافت. عصر وی معاصر فتنه باب بود و شهید با مباحث عمیق علمی نقشه استعماری آنها را برملا می‌ساخت و مردم را به معروف دعوت و از منکر دور می‌داشت. پیروان آن فرقه را کافر می‌دانست. لذا بابیان نقشه قتل او را کشیده و در مسجد، به هنگام نماز شب در سال ۱۲۶۴ق به شهادت رسانیدند.
از دیگر عالمان این خاندان می‌توان به «محمد برغانی» (متوفی ۱۲۴۰ق) فرزند محمدصالح برغانی برادر شهید ثالث اشاره کرد که در جنگ ایران و روس به شهادت رسید و یا از «اسحاق برغانی شهیدی» (متوفی ۱۳۱۱ق) یاد نمود که در تحریم تنباکو ایفای نقش کرد.
پس از پیروزی انقلاب اسلامی با دعوت از اساتید حوزه علمیه قم، قزوین رونق علمی خویش را که با برنامه‌های ضددینی پهلوی از دست داده بود، به دست آورد. و اینک تحت اشراف حجت‌الاسلام و المسلمین باریک‌بین مدارسعلمیه مولا وردیخان، امام صادق (علیه‌السلام) (مدرسه پنجه‌علی سابق که در سال ۱۳۶۶ش تجدید بنا شده است.) و شیخ الاسلام... و تربیت طلاب علوم دینی را عهده دار شده است. و مدرسهعلمیه کوثر خواهران طلبه را آموزش می‌دهد. این حوزه ۱۸۰ طلبه از برادران و ۱۱۰ نفر از خواهران را تحت پوشش دارد و بیش از ۱۰۰ نفر روحانی مبلغ نیز، همگام با حوزه به امور فرهنگی و ارشادی شهر مشغولند. در حوزه علمیه قزوین علاوه بر دروس مقدماتی و سطح، دو درس خارج برپاست که فضلا از آن بهره‌مند می‌شوند.
