دومین مرحله در تلقی تفسیر و پیش از دوره تدوین تفسیر، دوره ائمه اطهار علیه‌السّلام است که از رحلترسول گرامی صلی‌الله‌علیه‌و‌آله‌وسلّم آغاز شد و حدود سیصد سال طول کشید. این دوره طبق تقسیم بندی علامه طباطبایی نخستین طبقه از طبقات سه گانه تفسیر شیعه به شمار می‌آید. در کتاب قرآن در اسلام آوده است:
"طبقه اول: کسانی که روایات تفسیری را از پیامبر اکرم صلی‌الله‌علیه‌و‌آله‌وسلّم و ائمهاهل بیت علیه‌السّلام فرا گرفتند و در اصول خود به طور غیرمرتب ثبت کرده و به روایت آن‌ها پرداخته‌اند؛ مانند: زراره و محمد بن مسلم (از فقهای شیعه و خواص امام پنجم و ششم) و معروف و جریر (از خواص اصحاب امام ششم) و امثال ایشان. زمان دسترسی به ائمه علیه‌السّلام طولانی بود و تقریبا سیصد سال ادامه داشت".
