قبر مقدّسش در آخر خیابان چهارمردان، معروف به در بهشت است و دارای صحن و ضریح چوبین و بارگاه مجلّل می‌باشد. و رواقش از کاشی‌های قرن هشتم آراسته شده و از کاشی‌ها در موزه آستانه مقدسه حضرت معصومه (علیهاالسلام) موجود است.
دو مزار دیگر نیز به او منسوب هستند. ۱. در خارج قلعه سمنان ۲. در قریه عریض در یک فرسخی مدینه.(یگانه کسی که فرموده حضرت علی بن جعفر (علیه‌السّلام) در قم است مرحوم علّامه بزرگوار ملا محمّد تقی (مجلسی اول) در شرح خود بر مشیخه من لایحضره الفقیه می‌باشد.) در نزدیک بارگاه علی بن جعفر (علیه‌السّلام) بقعه‌ای هست که در مرقد آن ابراهیم بن احمد بن موسی بن جعفر نگاشته‌اند و نیز بقعه‌ای وجود دارد که به محمّد بن موسی الکاظم (علیه‌السّلام) معروف است.
