مرجع تقلید، نایب عام مهدی (عجل‌الله‌تعالی‌فرجه‌الشریف) در دوران غیبت است. مرجع تقلید در مذهب فقهی امامیه به مجتهد جامع الشرایطی گفته می‌شود که توضیح المسائل (رساله عملیه) یا کتاب استفتائات داشته باشد و دارای پیروانی باشد که در فروع دین و احکام فقهی اسلامی از وی پیروی کنند. بنا به عقیده مشهور در میان فقهای شیعه مفتی و مرجع تقلید باید زنده باشد. (شیخ انصاری ادعای اجماع کرده است).
یکی از اموری که در دوران غیبت کبرا اهمیت ویژه‌ای دارد، تقلید از مجتهد جامع شرایط است. علمای شیعهامامیه می‌گویند: عمل به تقلید، به دلایل عقلی و نقلی لازم و واجب است. عقل، دستور می‌دهد که فرد ناآگاه، از دانشمندی آگاه و دانا راه‌نمایی بجوید و از او تقلید کند.
مرجع تقلید، مجتهدی عادل و وارسته است که قوانین اسلام را بر اساس قرآن، سنت، اجماع و عقل استنباط می‌کند. سلسله مراجع بزرگ تقلید از رحلت چهارمین نایب ویژه (ابوالحسن علیبنمحمدسمری) در سال ۳۲۹ ق به بعد آغاز شد. در این زنجیره، نام محمدبن یعقوب کلینی، محمدبنعلیبن بابویه قمی و ابوجعفر محمدبن حسن طوسی، تا امام خمینی که همه از مجتهدان شیعه و مراجع تقلید می‌باشند، قابل ذکر است.
نجف اشرف، از زمان شیخ طوسی، مرکز علمی شیعه قرار گرفت و مجتهدان بزرگ بیشتر، آن‌جا به تحصیل علم پرداختند. به نظر نمی‌رسد که نهاد مرجع تقلید، تا پیش از زمان شیخ محمدحسن اصفهانی نجفی (م ۱۲۶۶ ق) جنبۀ مرکزیت عام یافته باشد. جانشین بلافصل او شیخ مرتضی انصاری (م ۱۲۸۱ ق) بزرگ‌ترین مجتهد زمان خود به شمار می‌رفت.
