کتاب مفاتیح الاصول از مشهورترین تالیفات سید محمد مجاهد بن سید علی صاحب الریاض بن محمد علی بن ابی المعالی الصغیر حسنی طباطبایی (متوفای ۱۲۴۲ قمری) در علم اصول است و کتاب دیگر او «المناهل» در فقه، از کتابهای فقهی مشهور می‌باشد.
کتاب مفاتیح در سال ۱۲۲۶ به پایان رسیده، ولی در نسخه‌ای که در کتابخانۀ حاج شیخ عبد الحسین تهرانی موجود است زمان پایان یافتن کتاب را سال ۱۲۲۹ تعیین کرده، که شاید پاکنویس آن در سال ۱۲۲۹ به پایان رسیده باشد.
از نوآوریهای صاحب مفاتیح است، اگر چه بحث معانی حروف بیشتر به مباحث ادبی نزدیک است. ۲. از طرف دیگر، بعضی از مباحث الفاظ،مقدمۀ واجب، اجتماع امر و نهیومسالۀ ضد در کتاب مطرح نشده است. ۳. مباحث مربوط به توبه
البته این تقسیم بندی دارای قاعدۀ خاصی نیست و هر کجا مؤلف لازم دانسته آن مبحث را از سایر قسمتها جدا کرده است. در بعضی از صفحات کتاب قسمتی از صفحه خالی و سفید است که به عنوان نمونه در صفحۀ ۴۲۲ به نظر می‌رسد که عبارت کتاب ناقص باشد زیرا عبارت «و منها ما یکون حراما» ناتمام است و دنبالۀ آن نوشته نشده و با عبارت «السابع لا اشکال و لا شبهة فی انه اذا حصلت الندامة...» هیچ ارتباطی ندارد.
کتاب مفاتیح الاصول در نهایت گستردگی، دلائل و اقوال و فروع اصولی را مطرح نموده به حدی که ذکر منابع و مآخذ آن بسیار دشوار است و این نشان از وسعت اطلاعاتو توان علمی بالای مؤلف دارد. با این حال مؤلف در نقل مآخذ احتیاط کرده و در مواردی که مستقیما مطلبی را مشاهده نکرده اینگونه می‌گوید: «المحکی عن الشیخ ابی جعفر الطوسی، حکاه العلامة فی النهایة و ولده»
و در مواردی که مستقیما به منابع رجوع کرده باشد اینگونه می‌نویسد: «هو للطبرسی فی مجمع البیان و المحقق و السید عمید الدین، قال العضدی، و صرح العلامة و السید عمید الدین».
مصنف در بسیاری موارد نظریات جدوپدر بزرگوارش را بیان کرده و در تایید مطالب علمی استفاده می‌کند، مثل ابطال نظریۀ قطع به خطابات قرآنی: «و لقد اطال جدی- ره- فی مقامات عدیدة فی ابطال هذه الدعوی بما لا مزید علیه شکر الله عزوجل مساعیه الجمیلة» و یا اینکه در انتهای بحث عاموخاص در تنبیه سیزدهم: «قال جدی- ره-... و هو لجدی- قده- و والدی العلامة اعلی الله مقامه» و «کما اشار الیه والدی العلامة دام ظله العالی».
نسخه‌ای که به خط مؤلف نگاشته شده در دو جلد است. جلد اول از بحث دلالت لفظ تا آخر نسخ را شامل می‌شود و جلد دوم از تاسی به افعال پیامبر تا آخر بحث اجتهادوتقلید را در بر دارد. این دو جلد نزد یکی از نوادگانش بنام سید حسن بن سید جعفر بن علی نقی بن حسن بن محمد مجاهد موجود است.
نسخه‌ای نیز به خط غیر مؤلف در کتابخانۀ سید محمد باقر حجت موجود است. اگر آنچه در الذریعة گفته شده صحیح باشد، که جلد دوم نسخۀ خطی تا آخر بحث اجتهاد و تقلید است، بنابراین مباحث استصحاب، قیاسوتعادلوتراجیح در نسخه‌ای که به خط مؤلف می‌باشد، در ابتدا جزء کتاب نبوده و بعدها به آن اضافه شده است. کتاب مفاتیح برای اولین بار در سال ۱۲۷۰ با تصحیح محمد حسن بن علی قمی در ایران چاپ شده و برای بار دوم در سال ۱۲۹۶ انتشار یافته است.
