به گزارشابن صیرفی، وی در سخنرانیهای خود بویژه در ذم و تکفیرابن فارض سخن میگفت و حتی یک بار بعد از سخنرانی بقاعی بین طرفداران ابن فارض و اصحاب بقاعی درگیری شد و طرفین به ضرب و شتم یکدیگر پرداختند، ولی به رغم اعتراض و شکایت برخی علمای مصر به مقامات حکومتی، بقاعی در موضعگیری خود تجدید نظر نکرد.
[۷]ابراهیم بن عمر بقاعی، نظم الدرر فی تناسب الا´یات و السور، ج۱، ص۱۸۶، حیدرآباددکن ۱۳۸۹/۱۹۶۹.
[۸]ابراهیم بن عمر بقاعی، نظم الدرر فی تناسب الا´یات و السور، ج۱، ص۲۵۶-۲۵۷،ج۱، حیدرآباددکن ۱۳۸۹/۱۹۶۹.
[۱۳]ابراهیم بن عمر بقاعی، نظم الدرر فی تناسب الا´یات و السور، ج۱، ص۲، حیدرآباددکن ۱۳۸۹/۱۹۶۹.
[۱۴]محمدبن علی شوکانی، البدر الطالع، ج۱، ص۲۰، بیروت.
این کتاب که ثمره چهارده سال تلاش وی بود، مورد ایراد علمای عصرش قرار گرفت، و او را متهم کردند که در تفسیر خود به کتب عهدین ( تورات و انجیل ) استناد کرده است.
[۱۵]محمدبن علی شوکانی، البدر الطالع، ج۱، ص۲۰، بیروت.
[۱۶]مصطفی بن عبدالله حاجی خلیفه، کشف الظنون،ج۲، ستون ۱۹۶۲، بیروت ۱۴۱۰/۱۹۹۰.