بر اساس آنچه که سمهودی (م۹۱۱) نوشته، یادی از نامگذاری آن به مسجدعمر نکرده است. این مسجد، پس از سال ۸۵۰ توسط شیخ شمس الدین محمد سلاوی ساخته شد و به مرور به نام مسجدعمرشهرت یافت.
ممکن است سلاوی، اثری کهن از وجود مسجدی در این ناحیه می شناخته و بر همان اساس این مسجد را بنا کرده است؛ اما تاکنون شاهدی در این باره به دست نیامده است.