مرگ به معنای پایان حیات و رفتن از دنیاست و در اصطلاح فلسفه و کلام، جدا شدن همیشگی روح از جسم و انتقال آن از عالم دنیا به عالم آخرت است. امام خمینی نیز مرگ را استقلال نفس و انتقال آن از نشئه ملکی به نشئه ملکوتی و یا انتقال به حیات ثانوی ملکوتی می‌داند
مرگ را امری وجودی می‌داند که از نشئه ملکی به نشئه ملکوتی انسان را منتقل می‌کند و حیات ملکوتی آن قوی‌تری از وجود ملکی و دنیوی است؛ زیرا حیات ملکی عرضی است و زائل می‌شود؛ اما حیات ملکوتی، امری ذاتی است که به‌تبع استقلال نفوس به دست می‌آید.
امام خمینی با تفکیک شئون و مراتب مختلف حیات و موت، مرگ را پایان شئون مادی انسان می‌شمارد، اما شئون معنوی او را در حیاتی برتر که همان حیات حقیقی است، باقی و مستمر می‌داند، بنا بر نظر ایشان، حیات این دنیا، تنزل حیات حقیقی در عالم غیب است و مرگ در حقیقت رجوع به همان حیات حقیقی است که مراتب و شئون آن مختلف است.
ایشان در تعبیر چگونگی مرگ بر این باور است که نفسبا حرکت تدریجی و جوهری در مراحل هستی به مرحله تجرد رسیده، مستقل می‌شود، اما این حرکت تدریجی توسل قوا و عمّال عزرائیلی صورت می‌گیرد و در این حرکت، قوای نفس به‌تدریج رو به ضعف می‌رود تا اینکه به‌طورکلی از عالم طبیعت جدا شده، به برزخ منتقل می‌گردد، البته این استقلال نفوس و خروج از بدن، به اختیار نفس نیست، بلکه به‌محض استقلال و به آخر رسیدن حرکت نفس، جدایی نفس امری حتمی و یک لحظه تاخیر صورت نمی‌گیرد
به اعتقاد امام خمینی، حیات پس از مرگ برای انسان، امری خارج از نظام هستی و دایره ممکنات نیست و انسان با عنوان جزئی از این نظام، در مراحل هستی سیر می‌کند و در وجود او، عدم و نابودی راه ندارد.
[۸]خمینی، روح‌الله، دانشنامه امام خمینی، ج۹، ص۲۶۰، تهران، مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی، ۱۴۰۰.
