محمدرضا محقق تهرانی، پس از جریان مسجد گوهرشاد در سال ۱۳۱۴ شمسی و تبعیدآیات عظام خراسان و تعطیلی حوزه علمیه مشهد ناچار به تهران برگشته و از محضر مرحوم آیت‌الله آقامیرزا محمدعلی شاه آبادی بهره‌مند شده و سپس به قم آمده و از محضر آیات عظام حجت و خوانساری و صدر استفاده نمود و سپس به تهران رفت.
وی پس از مدتی اقامت در تهران و ورود آیت‌الله العظمی بروجردی، باز به قم برگشته و مدت نه سال تمام به اتفاق باجناقش آیت‌الله حاج شیخ محمدجواد خندق‌آبادی (سعید محمدی) در درس خارج معظم له شرکت نمود.
وی پس از ۲ سال توقف در مشهد، به تهران بازگشته و در مدرسه مروی به تدریس فقه و اصول مشغول شد تا اینکه در سال ۱۳۵۸ش دروس را تعطیل و به تألیف موسوعه (کتاب هفتاد جلدی) حقایق الفقه در شرح شرایع الاسلام پرداخت. وی خیلی نگران این بوده است که مبادا عمرش برای ادامه تألیفات کفاف ندهد، لذا ایشان برای صرفه‌جویی در وقت حتی در بین نمازهای جماعتی که در مسجد برپا می نمودند، مشغول تألیف کتاب می شدند. تاکنون حدود پنجاه جلد از حقایق الفقه چاپ و حدود بیست جلد دیگر در دست تألیف و طبع است. ایشان در مسجد خندق آباد واقع در خیابان مولوی اقامه جماعت می‌نمودند.
آیت‌اللّه محمدرضا محقق تهرانی، در سال ۱۳۷۳ش، در روز عید فطر پس از جمع‌آوری و رسیدگی به امور فطریه‌های نمازگزاران، نزدیک ظهر به لقای حق شتافت. مقبره ایشان در صحن مطهر حضرت معصومه روبروی مقبره آیت‌الله حاج شیخ محمدجواد خندق‌آبادی و آیت‌الله شیخ فضل‌الله نوری می‌باشد.
