عیسی خاقانی در ۱۲۵۳ به دنیا آمد. پس از وفات برادرش، شیخ حبیب، عهدهدار وظایف شرعی و دینی مردم خرمشهر شد و مدرسه علمیهای در آنجا بنا نهاد. عبدالمحسن خاقانی از وی اجازه روایت داشت و سیدعلوی بن حسین بحرانی از شاگردان او بود. شیخ عیسی در ۱۳۳۷ یا ۱۳۳۹ در خرمشهر درگذشت و پس از او، فرزندش عبدالحمید مرجع امور دینی مردم شد.