نوزدهم و بیستم میلادی بود که پس از درگذشت برادرش مولانا عبدالله، به ریاست سیاسی مذهبی مجاهدان (امیر المجاهدین) هندی ساکن سرحداتافغانستان رسید. مجاهدان، پیروان سید احمد بریلوی بودند که به همراه او برای ایجاد حکومت اسلامی در نواحی مسلمان نشین شمال غرب هند بدین منطقه آمده بودند. از آن زمان به بعد، سرحدات افغانستان، مرکز و مامن مجاهدین ضد انگلیسی هندی و افغانی گردید.