شرط راهیابی به معانی و حقایق عمیق قرآن را طهارت قلب معرفی می‌کند و اسرار کتاب الهی را جز برای اهل طهارت و پیراستگان از حجب ظلمانی و پلیدهای جسمانی، قابل‌درک نمی‌داند.
ایشان معتقد است کسی که بخواهد از معارف قرآن استفاده کند و از مواعظ آن بهره ببرد باید قلب خود را از گناه و معاصی پاک کند و از اشتغال به غیر خالی نماید؛ زیرا شخص غیر طاهر محرم اسرار قرآن و معارف الهی نیست.
امام خمینی درباره طهارت کتاب تدوینی و تکوینی معتقد است همان‌طور که برای کتاب تدوینی با توجه به بطون سبعه و پاکی از گناهان معنوی بر رذایل اخلاقی شرط است برای کتاب تکوینی الهی نیز برای فهم و تاویل آن منزه بودن از آلودگی عالم طبع شرط است.
ایشان برای باطن طهارت مراتبی را برمی‌شمارد که در دیگر کتب عرفانی کمتر بیان شده است از جمله: طهارتاهل ایمان، طهارت اهل باطن، طهارت اصحاب حقیقت، طهارت ارباب قلوب، طهارت اصحاب سرّ، طهارت اصحاب محبت و مجذوبین، طهارت اصحاب ولایت و طهارت ارباب صحو بعد از محو. به اعتقاد امام خمینی کمّل از اولیای الهی جمیع انواع طهارات را در خود جمع کرده‌اند.
