وی پس ازبازگشت به اصفهان به اقامه جماعت و ارشاد مردم پرداخت اما در اواخر عمر از این امور کناره گرفته، انزوا اختیار کرده و به عبادت مشغول بود. سرانجام در شب سه شنبه ۶ رجب ۱۳۸۲ق وفات یافته و در بقعه جدّ بزرگوار خویش «صاحب روضات» در تخت فولاد مدفون گردید. شاعر توانا استاد فضل‌اللّه اعتمادی متخلّص به «برنا» ماده تاریخ وفات ایشان را چنین سروده‌اند: نوشت خامه «برنا» برای سال وفاتش ••••• «ملاذ برد پناه از جهان بجانب حیدر»
وی نسخه‌ای از «نظام الاقوال» تالیف: نظامالدّینمحمّدقریشیساوجی را به خط زیبای خود کتابت نموده که در کتابخانه آیت‌اللَّه حاج سیّدمحمدعلی روضاتی موجود است.
