شهرستان اردبیل در منطقه‌ای سردسیر واقع و از جانب شمال به مشکین‌شهر و مرز ایران و جمهوری آذربایجان منتهی می‌شود. هر چند زمینه‌های تشیع در اردبیل به اواخر قرن سوم و اوایل قرن چهارم می‌رسد، اما با گرایش شیخ علی سیاهپوش (متوفی ۸۳۰ق) به مذهب شیعه بود که اغلب مردم به مذهب اثناعشری روی آوردند.
[۱]جمعی از نویسندگان، دایرة المعارف تشیع، ج۲، ص۶۰.
اولین گزارش‌های تاریخی درباره تاسیس حوزه علمیه اردبیل در قرن هشتم به چشم می‌خورد اما رونق اولیه آن از قرن دهم با حضور علمای بزرگی همچون مقدس اردبیلی حتی بصورت موقت، شروع شد. ولی با انتقال پایتخت به تبریز، از رونق آن کاسته و با حمله ترکان عثمانی رکود خاصی در این حوزه ایجاد شد. این رکود در قرن سیزدهم با حضور علمای بسیار، رخت بربسته و بار دیگر جای خود را به رونق و شکوفایی داد و این مهم تا به امروز در اردبیل ادامه دارد.
علی بن عبدالله اردبیلی که حدود ۶۷۰ هجری تولد یافته از مکتب فلسفی قطب شیرازی (متوفی ۷۱۰ق) و نظام طوسی و کمال‌الدین حسن شیرازی بهره برده و حساب و هندسه آموخته است. وی در سی سالگی بیضاوی را درک نموده و در شهرهایی چون بغداد، مشهد، حله و مراغه به مسافرت پرداخته و پس از سفر حج به مصر وارد و در ۱۷ رمضان ۷۴۲ق در قاهره از دنیا رفته است.
احمد بن محمد معروف به مقدس اردبیلی (متوفی ۹۹۳ق) از بزرگان علم در این دوره است که در نجف اشرف دوره عالی را طی کرده است و کتاب‌های مختلفی در علوم اسلامی به رشته تحریر درآورده است و صدها مشتاق علم الهی را دانش آموخته است. (برای مطالعه بیشتر به مقاله حوزه علمیه نجف اشرف رجوع کنید.)
سیدعزیزالله حسینی اردبیلی، از متکلمان این دوره است که در زمان شاه طهماسب در حوزه علمیه اردبیل کرسی تدریس داشته است. وی یکی از کتب شیخ طوسی در اصول دین را که به عربی نگاشته شده بود به فارسی ترجمه و تدوین کرده و به سال ۹۶۳ق از تالیف آن فراغت یافته است.
اردبیل پایتخت صفویان بود و توجه به عالمان شیعه و نشر فرهنگ علوی سرلوحه کار آنها قرار داشت، و همین امر موجب شد تا حوزه اردبیل نیز در پرورش عالمان شیعی ایفای نقش نماید. لیکن با انتقال پایتخت به تبریز، از رونق آن کاسته شد و با حمله ترکان عثمانی از رشد علمی بازماند. لذا با توجه به رونقی که در قرون پیش داشت در قرن دوازدهم هجری جز معدود افرادی که حیات حوزه را استمرار بخشیده‌اند، به رجال علمی بر می‌خوریم. «محمد بن احمد» معروف به «عابد اردبیلی» و فرزندش «صدرالدین اردبیلی» از دانشمندان ساکن در حوزه علمیه اردبیل هستند که حیات علمی و فرهنگی شیعه را در قرون دوازدهم دوام داده‌اند. عابد اردبیلی «تشریح الافلاک» را ترجمه کرده و به ظاهر مؤلف شرح مثنوی تحت عنوان «المغنی» است که حدود ۱۱۰۰ق نگاشته است.
سومین دوره از دوره‌های حوزه علمیه اردبیل شامل قرون سیزدهم، چهاردهم و پانزدهم قمری است که از پررونق‌ترین ادوار آن محسوب می‌گردد. شاید یکی از علل آن توجه به فقه جعفری و کناره‌گیری از مشرب صوفی‌گری است. (به یقین بین صوفی‌گری و عرفان اسلامی تفاوت‌های آشکاری است. و مقدس اردبیلی که خود از مخالفان صوفیه محسوب می‌گردد از عارفان سالک و فقهای بزرگ اردبیل است که در نجف اشرفمرجعیت عامه داشت.)
غالب فرهیختگان این دوره پس از طی علوم مقدماتی به حوزه علمیه زنجان، اصفهان، قزوین، کاظمین، کربلا و نجف اشرف رفته و پس از فراگیری دوره عالی علوم دینی به اردبیل بازگشته و یا در همان حوزه به تدریس و تالیف و نشر علوم اسلامی همت گمارده‌اند. برخی از آنان عبارتند از:
در حوزه علمیه اردبیل آثار علمی به زبان‌های عربی، فارسی و ترکی تالیف و تدوین یافت که در دوره سوم از جهت تعداد و تنوع موضوعات به اوج خود رسید. چنان‌که تنها شیخ عبدالعظیم معروف به «شیخ العلماء» و «شیخ العلماء صدوقی» از نوادگان شیخ صدوق بالغ بر ۵۹ جلد کتاب در علوم قرآنی، تفسیر، فقه، کلام، منطق و اخلاق تالیف کرد و برخی از آنها را در تهران، تبریز و اردبیل به چاپ رساند. برخی از آثار علمی شیعه به قرار زیر می‌باشند:
۱. تکملة المتاملین فی شرح تبصرة المتعلمین نوشته شیخ احمداردبیلی ۲. غنائم الدهر فی احکام الایام و الاسبوع و الشهر نوشته شیخ احمداردبیلی ۳. تقریرات فقه آیت‌الله سیدحسین کوه‌کمری نوشته آیت‌الله میر سیدصالح اردبیلی ۴. حاشیه بر رسائل شیخ انصاری نوشته آیت‌الله میر سیدصالح اردبیلی ۵. حاشیه بر صحیفة اسطرلاب نوشته شیخ عبدالستار اردبیلی ۶. شرح تشریح الافلاک نوشته شیخ عبدالستار اردبیلی ۷. احسن الحدیث نوشته شیخ عبدالعظیم اردبیلی ۸. اساس الایمان نوشته شیخ عبدالعظیم اردبیلی ۹. حقیقة الشفاعة نوشته شیخ عبدالعظیم اردبیلی ۱۰. مهمات الاصول و مهمات الفروع نوشته شیخ عبدالعظیم اردبیلی ۱۱. الکتاب المبین نوشته شیخ عبدالعظیم اردبیلی ۱۲. البعث و النشور، در اثبات معاد جسمانی نوشته آیت‌الله آقا میرزا علی‌اکبر مجتهد ۱۳. رسالة فی تقلید المیت نوشته آیت‌الله آقا میرزا علی‌اکبر مجتهد ۱۴. اصول الدین مسلمین نوشته آیت‌الله آقا میرزا علی‌اکبر مجتهد ۱۵. ثمار الفرار (۱۴ جلد) در فقه استدلالی نوشته آیت‌الله میرزا محسن مجتهد ۱۶. مصباح الزینة در مناسک حج نوشته آیت‌الله میرزا محسن مجتهد ۱۷. رساله در قطع نوشته آیت‌الله محمدابراهیم قلعه جوقی اردبیلی ۱۸. ابتلاء الاولیاء نوشته شیخ محمدصادق نمینی ۱۹. اتمام الحجة فی اثبات القائم الحجة (عجّل‌الله‌فرجه‌الشریف) نوشته شیخ محمدصادق نمینی ۲۰. رساله در اثبات واجب نوشته آیت‌الله میرزا یوسف مجتهد ۲۱. رساله در مکارم الاخلاق نوشته آیت‌الله میرزا یوسف مجتهد ۲۲. دوره کامل فقه نوشته آیت‌الله سیدیونس بن سیدتقی اردبیلی ۲۳. رساله در فروع علم اجمالی نوشته آیت‌الله سیدیونس بن سیدتقی اردبیلی ۲۴. رساله در ترتب معتقدات قاصر (در اصول عقاید) نوشته آیت‌الله سیدیونس بن سیدتقی اردبیلی ۲۵. علم الهدایة فی شرح الکفایة نوشته شیخ ابراهیم علومی ۲۶. اساسات الاصول نوشته شیخ ابراهیم علومی
مدارس علمیه «ملا ابراهیم»، «صالحیة»، و «حاج محمدحسن» از مدارس علوم دینی حوزه اردبیل هستند که در آن علاوه بر طلاب ایرانی، طلابی از کشورهای مجاور چون آذربایجان به تحصیل می‌پردازند و علاوه بر آن در شهرهای دیگر استان همچون خلخال، مشکین‌شهر و پارس‌آباد نیز حوزه‌های علمیه مشغول فعالیت در امر تحصیل علوم دینی هستند.
علاوه بر حضور سیاسی عالمان سترگ اردبیل در نهضت مشروطیت باید به حضور «آیت الله سیدیونس بن سیدتقی اردبیلی» در قیام گوهرشاد اشاره کرد که در آن زمان در مشهد زندگی را به تدریس و مرجعیت می‌گذراند تا در واقعه گوهرشاد به اردبیلتبعید شد و در سال ۱۳۶۱ق به مشهد بازگشت و ۲۱ ذیقعده ۱۳۷۷ق در تهران به دیار باقی شتافت.
[۱۸]جمعی از نویسندگان، دایرة المعارف تشیع، ج۲، ص۶۴ و رک: صفری، بابا، تاریخ اردبیل.
[۱۹]رک: شیرازی، عبدالرحمن بن نصرالله، تاریخ علمای خراسان.
