قم از نخستین شهرهایی است که در ایرانمذهب تشیع را پذیرفت و از ربع آخر قرن اول هجری، فرهنگ شیعی، فرهنگ مردم این دیار شد. مردم آن نخستین کسانی بودند که برای امامان (علیهم‌السّلام) خمس فرستادند
و ائمه شیعه بارها از اهل قم و این سرزمین مقدس اسلامی به عظمت یاد کردند. یکی از ارکان وجودی و ویژه قم در طول تاریخ آن حوزه علمیه بوده که تاسیس آن به عصر امامان و شاگردان آن حضرات باز می‌گردد. اولین چالش این حوزه هم‌زمانی با حوزه ری بود که تا مدتی گوی سبقت را از آن ربود، البته سخت‌گیری‌های حکومتی و یورش مغول به ایران، توانست حوزه قم را به رکود ببرد اما بعد از حضور آیت‌الله حایری در قم، گویا در پیکر خسته حوزه قم جانی تازه دمیده شد و تا این حوزه بتواند تا به امروز رو به گسترش علم و فرهنگ قدم برداشته است.
نخستین دوره از حوزه علمیه قم به عصر امامت و شاگردان حوزه‌های درس ایشان اختصاص دارد که پس از اخذ علم و توانایی در نشر فرهنگ اسلامی، قم را به عنوان پایگاه شیعه انتخاب نموده و در آن به ترویج مکتب علوی پرداخته‌اند.
این دوره به دو قرن چهارم و پنجم هجری اختصاص دارد که شاگردان دوره اول یا شاگرد شاگردان آنها می‌باشند. در قرن چهارم، رونق حوزه علمیه ری، حوزه علمیه قم را تحت الشعاع قرار داد. چرا که با وجود شخصیت‌هایی چون شیخ صدوق در ری، دانشجویان اسلامی، ری را بر قم ترجیح می‌دادند. لیکن نباید از خاطر دور داشت که سیره علمی محدثان اسلامی بر این بوده است که در شهری به خصوص ساکن نباشند و با مسافرت‌های خویش علاوه بر نشر احادیث معصومین (علیهم‌السّلام)، به فراگیری احادیث از اساتید فن همت گمارند. لذا دانشمندان حوزه ی ری و قم نوعی تبادل فرهنگی داشتند و شاید از این روست که مورخین تاریخ قم و ری برخی از دانشمندان این دوره را به شهر خویش منسوب می‌دارند.
۱) «علی بن حسین بن موسی قمی» پدر شیخ صدوق (متوفی ۳۲۹ق) از فقهای شیعه امامیه است که پیشوای علمای قم در عصر خویش شمرده می‌شد و طی نامه‌ای از حضرت ولی عصر (عجل‌الله‌تعالی‌وفرجه‌الشریف) خواسته بود دعا کند خدا پسری به وی کرامت فرماید و شیخ صدوق به دعای آن حضرت متولد گردید. کتاب «الامامه و التبصره من الحیره» از تالیفات به جای مانده اوست. ۲) «ابن‌ولید قمی» از دیگر فقها و محدثان این دوره است که در سال (۳۴۳ق) از دنیا رفته و «الجامع» و «التفسیر» از کتاب‌های اوست. ۳) «ابوالحسن محمد بن احمد بن داود قمی» معروف به «ابن داود قمی» (متوفی ۳۶۸ق) از دیگر دانشمندان نامی قم در این دوره است که کتاب مزار و کتاب ذخائر از آثار مهم اوست. ۴) «جعفر بن محمد قولویه» (متوفی ۳۶۸ق) ۵) «شیخ صدوق، محمد بن بابویه قمی» (متوفی ۳۸۱ق) از دیگر دانشمندان نامدار این دوره می‌باشند که ده‌ها کتاب از آنان بر جای مانده است از جمله کتاب «من لا یحضره الفقیه» که یکی از کتب اربعه شیعه است و بارها از سوی دانشمندان شیعه شرح و ترجمه شده است. علاوه بر این شیخ صدوق توانست آثار روایی شیعه از پیشینیان را به ارث برد و با تالیف سیصد کتاب مبانی اسلامی را با مهارت‌های قابل تحسین تدوین نماید. بدین ترتیب دوره دوم حوزه علمیه قم را گروه کثیری از محدثان و فقهای شیعه، شکل داده‌اند که شاگردان دوره اول و اساتید علمای شیعه قرن پنجم بوده‌اند. دانشمند متتبع شیخعبدالکریم ربانی شیرازی ۲۵۲ تن از اساتید و ۲۷ تن از شاگردان شیخ صدوق را در مقدمه «معانی الاخبار» (چاپ مکتبه صدوق) نقل کرده است.
این دوره از قرن ششم تا قرن نهم هجری را شامل است. حوزه علمیه قم در این دوره از وضع مناسبی برخوردار نبود و مردم آن بارها قتل عام شده و شهر رو به ویرانی نهاد هرچند مدتی نیز پایتخت تیموریان بود. در تاریخ قم به قتل عام‌ها و تخریب شهر بر می‌خوریم ولی شاید حمله مغول در سال ۶۳۱ از ویران‌گرترین نوع آن قتل عام‌ها و تخریب‌ها به شمار رود
بدین ترتیب رکود علمی از قرن ششم شروع شد و در قرن هفتم و هشتم با حضور سلسله‌های ویرانگر مغول و تیموریان رشد کرد. در قرن نهم علمای قم با اخذ تدابیر زیرکانه به مقابله با رکود فرهنگی برخاستند و در صدد تحکیم پایه‌های علمی در حوزه پر سابقه قم برآمدند.
«قطب‌الدین ابوالحسن سعید بن عبدالله بن الحسین بن هبه‌الله بن الحسن الراوندی» (متوفی ۵۷۳ق) از جمله دانشمندان فاضل و متبحری است که در این دوره می‌زیسته است. وی که در قم به خاک سپرده شده از فقها و محدثان بزرگ شیعه است که زمانی در قم سکونت داشته و از محضر قریب به سی دانشمند از علمای فریقین بهره جسته بود با تربیت شاگردان در حفظ حوزه علمیه قم و استمرار بخشیدن به حیات علمی آن کوشیده است.
این دوره از قرن دهم شروع می‌شود و تا قرن سیزدهم معاصر با سلسله‌های صفویه، افاغنه، افشاریه، زندیه و قاجاریه امتداد می‌یابد. نخستین بخش از این دوره معاصر با سلسله صفویه است که با مهاجرت علمای شیعه جبل عامل لبنان به ایران و نشر تفکر اصولی شیعه همراه بوده است در این مقطع با تاسیس مدارس شیعی در اصفهان و دیگر شهرهای ایران چون قم، شیراز، قزوین و مشهد دانش‌های دینی و تفکر شیعی و از آن جمله علوم عقلی فلسفی و کلام رو به رشد گذاشت.
با رشد اخباری‌گری در حوزه اصفهان نه تنها علمای اصولی، این حوزه را ترک کردند بلکه برخی از دانشمندان علوم عقلی از جمله فیلسوف پر آوازه صدرالدین شیرازی مشهور به «ملاصدرا» نیز از این دیار رانده شدند و حضور ملاصدرا در حوزه علمیه قم هر چند موجبات رکود علوم عقلی را در حوزه اصفهان به همراه داشت، ولی باعث رونق دانش‌های عقلی در حوزه علمیه قم گردید و با پرورش شاگردان و تالیفات خویش زمینه پذیرش تفکر اصولی را در این حوزه فراهم ساخت؛ در حالی که حوزه قم تا قبل از این دوره بیشتر مهد پرورش محدثان شیعه بود.
ملا محسن فیض (متوفی ۱۰۹۱ق)، ملا عبدالرزاق لاهیجی مؤلف کتاب شوارق و شیخحسین تنکابنی (متوفی ۱۱۰۴ق) از شاگردان مکتب فلسفی صدر المتالهین شیرازی و هر یک در سلوک علمی و مشی فلسفی، از تفکر آزاد برخوردار بودند. این بینش خود از مکتب صدر المتالهین ریشه می‌گیرد که به تلامیذ خود این اجازه را داد تا با اندیشه‌ای باز به علوم و فلسفه بنگرند و خود را در علوم عقلی یا روش فلسفه استاد محصور ننمایند. بر همین اساس بود که فیض کاشانی در فقه به روش اخباری‌ها به تالیف کتاب پرداخت و کتاب‌های نفیسی چون «المحجه البیضا‌ء فی احیاء الاحیاء» در علم اخلاق را تالیف کرد و در کتاب «وافی» به تدوین احادیث شیعه همت گمارد و در فلسفه نیز «اصول المعارف» را نگاشت.
[۱۶]رک: آشتیانی، سیدجلال‌الدین، منتخباتی از آثار حکمای الهی ایران، ج۲، ص۱۱۲-۱۵۰.
از علمای این عصر که از جمله آن ملا صدرا بود، علمای دیگری بودند که در ذیل به آن اشاره می‌کنیم:
۱) قاضی سعید قمی (متوفی ۱۱۰۳ یا ۱۱۰۴ق) از دیگر دانشمندان و مدرسان فلسفه و عرفان این دوره در حوزه علمیه قم است که از شاگردان فیض و فیاض و ملا رجبعلی تبریزی می‌باشد. ۲) از دیگر دانشمندان دوره صفویه در حوزه علمیه قم، ملا محمدطاهر قمی است که در فقه و کلام تبحری خاص داشت و به مقام شیخ الاسلامی قم منصوب شده است. ۳) محقق رجالی سیدمصطفی تفرشی از دیگر دانشمندان این دوره است که «نقد الرجال» از آثار اوست.
با یورش افغانان و پدید آمدن آشفتگی‌ها، دانش سیر انحطاط آغاز نمود و رونق حوزه‌های علمی از میان رفت و سران دولت‌ها تنها به کشورگشایی توجه نموده، اصول تحکیم حکومت و پایداری آن را که در فرهنگ و مردم ریشه داشت، از خاطر بردند، لذا افشاریه و زندیه و قاجاریه یکی پس از دیگری روی کار آمده، در اثر نداشتن بنیه فرهنگی از میان رفتند. شیخ آقابزرگ تهرانی بالغ بر بیست نفر دانشمند شیعی قمی را در قرن دوازدهم نام می‌برد که هر یک با تحقیق و تالیف کتب شیعی و قبول مسؤولیت‌هایی در مجامع شیعیان و حوزه علمیه قم به ایفای نقش پرداخته‌اند.
چنانکه گذشت حضور حکمای الهی در این دوره از حوزه علمیه قم باعث ظهور علم اصول در آن گردید. چرا که فلاسفه‌ای چون صدر المتالهین شیرازی زمینه اندیشه آزاد را در حوزه قم ایجاد کرده بودند.
لذا میرزای قمی (۱۱۵۱-۱۲۳۱) پس از تحصیل در عتبات عالیات و بهره مندی از اساتید فقه و اصولنجف اشرف و کربلا بسان وحید بهبهانی، دامنه اصول فقه را از عتبات به قم کشاند و آن زمانی بود که پس از بازگشت از عراق،حوزه اصفهان و شیراز را مناسب مقام خویش نیافت و وقتی وارد حوزه علمیه قم شد، تشنگان معارف جعفری را با فقه شیعی و مبانی اجتهادی آن آشنا ساخت
و مرجع دینی شیعیان در عصر خود شد و با تالیف و تدریس اصول استنباط و منطق اجتهاد به «محقق قمی» مشهور گردید. کتاب «القوانین المحکمه فی علم الاصول» از مهم‌ترین کتب وی می‌باشد که تا زمان ما از کتب درسی حوزه‌ها محسوب می‌گردید.
این دوره از اواخر قرن سیزدهم شروع می‌شود و تا عصر حاضر امتداد می‌یابد. نقطه تحول این دوره از زمانی آغاز می‌شود که حضرت آیت‌الله العظمی حائری در این حوزه مسکن گزید و با انفاس قدسیه خویش حوزه علمیه قم را جانی تازه بخشید و به «آیت‌الله مؤسس» شهرت یافت. پیش از آیت‌الله حائری، علامه مجاهد آیتاللهشیخمحمدتقی بافقی یزدی از نجف‌اشرف به قم مهاجرت کرد و با هماهنگی بین دانشمندانی چون، «آیت‌الله حاج شیخابوالقاسم کبیر قمی» و «آیتاللهشیخ مهدی» و «آیت‌الله محمد ارباب» مقدمات تاسیس حوزه را فراهم آورد.
آنان پس از بحث و بررسی به این نتیجه رسیدند که فردی خارج از قم به این شهر آمده، رایت علم و فقه را در حوزه برافرازد. شخصی که خود از جهات علمی و تقوایی به مدارج عالی کمال نایل آمده و توانایی رهبری و ریاست حوزه علمی شیعه را داشته باشد. این شخصیت برجسته کسی جز آیتاللهشیخ عبدالکریم حائری نبود. دانشمند فرزانه‌ای که از محضر اساتید عتبات عالیات بهره برده و به دریای علوم اهل بیت (علیهم‌السّلام) پیوسته بود. آیت‌الله حائری از سال ۱۳۳۲ق بنابر دعوت برخی، از کربلا به اراک هجرت کرد و در مدت هشت سال در آن شهر ساکن شد و حوزه علمیه اراک را سامان بخشید تا در ۲۲ رجب سال ۱۳۴۰ق (مصادف با نوروز ۱۳۰۱ش) به قصد زیارت حضرت فاطمه معصومه (سلام‌الله‌علیها) به قم آمد و با استقبال علما و مردم قم رو به رو شد و پس از تقاضای مکرر حوزه، از اراک به قم انتقال داده و در قم ساکن شد.
هجرت آیت‌الله حائری از اراک به قم و سامان بخشیدن به نظام آموزشی آن، به اندازه‌ای اهمیت دارد که حضرت امام حضور نیافتن ایشان در آن دوره را برابر با از میان رفتن اسم و رسم مسلمانی دانسته‌اند. نخستین سال تاسیس حوزه علمیه قم مقارن با تبعید برخی از مراجع عظام و نوابغ قرن چهاردهم هجری از عتبات به ایران بود.
حضور فرزانگان نجف مایه تحکیم حوزه علمیه قم گردید و یادآور این معنی شد که حوزه‌های علمیه شیعه، پایگاه‌های جهاد و اجتهاد در دور افتاده‌ترین نقاط کشور پهناور اسلامی هستند و اگر حوزه نهصد ساله نجف مورد تهدید قرار گیرد، حوزه قم رسالت آن را برعهده می‌گیرد.
از دیگر رویدادها و نهضت‌های اسلامی این دوره حرکت‌های پرخاشگرانه حاج آقا نورالله اصفهانی، آیت‌الله بافقی، آیت‌الله میرزا صادق تبریزی و آیت‌الله حائری در مقابل موضع‌گیری‌های ضددینی رضاخان است که آرزوهای مهاجمان فرهنگی را مورد خدشه قرار داد. تلگراف حضرت آیت‌الله حائری به رضاخان بدین مضمون است: «عرض می‌شود، بنده با اینکه تا کنون در هیچ کاری دخالت نداشتم اکنون می‌شنوم اقدام به کارهایی می‌شود که مخالفت صریح با طریقه جعفریه و قانون اسلامی دارد که دیگر خودداری و تحمل برایم مشکل است. «الاحقر عبدالکریم حائری»
دانشمندان فرزانه، حکما و فلاسفه و فقها و اصولیان دیگری نیز در این دوره در حوزه علمیه قم به فعالیت علمی و پرورش اهل دانش اشتغال داشتند که برخی از آنان عبارتند از:
سال ۱۳۶۳ق برابر با ورود حضرت آیت‌الله العظمی بروجردی به حوزه علمیه قم بود. هرچند ایشان در زمان آیت‌الله مؤسس از سوی وی به قم دعوت شده بود لیکن کناره‌گیری از مناصب اجتماعی را ترجیح داده، دعوت آیت‌الله حائری را اجابت نکردند تا در اواخر سال ۱۳۶۳ق دوران ریاست سه مرجع بزرگوار خوانساری، حجت، صدر به قم آمده، در حوزه علمیه قم اقامت اختیار کرده، ریاست حوزه را بر عهده گرفت و به عنوان بزرگ زعیم عالم تشیع، شهرت جهانی یافت و علاوه بر ایران نمایندگانی به کشورهای اسلامی فرستاد.
هر یک از علما در علوم مختلف روش خاصی برای تدریس داشتن و از این قاعده حضرت آیت‌الله بروجردی مستثنی نبود. در ذیل به بعضی از روش‌های تدریسی ایشان در علوم مختلف اشاره می کنیم: ۱) تدریس فقه: مکتب خاصی که ایشان در تدریس فقه بنا نهاد این بود که اساس مسایل را استخراج و ادله دیگر را رها می‌کرد. آنگاه با توجه به اقوال علمای اهل سنت و شیعه و سیر تاریخی آن به مدارک اقوال مراجعه می‌کرد و با بررسی اسناد احادیث نظر خویش را بیان می‌فرمود. ۲) تدریس رجال: همچنین ایشان در علم رجال نیز روش خاصی داشت به گونه‌ای که نخست تعداد راویان را مشخص نموده و به شخصیت‌های آنان می‌پرداخت، آنگاه با به دست آوردن حذف واسطه و تعیین مشترکات و معلوم شدن تحریف و تصحیف، به تعیین طبقات راویان می‌پرداخت و اعتبار سند حدیث را مورد نقد و بررسی قرار می‌داد.
[۲۷]دوانی، علی، زندگانی زعیم بزرگ عالم تشیع، آیت‌الله بروجردی، ص۱۵۷-۱۶۰.
حضرت امام در طول دوران پانزده ساله مرجعیت آیت‌الله بروجردی به تدریس خارج فقه و اصول مشغول بود و به مناسبت دروس و یا رخدادهای سیاسی به تالیف و تدوین کتاب و رساله‌هایی نیز می‌پرداخت که مشحون از نظریات جدید در باب فقه سیاسی بود. ایشان برای وقوع یک انقلاب اسلامی، انقلاب اعتقادی و شکستن جو جمود و تحجر را لازم می‌دانست. لذا با تالیف فقه سیاسی در رساله‌هایی چون «اجتهاد و تقلید» و «رساله تقیه» اصول فلسفه سیاسیاسلام را تبیین فرمود و در هر فرصتی اندیشه‌های سیاسی شیعه را بیان کرد و در درس خارج فقه که محور و پایه آن کتاب مکاسب «شیخ انصاری» بود در بحث «مکاسب محرمه» مباحث معامله با حاکمان ستمگر، کمک به ظالم، پذیرش حکومت ستمگران و... را مطرح و رد می‌نمود و در بحث «تقیه» به سبک شیخ اعظم انصاری معنی حقیقی تقیه را بیان می‌داشت. حضرت امام در این عصر مرزبان حماسه جاوید بود و با تالیف «کشف الاسرار» به مبارزه با کج‌اندیشانی رفت که در صدد نشر مسلک وهابیت و عقاید کسروی بودند و با ادله کلامی، فقهی، تاریخی و سیاسی ساختار حکومت استبداد رضاخان را مورد نقد و رد قرار داده و طرح حکومت اسلامی را بر مبنای «ولایت فقیه» ارائه داد.
علاوه بر مراجع تقلید شیعه، در این دوره رجالِ علم و دانشمندانی در علوم مختلف اسلامی حوزه علمیه قم را مرکز دانش پژوهی و تعلیم و تربیت قرار داده‌اند که برخی از آنان عبارتند از:
آنچه که در این دوره از حوزه علمیه اهمیت ویژه دارد، رشد تفکر فلسفه سیاسی است که شاید بتوان گفت در هیچ یک از دوره‌های فرهنگی، این رشد و شکوفایی در حوزه‌های علمیه روی نداده است. در این دوره مبانی اندیشه سیاسی اسلام مورد بررسی قرار گرفته و اصول اولیه تدوین می‌یابد تا نظریه «ولایت فقیه» به صورتی جامع و کامل مطرح شده و تا نقد مکاتب فلسفی غرب، جایگاه خویش را در متن جامعه پیدا می‌کند. در این دوره دیگر بار پس از هزار و چهارصد سال مبانی عقیدتی و فلسفه سیاسی اسلام از کتاب‌ها و کتابخانه‌ها و اندیشه‌های فردی خارج شده و در متن جامعه پیاده شده «مدینه فاضله اسلامی» برپا می‌گردد.
