محمد مدت پنج سال ساکن مکه بود و چون به سیستان بازگشت، هر چه داشت فروخت و به نیشابور رفت و طاهر بن عبدالله وی را زندانی کرد، پس از آزادی، به شام رفت و چون دوباره به نیشابور بازگشت، محمد بن طاهر بن عبدالله نیز او را زندانی ساخت.
پس از رهایی از زندان به بیت المقدس رفت و در آنجا به سال ۲۵۵ق وفات یافت و در مقابر انبیا (صلیاللهعلیهوآلهوسلّم) در باب اریحا در جوار حضرت زکریا و یحیی و دیگر پیامبران دفن شد.