ابن شدقم پس از درگذشت پدرش در سال ۹۶۰ق منصب نقابت سادات را در مدینه عهدهدار شد. اما اندکی بعد، از این سمت استعفا کرد. وی در شعبان سال ۹۶۲ق مدینه منوره را ترک کرد و عازم هند شد و در دکن به دربار سلطان حسین نظامشاه راه یافت. پس از مدتی کوتاه آن شهر را به قصد شیراز ترک گفت و پس از حدود دو سال اقامت در این شهر، در ذی قعده۹۶۴ق برای زیارت مرقد امام هشتم علیبن موسی الرضا (علیهالسّلام) از شیراز به خراسان رفت و در آنجا با شاه طهماسب صفوی اول دیدار نمود و مورد توجه شاه قرار گرفت. اما از آن پس به دعوت نظامشاه بارِ دیگر رهسپار هند شد و شاه و لشکریانش به گرمی از او استقبال کردند.
نظامشاه خواهر خود، فتحشاه، را به ازدواج او درآورد و از این راه ثروتی به ابن شدقم رسید. او مقدار فراوانی از ثروت خود را سالانه برای بستگانش به مدینه میفرستاد.
[۲۲]Asocio-intellectual history of the Isna `Ashari shi`ism in India، p۲۸۴.
چون نظامشاه درگذشت، به سبب خردسالی فرزندش مرتضی، ابن شدقم مدتی کوتاه امور مملکت را به دست گرفت و سپس به مدینه نزد خانواده خود بازگشت. اما ریاست و منزلتی که در هند داشت، در مدینه و نزد خاندانش فراهم نبود. پس بار دیگر در ۹۸۸ق عازم هند شد و مورد احترام شاه مرتضی قرار گرفت.
ابن شدقم به سال ۹۹۹ق. در ۵۷ سالگی در دکن هند وفات یافت و همان جا به خاک سپرده شد. چندی بعد بر پایه وصیت او، پسرکوچکترش حسین جنازهاش را به مدینه برد و در قبرستان بقیع به خاک سپرد.