پس از هجوم محمود افغان به اصفهان در زمان شاه سلطان حسین (۱۱۰۵-۱۱۳۵) و سقوط سلسله صفویان، افغان‌ها خاتون‌آبادی را که وزیر مریم بیگم (عمه شاه) بود، بسیار شکنجه کردند تا اموالش را بگیرند. این حادثه در روحیه او تأثیر بسیار گذاشت و به گفته خود او، سبب توجه بیش‌تر وی به مسائل اخروی شد. او سپس به خاتون‌آباد (در اطراف اصفهان) رفت و به عبادت مشغول شد، ولی همچنان مرجع دینی مردم بود.
(۱) کرمانشاهی، احمد، مرآت الاحوال جهان نما، سفرنامه، قم ۱۳۷۳ش. (۲) آقا بزرگ طهرانی، الذریعة الی تصانیف الشیعة، چاپ علی نقی منزوی و احمد منزوی، بیروت ۱۴۰۳/۱۹۸۳. (۳) آقا بزرگ طهرانی، طبقات اعلام الشیعة، الکواکب المنتشرة فی القرن الثانی بعد العشرة، چاپ علی نقی منزوی، تهران ۱۳۷۲ش. (۴) آقا بزرگ طهرانی، مُصَفَّی المَقال فی مُصَنِّفی علم الرجال، چاپ احمد منزوی، تهران ۱۳۳۷ش. (۵) حبیب‌آبادی، محمدعلی، مکارم الآثار، ج ۲، اصفهان ۱۳۴۲ش. (۶) حسینی اشکوری، احمد، تلامذة العلامة المجلسی و المجازون منه، چاپ محمود مرعشی، قم ۱۴۱۰. (۷) خاتون‌آبادی، محمدحسین بن محمدصالح، احوال العلماء من اقارب المؤلف، نسخه خطی کتابخانه (ش ۱) مجلس شورای اسلامی، ش ۷/۵۵۰۱. (۸) خاتون‌آبادی، محمدحسین بن محمدصالح، مناقب الفضلاء، چاپ جویا جهانبخش، در میراث حدیث شیعه، دفتر ۴، چاپ مهدی مهریزی و علی صدرایی خویی، قم، مرکز تحقیقات دارالحدیث، ۱۳۷۸ش. (۹) خوانساری، محمدباقر، روضات الجنات. (۱۰) قزوینی، عبدالنبی بن محمدتقی، تتمیم امل الآمل، چاپ احمد حسینی، قم ۱۴۰۷. (۱۱) کشمیری، محمدعلی بن صادقعلی، کتاب نجوم السماء فی تراجم العلماء، قم (۱۳۹۴). (۱۲) موسوعة طبقات الفقهاء، اشراف جعفر سبحانی، قم، مؤسسة الامام الصادق، ۱۴۱۸ـ۱۴۲۴. (۱۳) نوری، حسین بن محمدتقی، فیض قدسی، زندگینامه علامه محمدباقر مجلسی (۱۰۳۷ـ۱۱۱۰هق)، ترجمه جعفر نبوی، تهران ۱۳۷۴ش.
