بر اساس آن‌چه که سمهودی (م۹۱۱) نوشته، یادی از نامگذاری آن به مسجد عمر نکرده است. این مسجد، پس از سال ۸۵۰ توسط شیخ شمس الدین محمد سلاوی ساخته شد و به مرور به نام مسجد عمر شهرت یافت.
ممکن استسلاوی، اثری کهن از وجود مسجدی در این ناحیه می شناخته و بر همان اساس این مسجد را بنا کرده است؛ اما تاکنون شاهدی در این باره به دست نیامده است.
