سید علی خامنه‌ای

ذخیره مقاله با فرمت پی دی اف

---

سید علی حسینی خامنه‌ای، معروف به آیت‌الله خامنه‌ای، از فقیهان، مفسران و رهبر عالی جمهوری اسلامی ایران بود که پس از امام خمینی به عنوان دومین رهبر جمهوری اسلامی ایران برگزیده شد.
نسب ایشان به سادات افطسی و امام سجاد (علیه‌السلام) می‌رسد. آیت‌الله خامنه‌ای دروس عالی فقه، اصول و فلسفه را در حوزه‌های مشهد، نجف و قم نزد اساتیدی همچون آیت‌الله بروجردی، سید محسن حکیم، سید ابوالقاسم خویی، سید محمود شاهرودی، حاج شیخ مرتضی حائری یزدی، سیدمحمد محقق داماد، علامه طباطبایی و امام خمینی فرا گرفت و به مقام اجتهاد رسید.
آیت‌الله سید علی خامنه‌ای از ارکان اصلی مبارزه علیه رژیم پهلوی بود که به دلیل فعالیت‌های سیاسی، شش بار بازداشت شد و مدتی را در ایرانشهر و جیرفت در تبعید گذراند. وی با برگزاری جلسات تفسیر قرآن و تبیین اندیشه انقلابی در مشهد، نقش مؤثری در هدایت طلاب و دانشجویان ایفا کرد.
سید علی خامنه‌ای پس از پیروزی انقلاب در مناصبی چون امامت جمعه تهران، نمایندگی مجلس و ریاست جمهوری خدمت کرد. وی در دوران دفاع مقدس با حضور مستقیم در جبهه‌ها و عضویت در شورای عالی دفاع، مدیریت راهبردی جنگ را بر عهده داشت و از سوی رهبر فقید انقلاب به عنوان فردی متعهد و روشن‌بین ستوده شد.
ایشان علاوه بر فعالیت‌های سیاسی، در حوزه‌های ادبی و تاریخ معاصر صاحب‌نظر بودند و در زمینه تفسیر، تاریخ اسلام و معارف اسلامی دارای آثار متعددی هستند. برخی از مهم‌ترین آثار ایشان عبارتنداز:
آیت‌الله سید علی حسینی خامنه‌ای پس از عمری مجاهدت و رهبری حکیمانه ملت ایران و محور مقاومت اسلامی، سرانجام در تاریخ ۱۰ اسفند ۱۴۰۴ش در ماه رمضان در منزل و دفتر کارشان همراه با برخی از بستگان در تجاوز دشمن آمریکایی و صهیونیستی به فیض شهادت رسیدند.

---

سیدعلی حسینی خامنه‌ای، معروف به آیت‌الله العظمی سیدعلی خامنه‌ای فرزند مرحوم حجت‌الاسلام و المسلمین حاج سیدجواد حسینی خامنه‌ای، در فروردین ماه سال ۱۳۱۸ شمسی برابر با ۱۳۵۸ قمری در مشهد مقدس چشم به جهان گشود. او دومین پسر خانواده بود.

---

جد اعلای سید علی خامنه‌ای، سید محمد حسینی تفرشی بود که نسب‌شان به سادات افطسی می‌رسد. شجره وی به سلطان العلماء احمد، معروف به سلطان سید احمد می‌رسد که با پنج واسطه از اخلاف امام سجاد (علیه‌السّلام) است.
جدش سید حسین خامنه‌ای (تولد حدود ۱۲۵۹ق/ درگذشت ۲۰ ربیع الثانی ۱۳۲۵ق) در خامنه به دنیا آمد و در نجف نزد اساتید بزرگی چون سید حسین کوه کمری، فاضل ایروانی، فاضل شربیانی، میرزا باقر شکی و میرزا محمدحسن شیرازی تلمذ کرد و پس از طی مدارج علوم دینی در حوزه علمیه نجف اشرف، در زمره فقها و مدرسان آن حوزه قرار گرفت.
وی در سال ۱۳۱۶ق به تبریز آمد و مدرس مدرسه طالبیه و امام جماعت مسجد جامع آن شهر شد. سید حسین خامنه‌ای دارای افکار بلند سیاسی و اجتماعی و از علمای طرف‌دار مشروطه بود و همواره مردم را به حمایت و پاسداری از نهضت مشروطه تشویق می‌کرد.
برخی از آثار علمی ایشان از جمله حاشیه بر کتاب‌های ریاض المسائل، قوانین الاصول، مکاسب شیخ انصاری ، فوائدالاصول و شرح لمعه، وقف کتابخانه حسینیه شوشتری نجف شد. شیخ محمد خیابانی، روحانی مبارز و مجاهد عصر مشروطه، شاگرد و داماد وی بود.
سید محمد خامنه‌ای (۱۲۹۳ نجف/شعبان ۱۳۵۳ق نجف) مشهور به پیغمبر؛ عموی آیت‌الله خامنه‌ای از شاگردان آخوند خراسانی، شریعت اصفهانی و دیگر بزرگان نجف بود، و فردی آگاه به مسائل زمان و از رجال طرف‌دار مشروطه به شمار می‌رفت.

۲.۱ - پدر

پدر سید علی خامنه‌ای، سید جواد خامنه‌ای (۲۰جمادی الثانی ۱۳۱۳نجف، ۱۶ آذر۱۲۷۴/۱۴ تیر ۱۳۶۵) از علما و مجتهدان عصر خود بود که در نجف متولد شد و در کودکی همراه خانواده اش به تبریز آمد. پس از اتمام دوره سطح، در حدود ۱۳۳۶ق به مشهد مهاجرت کرد و در فقه و اصول از محضر بزرگانی چون حاج آقا حسین قمی، میرزا محمد آقازاده خراسانی (کفائی)؛ میرزا مهدی اصفهانی و حاج فاضل خراسانی و در فلسفه از محضر آقابزرگ حکیم شهیدی و شیخ اسدالله یزدی بهره مند گردید. سپس در ۱۳۴۵ق به نجف رفت و از حوزه درس میرزا محمدحسین نائینی، سید ابوالحسن اصفهانی و آقا ضیاءالدین عراقی کسب فیض کرد و از سه نفر مذکور اجازه اجتهاد گرفت. او در پی تصمیم بازگشت به ایران راهی مشهد شد و برای همیشه در آن شهر اقامت گزید و ضمن تدریس، امامت مسجد صدیقیه‌ای بازار مشهد (مسجد آذربایجانی‌ها) را عهده دار گردید. او همچنین از امامان جماعت مسجد جامع گوهرشاد نیز بود. وی علاقه زیادی به مطالعه داشت و مباحثات علمی روزانه وی با هم ردیفان از جمله حاج میرزا حسین عبائی، حاج سید علی اکبر خوئی، حاج میرزا حبیب ملکی و... تا دهها سال ادامه داشت. همچنین فردی پرهیزگار و بی توجه به امور دنیوی بود و زندگی زاهدانه‌ای داشت.
پس از پیروزی انقلاب اسلامی با آنکه فرزندانش به مقامات عالی سیاسی و اجرایی رسیدند، همچنان به زندگی زاهدانه خود ادامه داد. به دلیل بهره مندی از کمالات انسانی همواره مورد وثوق مردم بود. در رواق پشت ضریح مطهر امام رضا (علیه‌السّلام) به خاک سپرده شد. امام خمینی در پیام تسلیتی به آیت‌الله خامنه‌ای به مناسبت فوت پدرش، آیت‌الله سید جواد خامنه‌ای را عالمی با تقوا و متعهد برشمرد.

۲.۲ - مادر

بانو میردامادی (۱۲۹۳ش ۱۳۶۸ش)؛ مادر آیت‌الله خامنه‌ای بانویی زاهد، متشرع، آشنا با آیات قرآن، احادیث، تاریخ و ادبیات بود. او در جریان مبارزه با رژیم پهلوی با فرزندان مبارزش، به ویژه آیت‌الله سید علی خامنه‌ای همگام بوده است.
آیت الله خامنه‌ای درباره مادرشان می‌گویند:«مادرم خانم بسیار فهمیده، باسواد، کتابخوان، دارای ذوق شعری و هنری، حافظ شناس - البته حافظ شناس که می‌گویم، نه به معنای علمی و اینها، به معنای مانوس بودن با دیوان حافظ - و با قرآن کاملاً آشنا بود و صدای خوشی هم داشت.
ما وقتی بچه بودیم، همه می‌نشستیم و مادرم قرآن می‌خواند؛ خیلی هم قرآن را شیرین و قشنگ می‌خواند. ما بچه‌ها دورش جمع می‌شدیم و برایمان به مناسبت، آیه‌هایی را که در مورد زندگی پیامبران است، می‌گفت. من خودم اولین بار، زندگی حضرت موسی، زندگی حضرت ابراهیم و بعضی پیامبران دیگر را از مادرم - به این مناسبت - شنیدم. قرآن که می‌خواند، به آیاتی که نام پیامبران در آن است می‌رسید، بنا می‌کرد به شرح دادن.»
آیت الله سید هاشم نجف آبادی (میردامادی) (۱۳۰۳ق ۱۳۸۰ ق)؛ جد مادری آیت‌الله خامنه‌ای (از خاندان میرداماد فیلسوف مشهور عصر صفویه) از شاگردان آخوندخراسانی و میرزا محمدحسین نائینی، از علما و مفسران قرآن و از ائمه جماعت مسجد گوهرشاد بود و در عین حال به امر به معروف و نهی از منکر اهتمام ویژه‌ای داشت و در پی اعتراض به کشتار مردم در مسجد گوهرشاد در دوره حکومت رضاشاه، به سمنان تبعید شد. آیت‌الله خامنه‌ای از سوی مادر به محمد دیباج فرزند امام جعفر صادق (علیه‌السّلام) نسب می‌رساند.

---

سیدعلی خامنه‌ای تحصیل را در چهار سالگی از مکتب‌خانه و با فراگیری قرآن کریم شروع کرد.

۳.۱ - تحصیل در مشهد

سیدعلی خامنه‌ای دوره دبستان را در نخستین مدرسه اسلامی مشهد، دارالتعلیم دیانتی، گذراند. در همین ایام، یادگیری قرائت و تجوید قرآن را نزد برخی قاریان قرآن مشهد آغاز کرد.
هم زمان با تحصیل در کلاس پنجم دبستان، تحصیلات مقدماتی حوزوی را نیز آغاز کرد. شوق وافر او به تحصیلات حوزوی و تشویق والدین سبب شد که وی پس از اتمام دوره دبستان، وارد دنیای طلبگی شود و تحصیل علوم دینی را در مدرسه سلیمان خان ادامه دهد. وی بخشی از مقدمات را نیز نزد پدر طی کرد. سپس به مدرسه نواب رفت و دوره سطح را در آن به پایان برد. هم زمان با تحصیلات حوزوی، دوره دبیرستان را تا سال دوم متوسطه ادامه داد.
وی معالم الاصول را نزد آیت‌الله سید جلیل حسینی سیستانی و شرح لمعه را نزد پدر و میرزا احمد مدرس یزدی فرا گرفت. رسائل، مکاسب و کفایه را نیز نزد پدر و آیت‌الله حاج شیخ هاشم قزوینی آموخت. در سال ۱۳۳۴ش، در درس خارج فقه آیت‌الله سید محمدهادی میلانی حاضر شد.

۳.۲ - حوزه نجف

سیدعلی خامنه‌ای در ۱۳۳۶ش طی سفر کوتاهی همراه خانواده به نجف اشرف مشرف شد و در دروس مدرسان بنام حوزه علمیه نجف، از جمله آیات سید محسن حکیم، سید ابوالقاسم خویی، سید محمود شاهرودی، میرزا باقر زنجانی و میرزا حسن بجنوردی حضور یافت، ولی به دلیل عدم تمایل پدر برای اقامت در آن شهر به مشهد بازگشت و به مدت یک سال دیگر در درس آیت‌الله میلانی حاضر شد. سپس در سال ۱۳۳۷ش به شوق ادامه تحصیل عازم حوزه علمیه قم شد. در همین سال و پیش از عزیمت به قم، آیت‌الله محمدهادی میلانی به وی اجازه روایت داده بود.

۳.۳ - حوزه قم

سیدعلی خامنه‌ای در قم نزد بزرگانی چون آیات حاج آقا حسین بروجردی، امام خمینی، حاج شیخ مرتضی حائری یزدی، سیدمحمد محقق داماد و علامه طباطبایی تلمذ نمود. در مدت اقامت در قم اکثر وقت خود را به تحقیق، مطالعه و تدریس می‌گذراند.

۳.۴ - بازگشت به مشهد

آیت الله خامنه‌ای در ۱۳۴۳ش به دلیل عارضه بینایی پدر و کمک به وی، به ضرورت از قم به مشهد بازگشت و بار دیگر در جلسات درس آیت‌الله میلانی حضور یافت که تا سال ۱۳۴۹ ادامه داشت. او از ابتدای حضور در مشهد، به تدریس سطوح عالی فقه و اصول (رسائل، مکاسب و کفایه) و برگزاری جلسات تفسیر برای عموم همت گماشت. در این جلسات جمعیت کثیری از قشر جوان به ویژه دانشجویان حضور پیدا می‌کردند. در جلسات تفسیر خود، مهمترین پایه‌های فکری اسلام و اندیشه اسلامی را از خلال آیات قرآن استخراج و بیان می‌نمود و به تعمیق بنیان‌های اندیشه مبارزه و براندازی حکومت طاغوت می‌پرداخت به صورتی که شرکت کننده در درس تفسیر او به این نتیجه ضروری و طبیعی می‌رسید که حکومتی بر پایه اسلام و معارف دین باید در کشور تحقق یابد. یکی از اهداف اصلی او از تفسیر، انتقال مبانی انقلاب اسلامی به جامعه بود از سال ۱۳۴۷ درس تخصصی تفسیر را نیز برای طلاب علوم دینی شروع کرد که این دروس و جلسات تفسیر تا سال ۱۳۵۶ و قبل از دستگیری و تبعید به ایرانشهر ادامه داشت. جلسات تفسیر در سالیانی از دوره ریاست جمهوری و پس از آن ادامه داشت.

۳.۵ - تدریس درس خارج

ایشان از سال ۱۳۶۹ش تدریس خارج فقه را آغاز کرد و تاکنون به تدریس ابواب جهاد، قصاص، مکاسب محرمه و صلاة مسافر پرداخته‌اند.

۳.۶ - شخصیت ادبی

آیت الله خامنه‌ای در ایامی که در مشهد حضور داشت در برخی از انجمن‌های ادبی که با حضور شعرای بزرگ تشکیل می‌شد شرکت می‌کرد. در انجمن‌های ادبی به نقد شعر می‌پرداخت. خود نیز اشعاری سروده و در سال‌های اخیر تخلص «امین» را برگزیده است. مطالعه کتب تاریخی بخش دیگری از برنامه مطالعاتی دائمی ایشان است و به مباحث و موضوعات تاریخ معاصر احاطه دارند.
وی با حوزه شعر و ادبیات مانوس بودند و همواره به مطالعه رمان و داستان علاقه داشتند. این علاقه با مطالعه رمانها و آثار ادبی نویسندگان بزرگ جهان و تاریخ و فرهنگ ملل شرق و غرب تداوم پیدا کرد. حتی به نقد کتاب‌های ادبی و شعر هم می‌پردازند. با بسیاری از شاعران، نویسندگان و روشنفکران زمانه در ارتباط بود.

---

آیت الله خامنه‌ای تحقیق و تالیف را از دوران طلبگی آغاز کرد و تقریرات دروس اساتید خود را می‌نگاشت و قبل از پیروزی انقلاب به ترجمه و تالیف چند اثر نیز همت گماشت.

۴.۱ - تالیف‌ها و پژوهش‌ها

۴.۲ - ترجمه‌ها

علاوه بر آن، بسیاری از آراء و اندیشه‌های ایشان که در گفتار و نوشتار ایشان و در قالب پیام، سخنرانی، خطبه، مصاحبه منعکس شده است و به صورت کتاب و نرم افزار با عناوین گوناگون و به صورت موضوعی منتشر گردیده و برخی از آنها نیز به زبان‌های دیگر ترجمه شده است. همچنین، پایان نامه‌ها، رساله‌ها، مقالات و کتاب‌های گوناگونی ناظر به افکار و اندیشه‌های ایشان تالیف و تدوین شده است. همچنین بخشی از مجموعه بیانات و مکتوبات ایشان در دوره رهبری با عنوان «حدیث ولایت» منتشر گردیده است.

---

پیشینه فعالیت‌های سیاسی مذهبی خاندان آیت‌الله خامنه‌ای، در او زمینه تربیتی برای مبارزه سیاسی مذهبی فراهم آورده بود.

۵.۱ - دوران مبارزات پیش از انقلاب

نقطه آغازین ورود آیت‌الله خامنه‌ای به فعالیت‌های سیاسی، دیدار او با سید مجتبی نواب صفوی (میرلوحی) در مشهد بود که به بیان خود او اولین بارقه‌های انقلابی را در وی پدید آورد. نخستین دیدار وی با امام خمینی (رحمة‌الله‌علیه) در سال ۱۳۳۶ش صورت گرفت اما چهره سیاسی امام خمینی برای اولین بار در جریان لایحه انجمنهای ایالتی و ولایتی برای ایشان مکشوف شد.
آیت الله خامنه‌ای با آغاز نهضت اسلامی به رهبری امام خمینی در سال ۱۳۴۱ش وارد عرصه‌های گوناگون مبارزه با طاغوت شد. جزو نخستین افرادی بود که همگامی و فعالیت مبارزاتی را در دوره قبل از قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ آغاز کرد. در بهمن ۱۳۴۱، پس از همه پرسی لایحه انجمنهای ایالتی و ولایتی، آیت‌الله خامنه‌ای و برادرش سید محمد مامور رساندن گزارش آیت‌الله محمدهادی میلانی به امام خمینی در قالب نامه در مورد واکنش مردم مشهد به این همه پرسی شدند.

۵.۱.۱ - نخستین دستگیری

در سال ۱۳۴۲ و در آستانه ماه محرم ، امام خمینی وی را مامور ساخت پیام‌هایی را به آیت‌الله میلانی و علما، روحانیون و هیات‌های مذهبی خراسان در جهت تداوم نهضت و آگاه سازی مردم در قبال تبلیغات رژیم پهلوی انتقال دهد. امام خمینی در این پیام‌ها خط مشی مبارزه را ترسیم کرده و از علما و روحانیون خواسته بود به منظور تبیین جنایات رژیم پهلوی، ذکر واقعه مدرسه فیضیه از روز هفتم محرم در منابر خوانده شود.
آیت‌الله خامنه‌ای خود نیز برای محقق ساختن هدف و اجرای خط مشی امام خمینی راهی بیرجند که تحت نفوذ خاندان علم بود شد و در منابر و مجالس آن شهر درباره حادثه مدرسه فیضیه و سلطه اسرائیل بر جوامع اسلامی سخنرانی کرد. به دنبال این سخنرانی‌ها، وی در ۱۲ خرداد ۱۳۴۲/۷ محرم ۱۳۸۳ مقارن با هفتم ماه محرم، دستگیر و در مشهد زندانی شد.
پس از آزادی وی، آیت‌الله محمدهادی میلانی از او دیدن کرد. آیت‌الله خامنه‌ای پس از آن با حضور در جلساتی که در منزل آیت‌الله میلانی به منظور تداوم نهضت اسلامی در غیاب امام خمینی که در حصر به سر می‌برد تشکیل می‌شد، فعالیت‌های سیاسی اش را تداوم بخشید. اندکی پس از آن به حوزه علمیه قم بازگشت و با کمک و همکاری برخی روحانیون مبارز به سازماندهی مجدد فعالیت‌های سیاسی از طریق جلسات مشورتی و تبلیغات پرداخت.
آیت‌الله خامنه‌ای از جمله روحانیونی بود که در ۱۱ دی ۱۳۴۲ تلگرامی به آیت‌الله سید محمود طالقانی، مهدی بازرگان و یدالله سحابی، که در حمایت از امام خمینی زندانی شده بودند، فرستاد. در همان زمان طلاب خراسانی حوزه علمیه قم با هدایت او، در اعتراض به ادامه حصر امام خمینی نامه‌ای به حسنعلی منصور، نخست وزیر وقت، نوشته و منتشر کردند که از جمله آنها خود ایشان و ابوالقاسم خزعلی و محمد عبایی خراسانی بودند.

۵.۱.۲ - دومین بازداشت

ایشان در بهمن ۱۳۴۲، مقارن با رمضان۱۳۸۰ق برای تبلیغ و تبیین مسائل نهضت اسلامی راهی زاهدان شد. سخنرانی‌های او در مساجد زاهدان و استقبال مردمی از آن، رژیم را بر آن داشت که ایشان را دستگیر و به زندان قزل قلعه که در آن زمان محل بازداشت زندانیان سیاسی و امنیتی بود منتقل نماید.
در ۱۴ اسفند ۱۳۴۲ قرار بازداشت آیت‌الله خامنه‌ای به قرار التزام به عدم خروج از حوزه قضایی تهران تبدیل و ایشان از زندان آزاد شد. از این پس تا پیروزی انقلاب اسلامی فعالیت‌های وی همواره تحت کنترل ماموران امنیتی قرار داشت.

۵.۱.۳ - تشکیل جلسه یازده نفره

آیت الله خامنه‌ای در پاییز ۱۳۴۳ از قم به مشهد بازگشت و در کنار مراقبت از پدر به فعالیت‌های علمی و سیاسی پرداخت. او در زمره روحانیونی بود که اندکی پس از تبعید امام خمینی به ترکیه با نگارش نامه‌ای به دولت وقت دولت امیرعباس هویدا در ۲۹ بهمن ۱۳۴۳ به اوضاع نابسامان کشور و تبعید امام خمینی اعتراض کردند.
سیدعلی خامنه‌ای به همراه عبدالرحیم ربانی شیرازی، علی فیض مشکینی، ابراهیم امینی، مهدی حائری تهرانی، حسینعلی منتظری، احمد آذری قمی، علی قدوسی، اکبر هاشمی رفسنجانی ، سید محمد خامنه‌ای و محمدتقی مصباح یزدی. اعضای گروه یازده نفر بودند که با هدف تقویت و اصلاح حوزه علمیه قم برای مبارزه با رژیم پهلوی شکل گرفت.
مبارزه بر مبنای فکر و عقیده بود و همین امر علت پیشرفت آن بود و روحانیون نیز به منزله بدنه و مغز متفکر مبارزه بودند. آنان در این مرحله از مبارزه به این نتیجه رسیده بودند که بدون تشکل، موفقیت کمتری خواهند داشت و وجود آن موجب می‌شود که از فروپاشی مبارزه توسط رژیم جلوگیری شود. این گروه در دوران تبعید امام خمینی، برنامه ریزی جریان مبارزات و تداوم آن را بر عهده گرفت. از این گروه به عنوان اولین تشکیلات سری حوزه علمیه قم یاد می‌شود، فعالیت این گروه در اواخر سال ۱۳۴۵ش توسط ساواک کشف و به دنبال آن برخی از اعضا دستگیر و برخی دیگر، از جمله آیت‌الله خامنه‌ای تحت تعقیب قرار گرفتند.

۵.۱.۴ - بنیان‌گذاری جامعه مدرسین

در کنار این، جلسه دیگری هم راه افتاده که بنیان جامعه مدرسین امروز است.
«ما جزو کسانی هستیم که در اولین نشست‌های جامعه مدرسین عضو بودیم، شرکت داشتیم. هم بنده بودم، هم به نظرم آقای هاشمی بود.. آقایان علی مشکینی، ربانی شیرازی، ناصر مکارم و.. یک عده مسن ترها هم شرکت می‌کردند.»
این جلسه‌ها و تصمیماتی که در آن گرفته می‌شد، فضای حوزه علمیه قم را تغییر داد. پا به رکاب‌ها و دست اندرکاران این تصمیمات، کسانی غیر از اعضاء جلسه بودند؛ طلبه‌های جوان و علاقمند. این تحرکات فضای بسته و مغموم قم را باز کرد.
آیت الله خامنه‌ای در همین ایام مخفیانه به ترجمه و انتشار کتاب آینده در قلمرو اسلام اقدام کرد. در این کتاب به دو موضوع مهم فشار غرب و تبلیغات کمونیسم اشاره شده و دورنمایی از آینده که به سمت اسلام پیش می‌رود، آمده است. ساواک کتاب را توقیف و افراد مرتبط با انتشار آن را دستگیر کرد؛ اما موفق به دستگیری و بازداشت آیت‌الله خامنه‌ای (مترجم کتاب) نشد.
آیت‌الله خامنه‌ای در آن ایام، مدتی در تهران و کرج به فعالیت مشغول بود؛ اما به علت ندادن تعهد بر عدم اظهار مطالب ضد رژیم از فعالیتش در کرج ممانعت به عمل آمد. در مسجد امیرالمؤمنین (علیه‌السّلام) تهران هم مدتی به امامت جماعت پرداخت.

۵.۱.۵ - سومین بازداشت

در پی دستگیری و تبعید آیت‌الله سید حسن قمی در فروردین ۱۳۴۶ که به دنبال سخنرانی ضد رژیم او در مسجد گوهرشاد صورت گرفت؛ آیت‌الله خامنه‌ای از آیت‌الله میلانی خواست به این اقدام اعتراض کند. این اقدام وی سبب شد ماموران ساواک از حضور او در مشهد اطلاع یافته و در ۱۴ فروردین همان سال، در مراسم تشییع جنازه آیت‌الله شیخ مجتبی قزوینی، وی را دستگیر کنند. وی در ۲۶ تیر همان سال آزاد شد و اندکی پس از آزادی، در تهران به ملاقات زندانیان سیاسی رفت.
آیت الله خامنه‌ای از طریق ارتباط با مبارزین در نقاط مختلف، سعی در تشکل بخشیدن به مبارزین و مبارزه، تربیت نسل‌های جدید مبارزین و انقلابیون براساس اندیشه اسلامی خصوصاً بین طلاب علوم دینی و دانشجویان، سعی در اخذ مبانی مبارزه از قرآن و حدیث، مقابله با اندیشه‌های مادیگرایانه مارکسیستی و لیبرالیستی و امثال آن، به تعمیق اندیشه اسلامی و مبارزه در چهارچوب نهضت امام خمینی پرداخت و علیرغم مقابله رژیم پهلوی به موفقیت‌های زیادی دست یافت. نگاه چندبُعدی به مبارزه، استفاده از شبکه عظیم اطلاع رسانی نهضت امام خمینی و رسانه فراگیر منبر و عملگرایی‌اش، از برخی علل موفقیت ایشان بوده است.
در پی وقوع زمین لرزه ویرانگر جنوب خراسان در ۹ شهریور ۱۳۴۷ عده‌ای از روحانیون خراسان به سرپرستی آیت‌الله خامنه‌ای با هدف امداد و سامان دهی کمک‌های مردمی به زلزله زدگان، عازم فردوس شدند. این اقدام با مخالفت مقامات امنیتی محلی روبه رو شد؛ اما گروه امداد اقدامات مؤثری در کمک رسانی به زلزله زدگان انجام داد. حضور و کمک‌رسانی دو ماهه آیت‌الله خامنه‌ای در فردوس فرصتی پدید آورد تا با مشکلات مردم زلزله زده از نزدیک آشنا شود و با آنان مانوس گردد و در مجالس و منابر و همچنین هیئت‌های مذهبی، پیام نهضت اسلامی را برای مردم آن سامان تبیین کند. این فعالیت‌ها حساسیت شهربانی و ساواک خراسان را برانگیخت و به اقامتش در فردوس پایان داده شد. او در اواخر دی ماه همان سال به قصد زیارت عتبات عالیات و دیدار با امام خمینی (رحمة‌الله‌علیه) اقدام کرد؛ اما با مخالفت و ممانعت ساواک روبه رو شد. این محدودیت تا پیروزی انقلاب اسلامی ادامه داشت و وی ممنوع الخروج بود.

۵.۱.۶ - محکومیت به حبس

آیت الله خامنه‌ای به اتهام عضویت در گروه یازده نفره به شش ماه زندان محکوم گردید. به دنبال انتشار این خبر در روزنامه کیهان و احضار آیت‌الله خامنه‌ای به دادگاه تجدید نظر، وی پس از مشورت با عده‌ای از علمای مشهد از حضور در دادگاه خودداری ورزید. او با آنکه تحت پیگرد بود با برخی از روحانیون مبارز ازجمله سید محمود طالقانی، سید محمدرضا سعیدی، محمدجواد باهنر، محمدرضا مهدوی کنی، مرتضی مطهری، اکبر هاشمی رفسنجانی و فضل الله محلاتی در مشهد و تهران ارتباط داشت و به رغم اقامت در مشهد در بسیاری از جلسات علما و روحانیون مبارز تهران حضور می‌یافت. او با تشکیل جلساتی با حضور عده‌ای از روحانیون درباره اعزام روحانیون و طلاب به روستاهای اطراف مشهد تصمیم گیری و اقدام می‌کرد.
آیت الله خامنه‌ای با نگاه عقیدتی به نهضت اسلامی و پرورش فکری مردم برآن مبنا، مبارزات خود را ادامه داد. او با برگزاری جلسات تفسیر برای طلاب علوم دینی و دانشجویان و ایراد سخنرانی برای اقشار مختلف مردم می‌کوشید مبانی دینی اعتقادی آنان را تقویت نماید. او معتقد بود تحقق آرمان‌های اسلامی در بستری از کوشش‌های فرهنگی ممکن است و خیزش‌های مردمی جز با گسترش آگاهی و دانایی محقق نخواهد شد. جریان روشنفکری جریان فعال و مبارز در دانشگاه‌ها تلقی می‌شد. این رویکرد را در واکنش به فعالیت‌های جریانهای سیاسی معتقد به تفکر مارکسیستی، ضروری می‌دانست. در این زمینه فعالیت‌های علمی و جلساتی را با شرکت مبارزان و متفکران اسلامی در سال ۱۳۴۸ برگزار کرد.

۵.۱.۷ - سخنرانی‌ در حسینیه ارشاد

آیت الله خامنه‌ای با بسیاری از روشنفکران و کانون‌های روشنفکری مشهور در عرصه مبارزه نیز ارتباط و همکاری داشت. وی در سال ۱۳۴۸ به منظور تبیین مباحث تاثیرگذار در روند مبارزه به ایراد سخنرانی‌هایی در برخی مراکز فعال سیاسی اسلامی در تهران از جمله حسینیه ارشاد و مسجد الجواد تهران دعوت شد.
سخنرانی‌های

وی در حسینیه ارشاد که در اواخر سال ۱۳۴۸ و به دنبال دعوت آیت‌الله مرتضی مطهری از وی صورت گرفت و نیز سخنرانی در مسجد الجواد تهران، به دعوت انجمن اسلامی مهندسین، تاثیر زیادی در روشنگری نسل جوان، به ویژه دانشجویان و دانش آموزان داشت. آیت‌الله خامنه‌ای در بهار ۱۳۴۹ در جهت عمق بخشیدن به روند نهضت اسلامی و تقویت بن مایه‌های عقیدتی مبارزه با رژیم پهلوی، سلسله جلساتی را پایه گذاری کرد که در آن ایده مبارزاتی خود مبنی بر تدوین جهان‌بینی و ایدئولوژی اسلامی را با دعوت از افرادی چون مرتضی مطهری، سید محمود طالقانی، سید ابوالفضل زنجانی، مهدی بازرگان، اکبر هاشمی رفسنجانی، یدالله سحابی، عباس شیبانی و کاظم سامی به بحث و بررسی گذاشت. این سلسله جلسات به تدوین جهان‌بینی و ایدئولوژی اسلامی انجامید.

۵.۱.۸ - چهارمین بازداشت

با درگذشت آیت‌الله سید محسن حکیم در خرداد ۱۳۴۹ بحث مرجعیت که در گذشته پس از رحلت آیت‌الله بروجردی مطرح شده بود، به صورت جدی در جامعه مطرح گردید و در این میان آیت‌الله خامنه‌ای ضمن گرامی داشت مقام فقهی و علمی آیت‌الله حکیم و ارسال پیامهای تسلیت به برخی از علما، تلاش مضاعفی برای تحکیم مرجعیت امام خمینی به عنوان مرجع تقلید اعلم انجام داد.
در همان ایام و به دنبال شهادت آیت‌الله سید محمدرضا سعیدی در ۲۰ خرداد ۱۳۴۹ توسط ساواک که از مهم‌ترین مروجین امام خمینی در آن مقطع بود، آیت‌الله خامنه‌ای تلاش کرد به همراه شمار دیگری از مبارزان ضمن هدایت واکنش‌های مردمی در اعتراض به شهادت وی، از موقعیت پدید آمده به نفع مبارزه بهره ببرد. بر اثر جریان‌سازی وی در این برهه بود که عده‌ای از طلاب علوم دینی به تهیه و انتشار اعلامیه‌هایی در حمایت از امام خمینی و انتقاد از رژیم و ساواک اقدام کردند.به دنبال آن و با گسترش دامنه اعتراضات و مبارزات. ساواک مشهد در ۲ مهر ۱۳۴۹ وی را دستگیر و مدتی در زندان لشکر خراسان تنها زندان امنیتی مشهد بازداشت کرد.
در محرم ۱۳۹۱/ اسفند ۱۳۴۹ با آنکه نام آیت‌الله خامنه‌ای در فهرست واعظان ممنوع المنبر ساواک قرار گرفته بود؛ وی سخنرانی‌هایی در هیئت انصارالحسین تهران ایراد کرد. آیت‌الله خامنه‌ای‌ای در سال ۱۳۵۰ به دعوت آیت‌الله طالقانی سخنرانی‌هایی در مسجد هدایت تهران، که کانون توجه دانشجویان و جوانان مبارز بود، ایراد کرد.

۵.۱.۹ - بازداشت در ۱۳۵۰

در پی تحریم جشنهای ۲۵۰۰ ساله از سوی امام خمینی ساواک مراقبت‌های شدیدی نسبت به فعالیت روحانیون مبارز در پیش گرفت. بر این اساس آیت‌الله خامنه‌ای در مرداد ۱۳۵۰ به ساواک مشهد احضار و مدتی در زندان لشکر خراسان بازداشت شد.
وی پس از آزادی، فعالیت‌های خود را ادامه داد و در همان سال دو بار دیگر نیز بازداشت شد؛ یکی در آبان ۱۳۵۰ که به بازداشت کوتاه مدت وی در زندان لشکر خراسان انجامید. دیگری در ۲۱ آذر همان سال که به اتهام اقدام برضد امنیت داخلی به سه ماه حبس محکوم گردید.
وی پس از آزادی، فعالیتهای سیاسی اجتماعی خود را گسترش داد و بارها در جلسات هیئت انصارالحسین و مسجد نارمک تهران حضور یافت و سخنرانی‌هایی در موضوعات دینی و سیاسی ایراد کرد. جلسات درس و تفسیر او در مدرسه میرزاجعفر و مسجد امام حسن (علیه‌السّلام) و مسجد قبله و نیز در منزلش در مشهد ادامه داشت. مخاطب او در این جلسات دانش آموزان، دانشجویان، طلاب جوان و گروه‌هایی از اقشار مختلف مردم بودند که وی آنان را با تفکر اسلام انقلابی و سیاسی آشنا می‌ساخت. عده زیادی از مخاطبان جلسات و شاگردان او بعدها در اوج مبارزات در نقاط مختلف کشور به آگاهی بخشی پرداختند. گزارش‌های جلسات سخنرانی و درس او بارها از سوی ماموران امنیتی منعکس شده است. از نظر ساواک، افرادی چون آیت‌الله خامنه‌ای از مدرسان روشنفکر و انقلابی حوزه‌های علمیه تلقی می‌شدند که ضمن داشتن ارتباط با دانشجویان و جوانان، مروج اندیشه‌های مبارزاتی امام خمینی و خواستار آگاه ساختن طلاب علوم دینی به مسائل سیاسی و اجتماعی بودند.
آیت الله خامنه‌ای در فروردین ۱۳۵۲ برای تبلیغ عازم نیشابور شد و در مساجد آن شهر سلسله جلسات درس اصول عقاید را، که هفته‌ای یک بار در روزهای سه شنبه برگزار می‌شد، دایر کرد. در خرداد ۱۳۵۲ ساواک جلسات تفسیرش در مسجد امام حسن (علیه‌السّلام) و منزلش را تعطیل کرد.
آیت‌الله خامنه‌ای در آذر ۱۳۵۲ محل اقامه نمازجماعت و جلسات تفسیر خود را به دعوت بانی و واقف مسجد کرامت، به آن مسجد انتقال داد و مسجد یادشده را به کانون فعالیت دانشجویان و طلاب جوان تبدیل کرد. ساواک مشهد در واکنش به فعالیت‌های سیاسی گسترده او، او را از اقامه نماز جماعت در آن مسجد باز داشت.

۵.۱.۱۰ - زندان ششم

آیت‌الله خامنه‌ای در آبان ۱۳۵۳ به دعوت آیت‌الله محمد مفتح، امام جماعت مسجد جاوید تهران، که در آن ایام ممنوع المنبر شده بود، در آن مسجد به سخنرانی پرداخت. در پی آن ساواک به دستگیری آیت‌الله مفتح و تعطیلی مسجد جاوید به عنوان یکی از کانون‌های مهم مبارزه اقدام کرد.
به دنبال آن، منزل آیت‌الله خامنه‌ای هم در آذر ماه همان سال مورد بازرسی ساواک قرار گرفت. ساواک علت بازرسی را، اظهارات وی در جلسه‌ای خصوصی درباره ضرورت ایجاد جمعیتی برای سامان دهی مبارزه و استفاده از فرصتها برای پیشبرد اهداف نهضت اسلامی در مشهد اعلام نمود. در نهایت آیت‌الله خامنه‌ای در دی ۱۳۵۳ برای ششمین بار دستگیر و این بار به زندان کمیته مشترک ضدخرابکاری در تهران منتقل گردید و به گفته خود دشوارترین و سخت‌ترین وضعیت حبس خود را تجربه کرد. او در حبس، اجازه ملاقات نداشت و از وضعیت و محل حبس او اطلاعی به خانواده اش نیز داده نشده بود.

۵.۲ - فعالیت‌های منجر به تبعید

آیت‌الله سید علی خامنه‌ای در ۲ شهریور ۱۳۵۴ از زندان آزاد شد، اما تحت مراقبت ماموران امنیتی بود و اقامه جماعت، سخنرانی، تدریس و جلسات تفسیر وی حتی در منزلش ممنوع شده بود. اما او به رغم همه محدودیت‌های سیاسی و امنیتی جلسات تفسیر و فعالیت‌ها و اقدامات روشنگرانه انقلابی خود را به صورت مخفیانه پیگرفت و پرداخت شهریه امام خمینی به طلاب علوم دینی را نیز ادامه داد. در اواخر سال ۱۳۵۴ مخفیانه کتاب طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن را با نام مستعار سید علی حسینی منتشر کرد. او در خرداد ۱۳۵۵، به دنبال وقوع سیل در قوچان، گروهی را تشکیل داد که از مشهد برای کمکرسانی به مردم سیل زده به آن شهر اعزام شده و با استقرار در مدرسه عوضیه آن شهر به امدادرسانی پرداختند.
در اسناد ساواک گزارش‌هایی درباره فعالیت‌های سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای و پدرش در اواخر سال ۱۳۵۵ در مشهد وجود دارد که به طرف داری از امام خمینی و تبلیغ نهضت اسلامی پرداخته‌اند. آیت‌الله خامنه‌ای در محرم ۱۳۹۶/دی ۱۳۵۵ سخنرانیهایی علیه رژیم ایراد کرد و ضمن برگزاری سلسله جلسات مباحثه درباره تبیین فضای فکری فرهنگی، به ویژه برای دانشجویان و جوانان و نیز حضور در جلسات علما و روحانیون تهران روند مبارزه را شدت بخشید. از سوی دیگر، ساواک هم می‌کوشید برای به دست آوردن مستنداتی علیه او و مبارزان دیگر در آن جلسات نفوذ کند. به دنبال درگذشت علی شریعتی در لندن در ۲۹ خرداد ۱۳۵۶ آیت‌الله خامنه‌ای در بزرگداشت و مراسم ترحیم وی حضور داشت. این حضور او به دلیل آشنایی و ارتباط دیرینه اش با شریعتی و پدرش بود.

۵.۲.۱ - تبعید به ایرانشهر

به دنبال درگذشت آیت‌الله سید مصطفی خمینی در اول آبان ۱۳۵۶ در نجف اشرف، آیت‌الله خامنه‌ای به همراه برخی از مبارزان مراسم ختمی در ۶ آبان در مسجد ملاهاشم برپا کرد. همان ایام به همراه عده‌ای از علمای مشهد تلگرام تسلیتی به امام خمینی در نجف مخابره کردند. با درگذشت آیت‌الله سید مصطفی خمینی و تحولاتی که در پی آن پدید آمد، نهضت اسلامی وارد مرحله نهایی خود شد و حرکت‌های جدی برای پیروزی انقلاب آغاز گردید.
رژیم پهلوی هم در واکنش به این فعالیت‌ها، به رغم اعلام سیاست فضای باز سیاسی، با سرکوب و خفقان فعالیت‌های مبارزان را محدودتر کرد. به دنبال اجرای این سیاست، برخی از مبارزان سرشناس به تبعید محکوم شدند که آیت‌الله خامنه‌ای هم در زمره آنان بود. او از سوی کمیسیون امنیت اجتماعی خراسان به سه سال تبعید در ایرانشهر محکوم گردید و ماموران ساواک در ۲۳ آذر ۱۳۵۶ به منزل او یورش برده و او را دستگیر و به ایرانشهر انتقال دادند. هدف رژیم از این اقدام، قطع ارتباط او با مردم و مبارزان و به دنبال آن، عدم توفیق وی در امر مبارزه و افشاگری علیه حکومت بود. اما وی به علت تعامل با اهل تسنن اشتهار و محبوبیتی در میان مردم ایرانشهر یافت و با بهره‌گیری از این فرصتها پیام انقلاب را به مردم دورترین نقاط کشور رساند. سخنرانی‌های او در مسجد آل رسول ایرانشهر و رفت و آمد علما و روحانیون مبارز، نیروهای انقلابی و اقشار مختلف مردم به منزل او، عوامل امنیتی را بر آن داشت که فعالیتهای او را محدود سازند و از رفت و آمد مردم ممانعت به عمل آورند.
او در ۱۹ فروردین ۱۳۵۷ در پی کشتار مردم در یزد، در نامه‌ای به آیت‌الله محمد صدوقی این اقدام وحشیانه رژیم پهلوی را محکوم کرد و ضمن ترغیب مردم به ادامه مبارزه، یاد شهدای آن حادثه را گرامی داشت. این نامه به صورت اعلامیه در سراسر کشور پخش گردید.
وقوع سیل در ایرانشهر در ۱۱ تیر۱۳۵۷ موقعیتی فراهم آورد تا آیت‌الله خامنه‌ای با توجه به تجربیات پیشینش، مدیریت تنها گروه امدادی را عهده‌دار شود. وی با هماهنگی‌هایی که با روحانیون شهرهای مختلف از جمله یزد و مشهد داشت، توانست کمک‌های مردمی را از اقصا نقاط ایران جذب و در بین سیل زده‌ها تقسیم کند.
آیت الله خامنه‌ای در دوران تبعید ارتباط خود را با مبارزان و علمای تراز اول مبارزه در شهرهای ایران حفظ کرد و پیوسته مکاتباتی درباره نهضت اسلامی با آنان داشت و از این طریق در جریان بسیاری از حوادث و رخدادها قرار می‌گرفت و با نامه نگاری‌های گوناگون در بسیاری از تصمیم گیری‌های جمعی علما مشارکت می‌کرد.

۵.۲.۲ - تبعید به جیرفت

با اوج گیری انقلاب اسلامی در آستانه ماه رمضان، ۲۸ شعبان ۱۳۹۸/ ۲۸ تیر۱۳۵۷، شماری از طلاب حوزه علمیه مشهد به ادامه تبعید آیت‌الله خامنه‌ای اعتراض و خواستار بازگشت وی به مشهد شدند که به دخالت ماموران انتظامی انجامید. گسترش فعالیت‌های انقلابی و مردمی آیت‌الله خامنه‌ای در راستای جهت دهی و سامان دهی مبارزه در ایرانشهر و مناطق و شهرهای اطراف از یک سو، و محبوبیت و نفوذ روزافزون وی در میان اقشار مختلف مردم آن سامان از سوی دیگر، مقامات امنیتی را بر آن داشت تا محل تبعید وی را به جیرفت که در مقایسه با ایرانشهر دورافتاده و دارای محدودیت‌های بیشتری بود، تغییر دهند. لذا وی در ۲۲ مرداد به جیرفت انتقال یافت. مبارزات سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای در جیرفت هم متوقف نماند و او از همان آغاز ورود به آن شهر با سخنرانی در مسجد جامع به افشاگری علیه حکومت پهلوی پرداخت. یکی از سخنرانی‌ها، که در ۱۵ شهریور ۱۳۵۷ صورت گرفت، به برپایی تظاهرات و سردادن شعارهای انقلابی توسط مردم منجر شد. این اتفاق زمانی روی داد که هنوز تظاهرات و راهپیمایی در شهرهای کوچک معمول نشده بود. او در شمار روحانیون تبعیدی‌ای بود که در نامه‌ای به آیت‌الله سیدعبدالحسین دستغیب، ضمن تشریح حوادث کشور و ذکر جنایات رژیم پهلوی در شیراز، مشهد، اصفهان و جهرم راهکارهایی را برای تداوم نهضت اسلامی تا سرنگونی حکومت پهلوی ارائه دادند. وی در این دوره، مخفیانه عازم کهنوج شده، سخنرانیهای افشاگرانه‌ای ایراد کرد.

۵.۲.۳ - بازگشت به مشهد

با گسترش مبارزات مردمی و ازهم گسیختگی ارکان رژیم و ناتوانی آن در مهار روند انقلاب، آیت‌الله خامنه‌ای در اول مهر ۱۳۵۷ از جیرفت به مشهد مراجعت کرد و در آنجا فعالیت‌های خود را در امر سامان دهی امور انقلاب و تشدید روند مبارزه و پیگیری مسائل گوناگون نهضت ادامه داد. در ایام اقامت امام خمینی در فرانسه، با ارسال تلگرامی به همراه برخی از روحانیون مبارز مشهد، اقامت موقت امام در فرانسه را عاملی برای پدید آمدن موجی از امید و تصمیم و قاطعیت در دل مردم و نشانی از عزم و اراده راسخ امام در راه نجات امت مسلمان ایران عنوان کرده و از ایشان تقاضا کردند دستورات لازم را برای ادامه مبارزه صادر کند. در پایان نیز خواستار بازگشت امام خمینی به ایران شدند.
فعالیت‌های مبارزاتی آیت‌الله خامنه‌ای در مشهد در مدت اندکی شتاب بیشتری به خود گرفت و او ضمن سازمان دهی حرکت‌ها و تظاهرات مردمی، سخنرانی‌های افشاگرانه‌ای را در اجتماعات مردم مشهد ایراد کرد. در عین حال با بیت امام و دیگر مبارزان در ارتباط و مشورت دائم بود. پیرو همین ارتباط بود که سید احمد خمینی در ۱۰ آبان ۱۳۵۷ از پاریس با آیت‌الله صدوقی تماس گرفت و تمایل امام خمینی برای ملاقات با وی و آیت‌الله خامنه‌ای را اعلام کرد. آیت‌الله خامنه‌ای در شمار روحانیونی بود که با سخنرانی در ورزشگاه سعدآباد مشهد در اجتماع بزرگ فرهنگیان آن شهر خواستار بازگشت امام خمینی و تشکیل حکومت اسلامی شد. او در آخرین روزهای آبان همراه با سیدعبدالکریم هاشمی نژاد با عزیمت به شهرستان‌های قوچان، شیروان و بجنورد و برپایی جلسات سخنرانی به تقویت جریان انقلاب در آن شهرها همت گماشت. فعالیت‌های روزافزون و تاثیرگذار آیت‌الله خامنه‌ای در مشهد، مقامات امنیتی رژیم پهلوی را بر آن داشت که ایشان را دستگیر نمایند. در گزارش‌های ساواک از آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان یکی از پرچمداران برجسته انقلاب در خراسان نام برده شده است.

۵.۲.۴ - سخنرانی عاشورای ۵۷ در حرم امام رضا

آیت‌الله سید علی خامنه‌ای در ۱۹ و ۲۰ آذر ۱۳۵۷ هم زمان با تاسوعا و عاشورای حسینی سخنرانی پرشوری در اجتماع بزرگ راه پیمایان مشهد ایراد کرد و خطبه شب عاشورا را در حرم مطهر امام رضا (علیه‌السّلام) به نام امام خمینی خواند و با این اقدام انقلابی تابوی سنتی حکومت پهلوی را که تا پیش از آن، مراسم مذکور را به صورت تشریفاتی و با دعا برای محمدرضا پهلوی اجرا می‌کرد، در هم شکست.
همچنین وی در روز عاشورا تظاهرات عظیم مردم مشهد را سامان دهی کرد و در اجتماع بزرگ آنان به سخنرانی پرداخت. وی در شمار روحانیونی بود که در ۲۴ آذر در اعتراض به حمله مامورین رژیم پهلوی به بیمارستان شاه‌رضای مشهد (امام رضا (علیه‌السّلام) کنونی) برنامه تحصن در بیمارستان مزبور را مطرح کرد. در مسیر حرکت آنان برای تحصن بسیاری از مردم نیز به آنان پیوستند و در شمار متحصنین قرار گرفتند. متحصنین با صدور اعلامیه‌ای ضمن تشریح جنایات عوامل حکومت پهلوی، مجازات آنان را خواستار شدند و بر سرنگونی حکومت پهلوی و بازگشت امام خمینی تاکید کردند. این اقدام آنان بازتاب گستردهای یافت و اعلامیه‌های متعددی در همبستگی و حمایت از آنها در سراسر ایران منتشر شد.

۵.۲.۵ - تظاهرات ۹ دی ۵۷ مشهد

آیت الله خامنه‌ای در ۹ دی ۱۳۵۷ به همراه عده‌ای از علمای مبارز مشهد پیشاپیش جمعیت انبوهی از مردم به منظور همراه ساختن کارکنان استانداری خراسان با جریان انقلاب به سوی ساختمان استانداری حرکت کردند. اما علی‌رغم تلاش‌های مسالمت‌آمیز آنها نیروهای انتظامی مستقر در استانداری به سوی مردم آتش گشودند. به دنبال آن جمعیت تظاهرکننده به خیابان‌ها ریخته و برخی ساختمان‌ها و مراکز دولتی را به آتش کشیدند. شب حادثه، علمای مشهد از جمله آیت‌الله خامنه‌ای با تشکیل جلسه‌ای کوشیدند مانع درگیری و کشتار بیشتر مردم در روز بعد بشوند، ولی عوامل رژیم پهلوی با قتل عام مردم تظاهرکننده فاجعه یکشنبه خونین ۱۰ دی ۱۳۵۷ را به بار آوردند. به دنبال وقوع این حوادث، آیت‌الله خامنه‌ای به همراه عده‌ای از روحانیون مبارز مشهد در محکومیت این حادثه و تداوم نهضت اعلامیه‌ای صادر کردند.

۵.۲.۶ - عضویت در شورای انقلاب

با شتاب گرفتن روند فروپاشی حکومت پهلوی و نمایان شدن نشانه‌های پیروزی نهایی نهضت اسلامی، امام خمینی در ۲۲ دی ۱۳۵۷ فرمان تشکیل شورای انقلاب اسلامی را صادر کردند. آیت‌الله خامنه‌ای که از سوی امام به عضویت آن شورا انتخاب شده بودند با نقش محوری که در تحولات انقلاب اسلامی در مشهد داشت، این شهر را ترک و در اواخر دی ۱۳۵۷ به تهران آمد و در مدرسه رفاه مستقر شد و همگام با دیگر مبارزان، به ویژه آیات بهشتی، مطهری و مفتح برای تدارک مرحله نهایی پیروزی انقلاب اسلامی و برنامه ریزی برای آینده، نقش فعالی برعهده گرفت. پس از تشکیل کمیته استقبال از امام خمینی توسط شورای انقلاب اسلامی. مسئولیت کمیته تبلیغات آن را عهده دار شد.

۵.۲.۷ - تحصن در مسجد دانشگاه تهران

به دنبال بسته شدن فرودگاه‌های کشور به دستور بختیار و ممانعت از بازگشت امام خمینی به ایران، آیت‌الله خامنه‌ای به همراه آیت‌الله بهشتی و چند تن از روحانیون مبارز سرشناس در اعتراض به این اقدام دولت، در مسجد دانشگاه تهران تحصن عظیمی را سامان دهی کردند که با پیوستن سایر علما، دانشگاهیان و مردم ابعاد وسیعی به خود گرفت. شب قبل از آغاز تحصن، آیت‌الله بهشتی در بهشت زهرا سخنرانی کرد و آیت‌الله خامنه‌ای قطعنامه‌ای را که خود تهیه کرده بود برای مردم قرائت نمود و با این برنامه تحصن روز بعد در مسجد دانشگاه تهران قطعیت یافت.
آیت‌الله خامنه‌ای در طول تحصن با تشکیل ستادی و با مشارکت برخی از مبارزین متحصن به اقداماتی دست زدند که عمده‌ترین آنها انجام سخنرانی، انتشار اعلامیه و انتشار نشریه‌ای به نام «تحصن» بود. متحصنان در روز هشتم بهمن با صدور اعلامیه‌ای تاکید کردند تا باز شدن فرودگاه‌ها به روی امام خمینی به تحصن خود ادامه خواهند داد. این تحصن که تا صبح روز ۱۲ بهمن ادامه یافت.؛ مسجد دانشگاه تهران را به کانونی تاثیرگذار در روند مبارزه تبدیل کرد.
در لحظه تاریخی ورود امام خمینی به میهن در ۱۲ بهمن ۱۳۵۷ آیت‌الله خامنه‌ای، به همراه علما، روحانیون و مبارزان اسلامی برای استقبال از امام خمینی در فرودگاه مهرآباد حضور یافت. در طول دهه فجر انقلاب اسلامی، آیت‌الله خامنه‌ای همواره در کنار امام خمینی بود و در بسیاری از امور به ایشان مشورت می‌داد و همچنین مسئولیت کمیته تبلیغات دفتر امام را با هدف مقابله با توطئه‌های خبری و تبلیغاتی مخالفان داخلی و خارجی حکومت اسلامی، مقابله با فرصت طلبی‌های احزاب و گروههای گوناگون سیاسی، تنظیم و انتشار اخبار و انتشار نشریه‌ای به نام «امام» بر عهده داشت. خود نیز چند مقاله نوشت و در آن نشریه منتشر کرد.

۵.۳ - فعالیت‌های سیاسی در دهه اول انقلاب اسلامی

آیت الله سید علی خامنه‌ای در دهه اول انقلاب اسلامی مسئولیت‌های متعددی را عهده‌دار شدند که برخی از مهمترین آنها عبارتنداز:
فعالیت در شورای انقلاب، معاونت شهید چمران، سرپرستی سپاه پاسداران، تاسیس و دبیری حزب جمهوری اسلامی، امامت جمعه تهران، نمایندگی در مجلس شورای اسلامی، سرپرستی سپاه پاسداران، نمایندگی امام در شورای عالی دفاع و ... .

۵.۳.۱ - شورای انقلاب

یکی از نخستین عرصه‌های نقش آفرینی آیت‌الله خامنه‌ای در روند تکون نظام جمهوری اسلامی، عضویت و فعالیت در شورای انقلاب بود. این شورا پس از مهاجرت امام خمینی به فرانسه در مهر۱۳۵۷ و ظهور نشانه‌های پیروزی انقلاب اسلامی و ورود نهضت اسلامی به مرحله انقلاب با نظر امام خمینی از اوایل آبان شکل گرفت و اعضای آن توسط امام خمینی به تدریج انتخاب شدند، اما به لحاظ رعایت ملاحظات مختلف به صورت رسمی در آستانه پیروزی انقلاب در ۲۲ دی ۱۳۵۷ اعلام گردید.
نخستین اعضای شورا آقایان مرتضی مطهری، سید محمد حسینی بهشتی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی، محمدرضا مهدوی کنی، سید علی خامنه‌ای و محمدجواد باهنر و اکبر هاشمی رفسنجانی بودند. در ادامه کار شورا نیز افراد دیگری به عضویت آن درآمدند.
آیت‌الله خامنه‌ای در اواخر دی ماه در این جلسات حضور پیدا کرد. شورا در این مقطع، تصمیم گیریهای مهم در مورد مبارزه را برعهده داشت. از جمله آنها مذاکره با مقامات حکومت پهلوی و مقامات کشورهای خارجی، از جمله آمریکا و نیز تشکیل کمیته استقبال از امام خمینی بود. اقدام مهم دیگر شورای انقلاب در مقطع قبل از پیروزی، معرفی مهدی بازرگان به عنوان رئیس دولت موقت به امام خمینی بود.
پس از پیروزی انقلاب آنچه برعهده شورای انقلاب قرار داشت عبارت بود از: قانونگذاری در غیاب قوه مقننه، انجام بخشی از وظایف قوه مجریه پس از ادغام دولت موقت و شورای انقلاب در تیر ۱۳۵۸ و انجام همه آن پس از استعفای دولت موقت در ۱۴ آبان ۱۳۵۸ تا پس از آن. در کنار این وظایف اصلی، مرجعی برای رفع معضلات و بحران‌های پیشِ رویِ نظام نوپای جمهوری اسلامی و مشاوره برای امام نیز بود. به رغم تغییر چندین‌باره ترکیب اعضای شورای انقلاب در ادوار چهارگانه آن تا پایان فعالیتش در ۲۹ تیر ۱۳۵۹ آیت‌الله خامنه‌ای عضو ثابت ان باقی ماند. ایستادگی در برابر نظرات و مواضع جهت دار اعضای موسوم به «لیبرال» شورا، هشدارهای مکرر نسبت به ضرورت جلوگیری از نفوذ اعضا و هواداران حزب توده ایران و دیگر احزاب و گروههای مخالف انقلاب اسلامی در ارتش و عرصه فرهنگ کشور از مواضع مهم وی در جلسات و تصمیمات شورا بود.
آیت‌الله خامنه‌ای معتقد بود که در شورای انقلاب باید از اقشار گوناگون جامعه نمایندهای حضور داشته باشد. مسائل کردستان، سیستان و بلوچستان و دیگر مناطق کشور و ضرورت حفظ وحدت از دیگر موضوعات مهم و مورد توجه وی در شورای انقلاب بود. او بر این عقیده بود که دولت موقت در قضیه کردستان ضعف نشان داده و باید آن را از راههای مختلف حل کرد و از سرایت آن به سایر مناطق قومی کشور جلوگیری نمود. در مورد منطقه سیستان و بلوچستان نیز براساس از تجربه حضورش در زمان تبعید و اطلاع از اوضاع سیاسی و اجتماعی آن منطقه، بر بهبود وضع اقتصادی و معیشتی مردم آن دیار تاکید داشت. در این زمینه در ۹ فروردین ۱۳۵۸ از سوی امام خمینی ماموریت یافت در راس هیاتی عازم آن منطقه شود تا به خواست‌ها و مشکلات مردم رسیدگی و در مورد وضعیت آن منطقه گزارشی تهیه کند. در این سفر، افزون بر ماموریت یادشده، با برخی از سران و متنفذین محلی منطقه دیدار و سیاستهای نظام جمهوری اسلامی را برای آنها تشریح و تبیین کرد. حمایت از تاسیس و تقویت نهادهای انقلابی و مردمی چون سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و جهاد سازندگی از دیگر مواضع اصولی وی در شورای انقلاب بود.

۵.۳.۲ - معاونت شهید چمران

با ادغام دولت موقت و شورای انقلاب در آخر تیر ۱۳۵۸ برخی اعضای شورای انقلاب از سوی آن شورا به برخی از وزارتخانه‌های حساس راه یافتند و از آن جمله آیت‌الله خامنه‌ای به معاونت امور انقلاب وزارت دفاع انتخاب گردید. در این زمان دکتر مصطفی چمران وزیر دفاع بود. همچنین در جریان ادغام شورای انقلاب و دولت موقت که با هدف تمرکز بیشتر در قوه مجریه صورت گرفت ایشان به عضویت کمیسیون وزرای امنیتی که سرپرستی و مسئولیت کلیه امور انتظامی، نظامی و امنیتی، از جمله بحران‌های گنبد، کردستان و خوزستان و مقابله با اقدامات احزاب و گروههای ضدانقلاب را بر عهده داشت، انتخاب گردید.

۵.۳.۳ - سرپرستی سپاه پاسداران

از دیگر ماموریت‌های آیت‌الله خامنه‌ای از طرف شورای انقلاب، مسئولیت مرکز اسناد و نیز سرپرستی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در ۳ آذر ۱۳۵۸ بود. وی قبل از این نیز به نمایندگی از سوی شورای انقلاب در برخی جلسات سپاه پاسداران شرکت می‌کرد. علت انتخاب او به سرپرستی سپاه، باقی ماندن پاره‌ای اختلافات در بدنه و سازمان سپاه بود که در ماههای پس از پیروزی انقلاب اسلامی شکل گرفته بود و با تلاشهای میانجیگرانه به نتیجه نرسیده بود. وی که از حامیان نیروهای نظامی مردمی، به ویژه سپاه بود، در مدت حضور در راس آن نیرو سعی کرد علاوه بر رفع اختلافات موجود، سازمان مناسبی بدان بدهد. او در ۵ اسفند ۱۳۵۸ از مسئولیت سرپرستی سپاه به دلیل نامزدی در انتخابات نخستین دورۀ مجلس شورای اسلامی استعفا داد.

۵.۳.۴ - تاسیس حزب جمهوری اسلامی

آیت الله خامنه‌ای در ایام منتهی به پیروزی انقلاب اسلامی و پس از آن، هم زمان با حضور مؤثر در شورای انقلاب و تمشیت امور انقلاب در دوره گذار به همراه سید محمد حسینی بهشتی، اکبر هاشمی رفسنجانی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی و محمدجواد باهنر برای ایجاد تشکلی انقلابی فعالیت می‌کرد. این تشکل با نام حزب جمهوری اسلامی در ۲۹ بهمن ۱۳۵۷ رسماٌ اعلام موجودیت کرد؛ اما پایه‌های تاسیس آن به جلساتی در مشهد در تابستان ۱۳۵۶ بر می‌گردد که در آن برخی از مبارزان از جمله مؤسسین بعدی حزب جمهوری اسلامی در صدد تشکیل مجمع و سازمان متشکلی برای فعالیت بر ضد حکومت پهلوی و توسعه اندیشه اسلامی بودند. بر این مبنا حزب در دوره فعالیت غیررسمی خود در ماه‌های منتهی به پیروزی انقلاب نقش مؤثری در برگزاری اجتماعات و سخنرانی‌ها بر عهده داشت که فعالیت آیت‌الله خامنه‌ای در این زمینه قابل ملاحظه بود.
از دلایل تاسیس حزب جمهوری اسلامی می‌توان به پرکردن خلاء ناشی از فقدان تشکیلات منظم و روزآمد برای صیانت و حمایت از نظام نوپای جمهوری اسلامی، کمک به تداوم انقلاب و حفظ یکپارچگی و حضور مردم در صحنه، پی‌ریزی بنیان‌های اساسی نظام جمهوری اسلامی، صیانت از محوریت نقش آفرینی امام خمینی در دوران پس از انقلاب، تعمیق اندیشه اصیل اسلامی در اذهان مردم، هدایت لحظه به لحظه سیاسی مردم، کمک برای تامین نیروی انسانی دستگاه‌های اجرایی برای تحقق اهداف انقلاب اسلامی، موضع گیری صریح و صادقانه در برابر ترفندها و فریب‌های دشمنان داخلی و خارجی اشاره کرد. وی از تهیه کنندگان مرامنامه حزب بود و در تقسیم بندی وظایف اعضا، وظیفه تبلیغات حزب را برعهده گرفت. ایشان عضو مؤسس و عضو شورای مرکزی حزب بود و در مجموع در دوره تاسیس حزب بیشتر نقش تبیینی ایفا کرد و مواضع حزب را به صورت گفتارها و جزوه‌هایی ارائه نمود. او در تاسیس شعبه حزب در مشهد نقش داشت و دفتر آن شعبه را در ۲۶ اسفند ۱۳۵۷ افتتاح کرد.

۵.۳.۵ - دبیر کلی حزب جمهوری اسلامی

پس از آیت‌الله بهشتی و دکتر باهنر اولین و دومین دبیرکل حزب آیت‌الله خامنه‌ای در شهریور ۱۳۶۰ از سوی شورای مرکزی حزب به عنوان سومین دبیرکل حزب انتخاب شد. در سال‌های پس از پیروزی انقلاب تا زمان تثبیت نظام جمهوری اسلامی در دهه ۱۳۶۰، حزب جمهوری اسلامی به مثابه رکن مهمی از حاکمیت خارج از ساختار سیاسی رسمی فعالیت می‌کرد و مقوم پایه‌های نظام جمهوری اسلامی بود. ایشان حزب جمهوری اسلامی را نهادی ضروری جهت حفاظت از کلیت نظام نوپای جمهوری اسلامی می‌دانستند. نخستین کنگره حزب در اردیبهشت ۱۳۶۲ برگزار و آیت‌الله خامنه‌ای برای دومین بار به دبیرکلی حزب و عضویت شورای مرکزی و شورای داوری حزب. انتخاب شد. وی در طول دوران ریاست جمهوری در جلسه‌های حزب جمهوری اسلامی در تهران و شهرستانها شرکت می‌کرد و ضمن تبیین ماموریتها و اهداف حزب، به پرسشهای دفاتر، شعب و اعضای حزب پاسخ می‌داد.
ایشان هم زمان با دوره دوم ریاست جمهوری نیز دبیرکلی حزب جمهوری اسلامی را بر عهده داشت. در این دوره فعالیتهای حزب به دلایل مختلف، از جمله:رفع بحرانهای سالهای اولیه انقلاب، تاسیس نهادها و سازمانهای مورد نیاز جمهوری اسلامی که حزب در تاسیس، تقویت و رشد آنها نقش مؤثری داشت، اشتغال شخصیت‌های محوری حزب از جمله آیت‌الله خامنه‌ای و هاشمی رفسنجانی در مشاغل مهم نظام در کنار فقدان برخی از بنیانگذاران مؤثر آن، نارضایتی امام خمینی از تبدیل حزب از عامل وحدت بخش به عامل تفرقه و تشدید جناح بندیها در درون حزب، کاهش یافت و دیگر کارایی سالهای اولیه خود را نداشت. لذا آیت‌الله خامنه‌ای و هاشمی رفسنجانی در اوایل خرداد ۱۳۶۶ با نگارش نامه‌ای به امام خمینی و ذکر دلایل یادشده، به ویژه پیدایش و تشدید جناح بندی در درون حزب و خطر آن برای وحدت و انسجام جامعه ، خواستار تعطیلی فعالیتهای آن شدند. امام خمینی نیز در ۱۱ خرداد ۱۳۶۶ با این درخواست موافقت کرد و متعاقب آن فعالیتهای حزب تعطیل شد.

۵.۳.۶ - امامت جمعه تهران

امام خمینی در ۲۴ دی ۱۳۵۸ آیت‌الله خامنه‌ای را با اشاره به حسن سابقه و شایستگی در علم و عمل به امامت جمعه تهران منصوب کردند. ایشان نخستین نماز جمعه را در ۲۸ دی ۱۳۵۸ امامت کردند. از این تاریخ تا واقعه ۶ تیر۱۳۶۰ که در مسجد ابوذر تهران به ایشان سوء قصد و بر اثر آن به شدت مجروح گردیدند، به جز مقطع ۲۱ بهمن تا ۶ اسفند ۱۳۵۹ که در جریان سفری تبلیغی در هندوستان به سر میبرد، نماز جمعه تهران را اقامه کردند. پس از آن نیز همواره این سمت را بر عهده داشت. اقدام مهم و ابتکاری وی در مورد نماز جمعه، پیشنهاد برگزاری سمینارهای ائمه جمعه به منظور انسجام شبکه امامان جمعه در داخل کشور و جهان اسلام بود که پس از موافقت امام خمینی، نخستین سمینار در مدرسه فیضیه قم برگزار شد و پس از آن سمینارهای متعددی نیز برگزار شد. وی در خطبه‌های نماز جمعه به عنوان یک تریبون اثرگذار، مهم‌ترین و قاطع‌ترین مواضع اصولی و راهبردی نظام جمهوری اسلامی را ارائه کرده و همچنین، به تعمیق اندیشه دینی و بینش و بصیرت سیاسی جامعه پرداخته است. اهتمام به خطبه‌های عربی نیز که مخاطب آن مسلمانان جهان اسلام بود، از ویژگی‌های خطبه‌های ایشان بوده است.

۵.۳.۷ - نمایندگی در مجلس شورای اسلامی

آیت الله خامنه‌ای پس از نامزدی برای انتخابات نخستین دورة قانون گذاری مجلس شورای اسلامی در اسفند ۱۳۵۸، از سوی ائتلاف بزرگ نیروهای خط امام شامل جامعه روحانیت مبارز تهران، حزب جمهوری اسلامی و چندین سازمان و گروه اسلامی دیگر در انتخابات مجلس شورای اسلامی حمایت شد و از حوزه انتخابیه تهران وارد مجلس شد. در مجلس، عضو و رئیس کمیسیون امور دفاعی بود. در مدت ریاست ایشان طرحها، لوایح و موضوعات متعددی در آن کمیسیون بررسی شد که از مهم‌ترین آنها می‌توان تامین نیازمندیهای استخدامی سپاه پاسداران، ادغام سازمان بسیج مستضعفین در سپاه پاسداران، مسئله کردستان، مسائل مرزی، مسئله بلوچستان و سازمان دهی نوین ارتش را نام برد. از موضع گیریهای مهم وی در طول نمایندگی می‌توان به صحبت‌های مهم و مستند او در موافقت با طرح عدم کفایت سیاسی بنی صدر برای ریاست جمهوری اشاره کرد. با آغاز جنگ ایران و عراق در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹ و به سبب حضور در جبهه‌های جنگ، در جلسات مجلس شورای اسلامی کمتر حضور یافت و پس از جراحت شدید در ۶ تیر ۱۳۶۰ در موارد معدود در آن حاضر شد. با انتخاب به مقام ریاست جمهوری در مهر ۱۳۶۰ قوه مقننه را ترک گفت.

۵.۳.۸ - حضور در دفاع مقدس

آیت الله خامنه‌ای از نخستین ساعات آغاز جنگ ایران و عراق، در تدبیر مسائل جنگ بصورت فعالانه به ایفای نقش پرداخت. ساعاتی پس از شروع حمله به خاک کشورمان اولین اطلاعیه در مورد تجاوز ارتش بعث عراق به ایران را تهیه و از رادیو به اطلاع مردم رساند. در دومین روز شروع جنگ در جلسه‌ای که در ستاد مشترک ارتش برای بررسی چگونگی برخورد با تجاوز نظامی عراق تشکیل شد، حضور یافت. و آنگاه که قرار شد یک نفر از آنها برای بررسی مسئله به جبهه‌های جنگ برود، نخستین کسی که این پیشنهاد را پذیرفت آیت‌الله خامنه‌ای بود.
در ۵ مهر ۱۳۵۹ پس از اجازه امام خمینی در کسوت یک نظامی، در جبهه‌های جنگ حضور یافت. تا گزارشی از وضعیت جبهه‌ها و امکانات نیروهای ایرانی منطقه مورد تجاوز نیروهای عراقی تهیه نموده و به سازمان دهی نیروها برای مقابله با دشمن کمک کند. بر این اساس عازم جبهه جنوب شد و تا اواسط بهار سال ۱۳۶۰ در آن جبهه استقرار داشت. پس از آن در جبهه غرب حاضر شد، ولی حضور جز برای اقامه نماز جمعه تهران، دیدار و گزارش به امام یا جلسات ضروری و سفرها و سخنرانی‌های لازم، مستمر بود. وی در چندین عملیات نظامی و یا طراحی آن شرکت کرد. پشتیبانی و تامین نیازهای تسلیحاتی و تدارکاتی نیروهای بسیجی و سپاهی از دیگر فعالیتهای ایشان در صحنه نبرد بود. بیشتر وقت وی در جبهه‌ها صرف هدایت، پشتیبانی و طراحی عملیات ستاد جنگهای نامنظم که توسط مصطفی چمران تشکیل شده بود می‌شد.
از اقدامات ویژه این ستاد که آیت‌الله خامنه‌ای مستقیماً در آن نقش داشت، تشکیل گروههای نظامی مخصوص شکار تانک بود. در پشتیبانی از جبهه‌های خرمشهر، آبادان و سوسنگرد نقش مؤثری داشت و در تقویت نیروهای نظامی مردمی مثل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و بسیج و تهیه نیازمندیهای فنی و تجهیزاتی آنها نقش بسیاری ایفا نمود. از دیگر تلاش‌های ایشان ایجاد هماهنگی بین سپاه و ارتش در جبهه‌ها و عملیات نظامی بود.

۵.۳.۹ - نمایندگی امام در شورای عالی دفاع

به فرمان امام خمینی در ۲۰ مهر ۱۳۵۹ شورای عالی دفاع عهده دار کلیه امور جنگ شد و آیت‌الله خامنه‌ای که براساس حکم امام در ۲۰ اردیبهشت ۱۳۵۹ نماینده ایشان در این شورا و نیز سخنگوی آن بود. در این مدت مشاور امام خمینی در امور و مسائل جنگ نیز بود. وی معمولاً در پایان جلسه‌های شورای عالی دفاع درباره مباحث و تصمیمات شورا مصاحبه مطبوعاتی انجام می‌داد و تصمیمات شورا را به اطلاع مردم می‌رسانید.

۵.۳.۱۰ - عملیات شکست حصر آبادان

آیت‌الله خامنه‌ای در عملیات شکستن حصر آبادانحضور مستقیم داشت و در مورد خرمشهر نیز اعتقاد داشت که با اتخاذ تدابیر نظامی درست می‌توان از سقوط آن جلوگیری کرد. حتی در این زمینه نامه‌ای به ابوالحسن بنی صدر، رئیس جمهور و فرمانده کل قوای وقت نوشت و هشدار داد که در صورت استقرار دو تیپ زرهی در اطراف سوسنگرد، می‌توان از سقوط شهر جلوگیری به عمل آورد اما، بنی صدر به آن هشدار توجهی نکرد.
اندکی پس از آغاز جنگ گروهی از شخصیتها و سازمانهای بین المللی و نیز برخی از کشورها برای ایجاد صلح بین دو کشور، به فعالیت‌هایی دست زدند. آیت‌الله خامنه‌ای در این مورد اعتقاد داشت تا زمانی که عراق شروط اصلی ایران شامل عقب نشینی به مرزهای بین المللی، پرداخت خسارت و تنبیه متجاوز را نپذیرد، صلحی پدید نخواهد آمد و اگر عراق این شروط را نپذیرد آن را به زور از سرزمینهای خود بیرون می‌کنیم. همچنین معتقد بود که صلح تحمیلی بدتر از جنگ است. با وجود این تردد هیئت‌های صلح را از این نظر که باعث روشن شدن ابعاد جنایات صدام حسین و نیروهای او علیه مردم ایران شد و به اثبات مظلومیت ایران و تجاوزگری صدام کمک می‌کرد، مفید می‌دانست.

۵.۳.۱۱ - جنگ در دوران ریاست جمهوری

در دو دوره ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای، جنگ در راس امور و مهم‌ترین موضوع کشور بود. از ۱۳۶۰ تا ۱۳۶۴ تحولاتی در صحنه جنگ پیش آمد و در مجموع موازنه در جبهه‌های جنگ به سود ایران تغییر یافت. نیروهای عراقی از بیشتر سرزمین‌های اشغال شده بیرون رانده شدند و با وحدت نظر مسئولان ارشد کشور ازجمله آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان رئیس شورای عالی دفاع سلسله عملیات‌های نظامی، طراحی و اجرا شد. هم زمان با آن تحولات، حضور دیپلماتیک ایران در عرصه بین المللی نیز بیشتر و فعال تر شد. ایشان طی هفت سال از مجموع هشت سال دوران ریاست جمهوری خود که مقارن با جنگ بود، بخش زیادی از مذاکرات خارجی خود را به مذاکره با هیئت‌های حسن نیت صلح که از سوی سازمان‌های بین المللی، اسلامی و منطقه‌ای و یا با شخصیت‌های مهم بین المللی و منطقه‌ای که ماموریت میانجی گری داشتند، اختصاص دادند. در دوره ریاست جمهوری به دلیل مخالفت امام با حضور در جبهه‌های جنگ، به برخی حضورها و بازدیدهای محدود اکتفا کردند اما در مقطع پایانی جنگ و پس از قبول قطعنامه وضعیت وخیم جبهه‌ها ایشان را ناگزیر کرد پس از کسب موافقت امام خمینی برای ایجاد تحولی عظیم به جبهه‌ها رهسپار شود.
همچنین که آیت‌الله خامنه‌ای در دوره ریاست جمهوری رئیس شورای عالی پشتیبانی جنگ بود. این شورا به دلیل شرایط خاص جنگ در سال ۱۳۶۵ و به منظور به کارگیری هرچه بهتر امکانات کشور در خدمت جنگ و انجام اقدامات مؤثر در بسیج نیروها و امکانات برای رفع نیازمندیهای جبهه‌های جنگ تشکیل شد. امام خمینی در پاسخ به استعلام ایشان در ۱۹ بهمن ۱۳۶۶ مصوبات آن شورا را تا پایان جنگ لازم الاجرا اعلام کرد.
در تابستان ۱۳۶۷ و در آخرین سال ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای و با پذیرش قطعنامه ۵۹۸ توسط ایران جنگ عراق با ایران به پایان رسید. پذیرش قطعنامه ۵۹۸ در جلسه‌ای به ریاست آیت‌الله خامنه‌ای و با حضور مسؤولان عالی رتبه نظام در ۲۶ تیر ۱۳۶۷ به تصویب رسید و امام خمینی نیز بر آن صحه گذاشت. امام خمینی در پیامی به مردم ایران قبول قطعنامه را مسئله‌ای بسیار تلخ و ناگوار و صرفاً به دلیل مصلحت انقلاب و نظام جمهوری اسلامی ایران اعلام کرد:
«قبول این مسئله برای من از زهر کشنده تر است؛ ولی راضی به رضای خدایم و برای رضایت او این جرعه را نوشیدم.. در قبول این قطعنامه فقط مسئولین کشور ایران به اتکای خود تصمیم گرفته‌اند. و کسی و کشوری در این امر مداخله نداشته است». به دنبال این تصمیم آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان رئیس جمهور در نامه‌ای در تاریخ ۲۷ تیر ۱۳۶۷ به دبیرکل وقت سازمان ملل متحد، خاویر پرز دکوئیار، پذیرش قطعنامه ۵۹۸ سازمان ملل از سوی ایران را اعلام کرد.

۵.۴ - فعالیت‌های ارشادی در دهه‌ اول انقلاب اسلامی

بخش مهمی از فعالیت‌های سیاسی و مذهبی آیت‌الله خامنه‌ای از پیروزی انقلاب اسلامی تا انتخاب به ریاست جمهوری، فعالیت‌های ارشادی به منظور نهادینه کردن و تثبیت نظام جمهوری اسلامی بود.

۵.۴.۱ - توصیه امام به دانشجویان برای رجوع به آیت‌الله خامنه‌ای

به دنبال شهادت آیت‌الله مرتضی مطهری و خلائی که از فقدان وی در میان دانشجویان و دانشگاهیان پدید آمده بود، امام خمینی در ۲۳ خرداد ۱۳۵۸ طی سخنانی در جمع دانشجویان، آیت‌الله خامنه‌ای را فردی فهیم و سخنور نامیده و مرجع رسیدگی به مسائل فکری و عقیدتی دانشجویان و مقابله با تبلیغات احزاب و گروههای مخالف نظام جمهوری اسلامی، به ویژه مارکسیستها در محیط دانشگاهی تعیین کرد.
وی از این تاریخ تا شروع جنگ ایران و عراق در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹ روزهای دوشنبه در مسجد دانشگاه تهران در جمع دانشجویان حضور می‌یافت و ضمن اقامه جماعت نماز ظهر و عصر و ایراد سخنرانی در موضوعات مهم روز، به پرسش‌های فکری و سیاسی آنها پاسخ می‌داد. این جلسات بعدها در مساجد مهم تهران ادامه پیدا کرد. حادثه سوء قصد به ایشان در مسجد اباذر در خلال یکی از از همین جلسات رخ داد.

۵.۴.۲ - جلوگیری از انحلال مجلس خبرگان قانون اساسی

اقدام دیگر آیت‌الله خامنه‌ای مقابله با تلاش‌هایی بود که از سوی برخی از اعضای دولت موقت برای انحلال مجلس خبرگان قانون اساسی در حال شکل گیری بود. بدین نحو که نامه‌ای به امضای پانزده نفر از وزیران و اعضای دولت موقت تهیه شده بود و در نظر داشتند قبل از اطلاع امام خمینی و اظهار نظر ایشان، انحلال مجلس مزبور را به مردم اطلاع دهند و اگر امام خمینی مخالفتی کرد به صورت دسته جمعی استعفا کنند. آیت‌الله خامنه‌ای که از سوی شورای انقلاب در جلسه هیات وزیران شرکت می‌کرد، بعد از طرح نامه مذکور در جلسه به شدت با آن مخالفت نمود و بر ضرورت اطلاع امام خمینی پیش از انتشار آن تاکید ورزید. امام خمینی نیز، پس از آگاهی از موضوع، با درخواست آنان مخالفت نمود و بر ادامه کار قانونی مجلس خبرگان قانون اساسی تاکید کرد.

۵.۴.۳ - سفر تبلیغی به هند

در دومین سالگرد پیروزی انقلاب اسلامی که مقارن با آغاز قرن پانزدهم هجری قمری نیز بود بنا به تصمیم شورای عالی تبلیغات اسلامی، هیئت‌های گوناگونی از طرف نظام جمهوری اسلامی به کشورهای مختلف جهان عزیمت کردند تا مواضع و دیدگاه‌های جمهوری اسلامی ایران و ویژگی‌های انقلاب اسلامی را برای ملتها، به ویژه ملتهای مسلمان تشریح و تبیین کنند.
آیت‌الله خامنه‌ای سرپرستی هیئت اعزامی به هندوستان را بر عهده گرفت. ایشان به مدت دو هفته در اواخر بهمن و اوایل اسفند ۱۳۵۹ به شهرهایی چون دهلی نو، حیدرآباد، بنگلور و منطقه کشمیر سفر کرد و در سخنرانی‌ها، دیدارها و گفت وگوها و مصاحبه‌های مطبوعاتی به ویژه با اصحاب مطبوعات محلی، دانشجویان و استادان دانشگاه‌ها، تشکل‌ها و شخصیت‌های اسلامی و شیعیان هند چهره واقعی انقلاب اسلامی ایران و نظام جمهوری اسلامی و مسائل مهم آن، به ویژه جنگ با عراق را تشریح و بیان کرد. همچنین، با خانم گاندی نخست وزیر هند که از شخصیت‌های معتبر و موجه بین المللی بود دیدار و گفتگو کرد.

۵.۴.۴ - مقابله با لیبرال‌ها و بنی صدر

یکی از مسائل مهم جامعه ایران در سالهای اولیه پس از پیروزی انقلاب اسلامی وجود و فعالیت دو جناح تاثیرگذار موسوم به نیروهای خط امام و لیبرال‌ها در ساختار سیاسی رسمی کشور بود. بیشتر یاران، نزدیکان و مشاوران امام خمینی از جمله آیت‌الله خامنه‌ای در جناح نیروهای خط امام قرار داشتند. چهره شاخص جناح لیبرال که از لحاظ فکری و بینش سیاسی تعارض‌های زیادی با نیروهای خط امام داشت، ابوالحسن بنی صدر بود. آیت‌الله خامنه‌ای، بنی صدر را نماینده جریانی می‌دانست که عامل تفرقه و درگیری در سطح مسئولان ارشد کشور و در نتیجه سبب تفرقه و تشتت در جامعه بود. اما با وجود اختلاف نظر اساسی با بنی صدر و جریان همفکر و حامی او، به منظور حفظ وحدت در جامعه و تاکید امام خمینی بر آن، مخالفت خود را در محافل عمومی ابراز نمی‌کرد. در برخی موارد نیز داوری نزد امام خمینی می‌برد. پس از انحراف واضح بنی صدر از ماهیت انقلاب اسلامی و قانون اساسی و پس از طرح عدم کفایت سیاسی وی برای ریاست جمهوری در مجلس شورای اسلامی در ۳۰ خرداد ۱۳۶۰، آیت‌الله خامنه‌ای در موافقت با طرح نطق مشروح و مؤثری را ایراد کرد.
آیت الله خامنه‌ای از ۱۳۵۸ تا اول تیر ۱۳۶۰ در موارد گوناگون علیه جناح لیبرال و ملی گرا موضع مخالف گرفت. وی با حفظ دفتر مستشاری نظامی امریکا در ایران و تغییر نام آن از سوی دولت موقت مخالفت کرد. در مورد انتخاب وزیران، معاونان وزراء و مسئله پاکسازی در ادارات و سازمانهای دولتی نیز با انتخاب افرادی که در خط انقلاب نبودند و طرف دار خط سازش با امریکا و یا رابطه داشتن با کشورهای مرتجع عرب و مواردی از این دست بودند، مخالفت می‌کرد.

۵.۴.۵ - ترور نافرجام توسط منافقین

آیت الله خامنه‌ای در ۶ تیر ۱۳۶۰ و در حال سخنرانی پس از نماز ظهر در مسجد ابوذر، واقع در یکی از مناطق جنوب تهران، در اثر انفجار بمبی که در ضبط صوت کار گذاشته شده بود به شدت زخمی شد. امام خمینی، در پیامی خطاب به ایشان توطئه سوء قصد به جان وی را محکوم کرد و از ایشان تجلیل نمود. بر اثر این سوء قصد، ایشان از ناحیه سینه، کتف و دست راست آسیب جدی دید. گزارشهای غیررسمی مسبب این حادثه را سازمان مجاهدین خلق ایران دانسته‌اند. آیت‌الله خامنه‌ای اولین فردی بود که در حوادث و جریانات پس از عزل بنی صدر از فرماندهی کل قوا و ریاست جمهوری ترور شد. در ۱۸ مرداد ۱۳۶۰ از بیمارستان مرخص شد و مجدداً به صحنه اجتماع و سیاست بازگشت و از ۲۶ مرداد ۱۳۶۰ در جلسات مجلس شورای اسلامی حاضر شد.

۵.۵ - دوران ریاست جمهوری

انتخاب به عنوان ریاست جمهوری با ۹۵ درصد آرا پس از شهادت محمدعلی رجایی دومین رئیس جمهور اسلامی ایران شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و نیز جامعه مدرسین حوزه علمیه قم به اتفاق آرا و علیرغم مخالفت ایشان، وی را به عنوان نامزد ریاست جمهوری انتخاب کردند و امام خمینی که سابقاً با تصدی روحانیون برای ریاست جمهوری موافق نبودند با نامزدی ایشان موافقت کردند.
پس از نامزدی و اعلام صلاحیت توسط شورای نگهبان، گروه‌ها و شخصیت‌های مختلف از ریاست جمهوری ایشان حمایت کردند. از مهم‌ترین حامیان آیت‌الله خامنه‌ای ائتلاف گروه‌های خط امام بود.
انتخابات در ۱۰ مهر ۱۳۶۰ برگزار شد و آیت‌الله خامنه‌ای با کسب اکثریت مطلق آراء (۱۱/۹۵ درصد) به عنوان رئیس جمهور انتخاب شد. در ۱۷ مهر ۱۳۶۰ امام خمینی حکم ریاست جمهوری ایشان را تنفیذ کرد و در ۲۱ مهر به عنوان سومین رئیس جمهور اسلامی ایران در مجلس شورای اسلامی سوگند یاد کرد.
در ۲۷ مهر ۱۳۶۰ علی اکبر ولایتی را که عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و از نیروهای خط امام بود، به عنوان نخست وزیر به مجلس شورای اسلامی معرفی کرد. ولی وی در رای گیری روز ۳۰ مهر ۱۳۶۰ نتوانست آرای اکثریت نمایندگان را کسب نماید. در ۴ آبان ۱۳۶۰ میرحسین موسوی را که عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی، سردبیر روزنامه جمهوری اسلامی و وزیر امور خارجه دولت‌های رجایی، باهنر و مهدوی کنیبود به عنوان نخست وزیر به مجلس معرفی کرد. او توانست در ۶ آبان ۱۳۶۰ آراء موافق اکثریت نمایندگان مجلس را کسب کند.
آیت الله خامنه‌ای ریاست جمهوری خود را در حالی آغاز کرد که نهاد ریاست جمهوری از ساختار مناسبی برخوردار نبود. گروههای مشاور و کارگروهها برای کمک به رئیس جمهور در انجام وظایف قانونی نیز هنوز تشکیل نشده بود و این امر مشکلات فراوانی را برای عملکرد رئیس جمهور پدید می‌آورد. به تدریج، دفتر ریاست جمهوری با چندین مشاور و کارگروه شکل گرفت. آیت‌الله خامنه‌ا‌ای در ابتدا بخشی از تلاشهای خود را معطوف ساختارسازی برای دفتر رئیس جمهور و نهاد ریاست جمهوری کرد. بعدها در پی ابهام در شرح وظایف رئیس جمهور که کاستی آن به ویژه در تعامل با نخست وزیر در طول دوره اول آشکار شده بود، قانون اختیارات رئیس جمهور تهیه و تدوین شد و در تاریخ ۱۶ اردیبهشت ۱۳۶۵ به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید.
سرفصل برنامه‌های آیت‌الله خامنه‌ای در دوره چهارساله اول ریاست جمهوری عبارت از: اهتمام به امور مربوط به جنگ تحمیلی، نیل به سیاست‌های اقتصادی به سوی حمایت از مستضعفان و دورافتادگان از مرکز، طاغوت زدایی از همه شئون زندگی اداری، اجتماعی و سیاسی مردم ایران ، کشف و به کارگیری استعدادهای انسانی در همه عرصه‌ها از تکنیک تا هنر، تامین امنیت اجتماعی، اداری و قضایی برای ارائه خدمت مؤثر به مردم، تامین امنیت و آزادی همه افراد وفادار به نظام جمهوری اسلامی با هر اندیشه و تفکر.
در دوره چهارساله دوم نیز ضمن ادامه برنامه‌های دوره اول که در راس آنها جنگ تحمیلی قرار داشت، تدوین لایحه اختیارات ریاست جمهوری، کاهش تصدی گری دولت و واگذاری امور به مردم، به کار گماردن مسئولین لایق، انقلابی و کارآمد در دولت، رفع فقر مزمن و طولانی مدت حاکم بر جامعه و زندگی مردم، واگذاری زمینهای کشاورزی به مردم، واگذاری صنایع دولتی به بخش تعاونی، سهیم شدن کارگران در کارخانه‌ها، گسترش و توسعه صادرات غیرنفتی و کاهش اتکای کشور به درآمد نفت، مشارکت مردم در امور اقتصادی و فرهنگی کشور با نظارت دولت، سوق دادن سیاست فرهنگی کشور به سوی استقلال فرهنگی از اهم برنامه‌های آیت‌الله خامنه‌ای بود.
در عرصه سیاست و روابط خارجی برنامه ایشان شامل اتخاذ سیاست مستقل و متوازن در قبال هر یک از کشورهای جهان و تصمیم گیری برمبنای مصالح نظام و کشور همراه با قاطعیت و صراحت، عدم وابستگی به شرق و غرب، اهمیت دادن به وحدت میان مسلمانان جهان، اهتمام جدی در بازپس گرفتن حقوق مسلمانان جهان از قدرتهای جهانی و مبارزه مستمر با هرگونه اقدام و حرکتی در جهت سلطه ابرقدرتها در منطقه، اهتمام جدی به مسئله قدس و دیگر سرزمینهای غصب شده فلسطین و آمادگی برای مبارزه همه جانبه با دشمن صهیونیست، بازگشت به فرهنگ غنی و اصیل اسلامی در عرصه بین المللی به عنوان سد راه دشمنان و غارتگران، افزایش فعالیت و حضور مؤثر در صحنه‌های بین المللی بود.
باتوجه به تجربه مشکلات و اختلاف نظرها با نخست وزیر و برخی اعضای هیئت دولت در چهار ساله اول ریاست جمهوری مایل نبود برای دومین بار در انتخابات ریاست جمهوری شرکت کند اما پس از آنکه امام خمینی آن را تکلیف شرعی ایشان دانستند، تصمیم گرفت که در انتخابات چهارمین دوره ریاست جمهوری نامزد شود و از امام خواست که در انتخاب نخست وزیر مختار باشد و امام هم پذیرفت.
پس از انتخاب مجدد به عنوان رئیس جمهور، و در آستانه انتخاب نخست وزیر آنگاه که معلوم شد آیت‌الله خامنه‌ای به سبب عدم رضایت از وضعیت اداره کشور توسط نخست وزیر درصدد معرفی فرد دیگری برای نخست وزیری است برخی نظامی‌ها نزد امام ابراز کردند که پیشرفت در جبهه‌های جنگ منوط به نخست وزیری دوباره مهندس موسوی است. امام خمینی به جهت مصلحت جنگ این نظر را پذیرفتند و به آیت‌الله خامنه‌ای حکم کردند که مهندس موسوی را به عنوان نخست وزیر معرفی کند. آیت‌الله خامنه‌ای در اطاعت از حکم امام و علیرغم نظر مخالف خود، وی را به مجلس معرفی کرد. در دوره دوم ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای اختلافات رئیس جمهور و نخست وزیر ادامه یافت و در مواردی مانند معرفی اعضای کابینه، تشدید هم شد.

۵.۶ - فعالیت‌های سیاسی و فرهنگی در دوران ریاست جمهوری

آیت الله سید علی خامنه‌ای در طول دوران ریاست جمهوری فعالیت‌های سیاسی و فرهنگی متعددی را عهده‌دار شدند که برخی از مهمترین آنها عبارتنداز:
ترمیم تشکیلات انقلاب فرهنگی، فعال کردن دستگاه سیاست خارجی، ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام، حضور در شورای بازنگری قانون اساسی، دیدار و سفرهای استانی و ... .

۵.۶.۱ - ترمیم تشکیلات انقلاب فرهنگی

در ۸ شهریور ۱۳۶۲ آیت‌الله خامنه‌ای، اولین ترمیم عمده در ستاد انقلاب فرهنگی را براساس حکم امام خمینی عهده دار شد. امام این حکم را در پاسخ به استعلام ایشان به مناسبت بازگشایی دانشگاهها صادر کرد. همچنین، دومین ترمیم در ستاد انقلاب فرهنگی را بر اساس پیام امام خمینی در ۱۹ آذر ۱۳۶۳، صورت داد. در این ترمیم، ستاد انقلاب فرهنگی به شورای عالی انقلاب فرهنگی تغییر نام داد و رئیس جمهور رئیس این شورا شد. آیت‌الله خامنه‌ای این سمت را تا پایان دومین دوره ریاست جمهوری خود در تیر ۱۳۶۸ عهده دار بود و در این سالها در تدوین سیاستهای مهم فرهنگی کشور نقش مؤثری ایفا نمود.

۵.۶.۲ - فعال کردن دستگاه سیاست خارجی

در دوران هشت ساله ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای دستگاه سیاست خارجی و دیپلماسی ایران فعال‌تر شد. یکی از شاخص‌های توسعه سیاست و روابط خارجی، سفرهای رئیس جمهور به کشورهای مختلف برای توسعة روابط بود که در دوره اول ریاست جمهوری شروع شد و در دوره دوم توسعه یافت. ایشان در دوره اول ریاست جمهوری از ۱۵ تا ۲۰ شهریور ۱۳۶۳ به کشورهای سوریه، لیبی و الجزایر و در دوره دوم از ۲۳ دی تا ۳ بهمن ۱۳۶۴ به کشورهای آسیایی و آفریقایی پاکستان، تانزانیا، زیمبابوه، آنگولا و موزامبیک سفر نمود. از ۱۱ تا ۱۵ شهریور ۱۳۶۵ برای شرکت در هشتمین اجلاس سران کشورهای غیرمتعهد در هراره مجدداً به زیمبابوه سفر کرد. در این سفر در اجلاس سران سخنرانی کرد و با برخی از سران کشورهای غیرمتعهد دیدار و گفت وگو نمود.از ۲ تا ۶ اسفند ۱۳۶۷ به کشورهای یوگسلاوی و رومانی و از ۱۹ تا ۲۶ اردیبهشت ۱۳۶۸ به کشورهای چین و کره شمالی سفر کرد.
آیت الله خامنه‌ای در ۳۱ شهریور ۱۳۶۶ در چهل و دومین اجلاس مجمع عمومی سازمان ملل متحد شرکت کرد و در سخنرانی خود دیدگاه‌ها و مواضع اصولی جمهوری اسلامی ایران را برای سران دولتهای جهان تشریح نمود. این اولین حضور رئیس جمهور اسلامی ایران در مجمع عمومی سازمان ملل متحد بود. نکته حائز اهمیت در سفر به سازمان ملل، استقبال عظیم ایرانیان و مسلمانان مقیم نیویورک و اصحاب مطبوعات بین المللی از ایشان و فعالیتهای ایشان برای تبیین شرایط انقلاب اسلامی، جنگ تحمیلی و سیاستهای استکبار جهانی در قبال ایران بود. امامت نماز جمعه مسلمانان نیویورک و سخنرانی در خطبه‌های آن نیز از نکات جالب و با اهمیت این سفر بود.
از اقدامات دیگر آیت‌الله خامنه‌ای در زمینه سیاست خارجی می‌توان به برقراری ارتباط منسجم با گروههای سیاسی شیعی در افغانستان، عراق و لبنان و ایجاد تفاهم بین آنها و تشکیل مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق اشاره کرد. به طوری که اختلاف بین آنها را به وحدت و اتحاد بر ضد دشمن مشترک شان تبدیل کرد. تشکیل حزب وحدت اسلامی از احزاب هشت گانه افغانستان که به رقابت زیان بار آنها پایان داد و نیز تشکیل مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق از مصداق‌های مهم این رویکرد است. در این دوره، به دامنه حمایت ایران از مبارزان اسلامی در لبنان، فلسطین، عراق و افغانستان افزوده شد و پشتیبانی ایران به احزاب و گروه‌های اسلامی در آن کشورها جایگاه منطقه‌ای و بین المللی قابل ملاحظه‌ای بخشید.

۵.۶.۳ - دیدار و سفرهای استانی

دیدار با اقشار مختلف مردم، بازدید از مؤسسات و سازمانهای گوناگون، شرکت در مراسم افتتاح طرحها، شرکت در همایشها و سفرهای استانی از دیگر برنامه‌ها و اقدامات آیت‌الله خامنه‌ای در دوره ریاست جمهوری بود. حفظ ارتباط با مردم به ویژه خانواده‌های شهدا از راهبردهای اساسی آیت‌الله خامنه‌ای در دوره ریاست جمهوری بود. بر این پایه ملاقات‌های مردمی در مناسبت‌های مختلف در دیدارهای با خانواده‌های شهدا، خصوصاً سرزدن به منازل آنان به عنوان یکی از برنامه‌های ثابت ایشان و ابتکار قابل توجه در نوع رابطه زمامداران و مردم محسوب می‌شود. همچنین، سفرهای آیت‌الله خامنه‌ای به استانها و مناطق مختلف کشور، با هدف ملاقات با اقشار مختلف مردم، به ویژه قشر محروم و آشنایی با مسائل و مشکلات آنها از نزدیک، رفع اختلافات مقامات محلی، پیگیری مسائل مربوط به جنگ و همکاری سپاه و ارتش، دیدار با علما و بزرگان شهرها و روستاها، بررسی مسائل و مشکلات اقتصادی و مانند آن از جمله ابتکارات، فعالیت‌های مستمر و مؤثر ایشان بود.

۵.۶.۴ - نامه امام خمینی به آیت‌الله خامنه ای

در ۱۶ دی ۱۳۶۶، امام خمینی در نامه‌ای به آیت‌الله خامنه‌ای و ناظر به بیانات ایشان در خطبه‌های نماز جمعه تهران در موضوع حدود اختیارات حکومت اسلامی و ولایت فقیه، حکومت اسلامی را از احکام اولیه اسلام و مقدم بر تمام احکام فرعیه دانسته و ولایت فقیه را مطلقه عنوان نمود.
آیت‌الله خامنه‌ای در پاسخ به نامه امام، متابعت نظری و عملی خود را از دیدگاه امام اعلام نمود. همچنین در جلسه‌ای حضوری، مقصود خود از بیانات در خطبه‌های نماز جمعه را با امام خمینی مطرح کردند. امام خمینی نیز بلافاصله در همان روز به این نامه پاسخ داده و ضمن تقدیر از آیت‌الله خامنه‌ای، در بخشی از آن نوشتند:
«اینجانب از سال‌های قبل از انقلاب با جناب عالی ارتباط نزدیک داشته‌ام و همان ارتباط بحمدالله تعالی تاکنون باقی است، جناب عالی را یکی از بازوهای توانای جمهوری اسلامی می‌دانم و شما را چون برادری که آشنا به مسائل فقهی و متعهد به آن هستید و از مبانی فقهی مربوط به ولایت مطلقه فقیه جداً جانبداری می‌کنید، می‌دانم و در بین دوستان و متعهدان به اسلام و مبانی اسلامی از جمله افراد نادری هستید که چون خورشید، روشنی می‌دهید».

۵.۶.۵ - اولین رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام

در پی اختلافات مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان در تصویب لوایح مختلف، امام خمینی در پاسخ به نامه سران کشور (از جمله آیت‌الله خامنه‌ای)؛ در ۱۷ بهمن ۱۳۶۶ با تشکیل مجمع تشخیص مصلحت موافقت کردند. بر این اساس، آیت‌الله خامنه‌ای اولین رئیس مجمع تشخیص قرار گرفتند. ایشان این سمت را تا پایان دوره ریاست جمهوری عهده دار بود.

۵.۶.۶ - محول شدن ماموریت‌های متعدد از سوی امام

آیت الله خامنه‌ای در دوران هشت ساله ریاست جمهوری خود، همچون سالهای پس از پیروزی انقلاب یکی از نزدیکان، مشاوران و افراد مورد وثوق امام خمینی بود. به همین دلیل در موارد متعددی امام خمینی ماموریت‌هایی فراتر از وظایف ریاست جمهوری به ایشان محول نمودند و یا پیشنهادهای وی را در موضوعات مختلف پذیرفتند. در ۱۵ فروردین ۱۳۶۲ تمشیت امور ارتش و سپاه را به آیت‌الله خامنه‌ای واگذار کردند. در اول آبان ۱۳۶۲ ایشان را مامور پیگیری مطالبات ایران از امریکا و سایر کشورها کرد. در اول آذر همین سال با پیشنهاد آیت‌الله خامنه‌ای در مورد تشکیل اداره حفاظت اطلاعات ارتش موافقت نمود. در ۹ دی ۱۳۶۲ ایشان را مامور بررسی مجدد لایحه تعریزات کرد. امام در ۲۳ بهمن ۱۳۶۷ آیت‌الله خامنه‌ای را مامور نمود از اعضای شورای عالی قضایی دعوت کند تا در جلسه سران سه قوه شرکت کرده و طرحهای خود را در زمینه تقسیم کار برای اداره بهتر آن شورا مطرح نمایند. در نهایت نیز با طرح مورد بررسی در جلسه سران سه قوه موافقت نمود. در ۴ اسفند ۱۳۶۷ نیز در نامه‌ای او را مسئول رسیدگی به مشکلات عراقیهای مقیم ایران کرد.

۵.۶.۷ - حضور در شورای بازنگری قانون اساسی

امام خمینی در حکمی در ۴ اردیبهشت ۱۳۶۸ خطاب به آیت‌الله خامنه‌ای هیئتی متشکل از بیست نفر از جمله آیت‌الله خامنه‌ای را تعیین نمودند تا به همراه پنج نفر از نمایندگان مجلس شورای اسلامی به انتخاب مجلس شورای اسلامی، شورای بازنگری قانون اساسی را تشکیل داده و به اصلاح، بازنگری و تکمیل قانون اساسی در موضوعات پنج گانه بپردازند.
پس از تشکیل شورای مذکور آیت‌الله مشکینی به عنوان رئیس و آیت‌الله خامنه‌ای و اکبر هاشمی رفسنجانی به عنوان نایب رئیس اول و دوم شورا انتخاب شدند. شورا در طول چهل و یک جلسه در مورد پنج موضوع اصلی: شرایط رهبری، تمرکز در قوای مجریه و قضائیه، تمرکز در مدیریت صدا و سیما، چگونگی بازنگری احتمالی قانون اساسی در آینده و تعداد نمایندگان مجلس شورای اسلامی بحث و بررسی و تصمیم گیری نمود. این جلسات تا پس از رحلت امام خمینی ادامه داشت.

۵.۷ - دوران رهبری

در ۱۴ خرداد ۱۳۶۸، در حالی که مردم و مسئولان آماده تشییع و تدفین پیکر پاک امام خمینی (رحمة‌الله‌علیه) بودند در جلسه‌ای با حضور مسؤولان کشوری و لشکری، آیت‌الله خامنه‌ای، رئیس جمهور، وصیت نامه سیاسی الهی امام خمینی (رحمة‌الله‌علیه) را قرائت کرد. مجلس خبرگان رهبری عصر همان روز تشکیل جلسه داد تا رهبر یا شورای رهبری جدید برای نظام جمهوری اسلامی را انتخاب کند. مطابق اصل ۱۰۷ قانون اساسی مصوب سال ۱۳۵۸، انتخاب رهبری بر عهده نمایندگان مجلس خبرگان قرار دارد.
در بحث رهبری شورایی یا فردی، اکثریت اعضای مجلس خبرگان به رهبری شورایی رای نداد و آنگاه که بحث از مصداق رهبری برای رای گیری به میان آمد و نام آیت‌الله خامنه‌ای مطرح شد. برخی از نمایندگان که از نظر امام خمینی مبنی بر صلاحیت آیت‌الله خامنه‌ای برای رهبری نظام پس از رحلت امام که در جلسات متعددی در حضور سران قوا و نخست وزیر و حاج سید احمد خمینی ابراز کرده بودند اطلاع اجمالی داشتند؛ خواستار توضیح شاهدان آن شدند. دو نفر از شاهدان نقل امام خمینی که خود عضو مجلس خبرگان بودند استناد این نظر به امام را تایید کردند. همچنین گفته دیگری از امام مبنی بر شایستگی آیت‌الله خامنه‌ای برای رهبری که در جریان سفر اخیر ایشان به چین و کره شمالی ابراز کرده بودند نیز در آن جلسه با واسطه نقل شد. در پی آن رای گیری به عمل آمد و اکثریت قاطع نمایندگان مجلس خبرگان با توجه به نظر امام راحل و صلاحیت‌های دینی، علمی و سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای، معظم له را به رهبری نظام جمهوری اسلامی انتخاب کردند.
آیت‌الله خامنه‌ای خود به این موضوع اشاره کرده، می‌گویند تا زمانی که موضوع انتخاب را متعَین ندانستم از پذیرش آن مقام امتناع می‌کردم. پس از بازنگری در قانون اساسی و انجام همه پرسی، مجلس خبرگان رهبری یک بار دیگر براساس قانون اساسی جدید در مورد رهبری معظم له رای گیری کرد و اکثریت قاطع مجدداً معظم له را به رهبری نظام انتخاب کردند.

۵.۷.۱ - زمینه‌های اصلی نظر امام خمینی بر رهبری آیت‌الله خامنه‌ای

برخی زمینه‌های اصلی نظر امام راحل بر رهبری آیت‌الله خامنه‌ای عبارتنداز:
مبارزه طولانی مدت برای تحقق حکومت اسلامی، اعتقاد راسخ و روشن به انقلاب اسلامی و نظام جمهوری اسلامی، بیش از یک دهه فعالیت‌های همه جانبه سیاسی، اجرایی و فرهنگی برای استقرار نظام جمهوری اسلامی، روشن بینی دینی، تسلط علمی بر مبانی دینی، سلوک فردی و اجتماعی، زهد و پارسایی، استناد نمود. امام خمینی (رحمة‌الله‌علیه) به مناسبت‌های گوناگون شایستگی‌ها، تعهد و خدمتگزاری آیت‌الله خامنه‌ای در راه خدمت به نظام جمهوری اسلامی را مورد تایید قرار داده بودند.
امام خمینی تاریخ ۷ تیر ۱۳۶۰ در بخشی از پیام شان به مناسبت ترور آیت‌الله خامنه‌ای فرموده‌اند:
«اکنون دشمنان انقلاب با سوء قصد به شما که از سلاله رسول اکرم و خاندان حسین بن علی هستید و جرمی جز خدمت به اسلام و کشور اسلامی ندارید و سربازی فدارکار در جبهه جنگ و معلمی آموزنده در محراب و خطیبی توانا در جمعه و جماعات و راهنمایی دلسوز در صحنه انقلاب می‌باشید، میزان تفکر سیاسی خود و طرف داری از خلق و مخالف با ستمگران را به ثبت رساندید. اینان با سوء قصد به شما عواطف میلیونها انسان متعهد را در سراسر کشور بلکه جهان جریحه دار نمودند. اینان آن قدر از بینش سیاسی بی نصیب‌اند که بی درنگ پس از سخنان شما در مجلس و جمعه و پیشگاه ملت به این جنایت دست زدند و به کسی سوء قصد کردند که آوای دعوت او به صلاح و سداد در گوش مسلمین جهان طنین انداز است.. من به شما خامنه‌ای عزیز، تبریک می‌گویم که در جبهه‌های نبرد با لباس سربازی و در پشت جبهه با لباس روحانی به این ملت مظلوم خدمت نموده و از خداوند تعالی سلامت شما را برای ادامه خدمت به اسلام و مسلمین خواستارم» . در تاریخ ۸ شهریور ۱۳۶۵ به افراد و رجال سیاسی توصیه کردند که در گفتارشان به جای عیب جویی دائمی، مثل آیت‌الله خامنه‌ای باشند که همیشه همه را نصیحت می‌کند و خدماتش را به رخ مردم نمی‌کشد. در تاریخ ۲۱ دی ۱۳۶۶ در پاسخ به نامة آیت‌الله خامنه‌ای در مورد ولایت مطلقة فقیه، در بخشی از نامه نوشتند:
«اینجانب که از سال‌های قبل از انقلاب با جناب عالی ارتباط نزدیک داشته‌ام و همان ارتباط بحمدالله تعالی تاکنون باقی است، جناب عالی را یکی از بازوهای توانای جمهوری اسلامی می‌دانم و شما را چون برادری آشنا به مسائل فقهی و متعهد به آن هستید و از مبانی فقهی مربوط به ولایت مطلقة فقیه جداً جانبداری می‌کنید، می‌دانم و در بین دوستان و متعهدان به اسلام و مبانی اسلامی از جمله افراد نادری هستید که چون خورشید، روشنی می‌دهید».
حجت الاسلام والمسلمین سیداحمد خمینی، نزدیکترین فرد به امام خمینی که مشاور و مورد وثوق کامل ایشان بود، نقل کرده که امام در پی سفر خارجی آیت‌الله خامنه‌ای گفتند:
«الحق ایشان شایستگی رهبری را دارند».
زهرا مصطفوی، دختر امام خمینی (رحمة‌الله‌علیه) بیان کرده که آنگاه که از امام درباره رهبری آیندة نظام پرسیده است ایشان از آیت‌الله خامنه‌ای نام بردند و آنگاه که از مقام علمی آیت‌الله خامنه‌ای سؤال کرده است ایشان اجتهاد آیت‌الله خامنه‌ای را تایید کرده‌اند.
آیت‌الله هاشمی رفسنجانی نیز نقل کرده که زمانی که امام درصدد عزل آیت‌الله منتظری از رهبری آینده بودند در جلسه‌ای که با حضور سران سه قوه، نخست وزیر (میرحسین موسوی) و حاج سید احمد خمینی در محضر امام تشکیل شده بود در مورد جانشین رهبری بحث شد ایشان از آیت‌الله خامنه‌ای برای رهبری آینده نظام نام بردند. وی همچنین بیان داشته که در جلسه خصوصی خود با امام راحل نسبت به وضع رهبری در آینده ابراز نگرانی کرده است و امام در پاسخ با اشاره به آیت‌الله خامنه‌ای فرموده‌اند:
«شما در بن بست نخواهید بود، چنین فردی در میان شما هست. چرا خودتان نمی‌دانید؟».

۵.۷.۲ - برخی نگرانی‌ها که در پی بیماری امام خمینی

بدون تردید مقطع زمانی انتخاب حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به رهبری نظام دارای اهمیت و حساسیت ویژه‌ای بوده است. برخی نگرانی‌ها که در پی بیماری امام خمینی قدس سره بوجود آمده بود عبارت بودند از:
اما آنچه همه نگرانی‌ها را به امید تبدیل کرد عبارت بودند از:

---

آیت‌الله سید علی حسینی خامنه‌ای پس از عمری مجاهدت و رهبری حکیمانه ملت ایران و محور مقاومت اسلامی، سرانجام در تاریخ ۱۰ اسفند ۱۴۰۴ش در ماه رمضان در منزل و دفتر کارشان همراه با برخی از بستگان در تجاوز دشمن آمریکایی و صهیونیستی به فیض شهادت رسیدند. شورای عالی امنیّت ملّی در تاریخ ۱۴۰۴/۱۲/۱۰ به مناسبت شهادت رهبر معظم انقلاب اسلامی اطلاعیه‌ای بدین شرح صادر نمود: