تـفـسـیر مورد بحث فصل نخست از کتابالاثنا عشریه یا انموذج العلوم است که هر دو آنها متحد هستند. این کتاب به دوازده علم اختصاص یافته که فصل اول آن در تفسیر قرآن کریم است و بحث خویش را در کـلـیـات تـفـسیر قرآن و علوم تاویل به سبک کلامی و فلسفی اختصاص داده است و در آن میرداماد را به مناقشه کشانده و از شیخ بهائی دفاع نموده است.
شیخ محمدکاظم را دو کتاب دیگری است به نام: ۱) حاشیة علی تفسیر فخر رازی، حاوی حواشی و تـعـلیقاتی بر تفسیر فخر رازی، که با مذاق فلسفی خود حواشی بسیاری بر بعضی از تفسیر آیات قرآن اثر فخر رازی نگاشته است. ۲) حقایق سورة الفتح، در بیان حقایقی به شیوه فلسفی از سوره الفتح. نسخه اصل به خط مؤلف در کتابخانه آیة اللّه مرعشی قم با دو اجازه (۱۰۰۸ و ۱۰۱۰ ق) به خط شیخ بهائی در ظهر آن موجود است.
